More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2226 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  100 
 
 
360 aa  731    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  98.33 
 
 
360 aa  722    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  53.52 
 
 
350 aa  381  1e-105  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  50.28 
 
 
354 aa  360  3e-98  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  51.69 
 
 
349 aa  354  1e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  45.94 
 
 
355 aa  338  9e-92  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  43.18 
 
 
357 aa  336  3.9999999999999995e-91  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  45.1 
 
 
357 aa  321  9.000000000000001e-87  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  43.79 
 
 
357 aa  318  7.999999999999999e-86  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  47.18 
 
 
370 aa  318  1e-85  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  43.42 
 
 
357 aa  317  2e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  43.18 
 
 
359 aa  316  3e-85  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  42.82 
 
 
357 aa  305  7e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  43.17 
 
 
363 aa  305  1.0000000000000001e-81  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  43.14 
 
 
355 aa  300  2e-80  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0844  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  41.29 
 
 
356 aa  297  2e-79  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  40.5 
 
 
357 aa  295  1e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  40.5 
 
 
357 aa  295  1e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  44.75 
 
 
359 aa  287  2e-76  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0689  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  39.17 
 
 
357 aa  285  5.999999999999999e-76  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2300  extracellular solute-binding protein family 1  43.21 
 
 
400 aa  282  8.000000000000001e-75  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  39 
 
 
350 aa  259  6e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  39.28 
 
 
349 aa  256  6e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  38.2 
 
 
349 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  39 
 
 
349 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  38.72 
 
 
349 aa  251  1e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  38.72 
 
 
349 aa  251  1e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  38.72 
 
 
349 aa  251  1e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  38.72 
 
 
349 aa  251  2e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  37.64 
 
 
349 aa  250  2e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  38.83 
 
 
345 aa  250  3e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  38.83 
 
 
345 aa  250  3e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  34.64 
 
 
363 aa  249  5e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  37.33 
 
 
359 aa  249  7e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  37.6 
 
 
348 aa  248  9e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  40.56 
 
 
358 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  37.88 
 
 
345 aa  241  9e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.72 
 
 
348 aa  241  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.72 
 
 
348 aa  241  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  42.72 
 
 
348 aa  241  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.72 
 
 
348 aa  241  2e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.72 
 
 
348 aa  241  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  42.72 
 
 
348 aa  241  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.72 
 
 
348 aa  241  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.72 
 
 
348 aa  241  2e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.81 
 
 
347 aa  239  5e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  37.78 
 
 
374 aa  238  1e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.39 
 
 
348 aa  238  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.1 
 
 
348 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.1 
 
 
348 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.1 
 
 
348 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.1 
 
 
348 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.1 
 
 
348 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  37.96 
 
 
354 aa  235  8e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  35.49 
 
 
353 aa  233  4.0000000000000004e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  39.56 
 
 
347 aa  233  6e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.13 
 
 
348 aa  231  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  36.87 
 
 
347 aa  229  4e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  36.62 
 
 
342 aa  228  9e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1513  extracellular solute-binding protein family 1  39.94 
 
 
409 aa  228  1e-58  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.06 
 
 
343 aa  227  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  37.69 
 
 
345 aa  226  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  34.17 
 
 
345 aa  225  7e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  35.26 
 
 
346 aa  224  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  35.38 
 
 
374 aa  224  2e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  36.56 
 
 
342 aa  224  2e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  36.58 
 
 
360 aa  223  3e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  34.36 
 
 
340 aa  221  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  34.31 
 
 
363 aa  219  6e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  36.42 
 
 
367 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  33.74 
 
 
340 aa  218  1e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  36.42 
 
 
367 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2920  extracellular solute-binding protein family 1  33.96 
 
 
341 aa  216  5.9999999999999996e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.458081 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 
363 aa  216  7e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  33.95 
 
 
350 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  37.92 
 
 
396 aa  215  9.999999999999999e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  35.74 
 
 
345 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  35.44 
 
 
345 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  35.26 
 
 
341 aa  213  4.9999999999999996e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  37.16 
 
 
382 aa  212  7.999999999999999e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  35.65 
 
 
346 aa  212  9e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  37.73 
 
 
396 aa  212  9e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  33.54 
 
 
342 aa  204  2e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  35.34 
 
 
365 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  34.82 
 
 
401 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 
366 aa  203  5e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  33.14 
 
 
365 aa  203  5e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 
366 aa  202  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  34.47 
 
 
368 aa  202  6e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  34.58 
 
 
366 aa  202  6e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0659  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  37.97 
 
 
348 aa  201  9.999999999999999e-51  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.717028  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  34.41 
 
 
366 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  35.48 
 
 
366 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  35.45 
 
 
366 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  35.34 
 
 
365 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.6 
 
 
367 aa  201  9.999999999999999e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  34.42 
 
 
363 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  33.33 
 
 
367 aa  200  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  34.32 
 
 
364 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5897  extracellular solute-binding protein family 1  34.17 
 
 
383 aa  199  6e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>