More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0894 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
370 aa  753    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  54.2 
 
 
354 aa  378  1e-104  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  49.6 
 
 
349 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  46.88 
 
 
360 aa  309  5e-83  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  45.18 
 
 
350 aa  307  2.0000000000000002e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  46.59 
 
 
360 aa  305  1.0000000000000001e-81  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2300  extracellular solute-binding protein family 1  45.87 
 
 
400 aa  288  7e-77  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  45.51 
 
 
357 aa  269  5e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  40.72 
 
 
357 aa  269  5.9999999999999995e-71  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  43.73 
 
 
357 aa  264  2e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  44.69 
 
 
357 aa  263  4.999999999999999e-69  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0844  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  40.62 
 
 
356 aa  259  7e-68  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  44.66 
 
 
355 aa  257  2e-67  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  41.88 
 
 
355 aa  256  3e-67  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  39.31 
 
 
357 aa  255  8e-67  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  41.96 
 
 
359 aa  251  1e-65  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  41.75 
 
 
357 aa  248  2e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  41.75 
 
 
357 aa  248  2e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  40.18 
 
 
363 aa  248  2e-64  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  37.74 
 
 
354 aa  246  4.9999999999999997e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  41.38 
 
 
359 aa  245  9e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1513  extracellular solute-binding protein family 1  44.44 
 
 
409 aa  240  2e-62  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0689  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  40 
 
 
357 aa  237  2e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  38.87 
 
 
359 aa  236  6e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  39.39 
 
 
348 aa  232  7.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  38.67 
 
 
358 aa  231  2e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.23 
 
 
348 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.23 
 
 
348 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.23 
 
 
348 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.23 
 
 
348 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.23 
 
 
348 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.95 
 
 
348 aa  224  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.95 
 
 
348 aa  223  4e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  41.95 
 
 
348 aa  223  4e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.95 
 
 
348 aa  223  4e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.95 
 
 
348 aa  223  4e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.95 
 
 
348 aa  223  4e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  41.95 
 
 
348 aa  223  4e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.95 
 
 
348 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.95 
 
 
348 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  35.8 
 
 
346 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.13 
 
 
347 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  33.98 
 
 
349 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.67 
 
 
348 aa  219  7e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  33.43 
 
 
349 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  33.88 
 
 
345 aa  216  7e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  33.88 
 
 
345 aa  216  7e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  33.7 
 
 
349 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  39.14 
 
 
347 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 
374 aa  215  9.999999999999999e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  33.43 
 
 
349 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  37.7 
 
 
345 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  34.75 
 
 
345 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  33.7 
 
 
349 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  33.7 
 
 
349 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  33.7 
 
 
349 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  33.52 
 
 
363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  32.79 
 
 
353 aa  213  3.9999999999999995e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  34.17 
 
 
396 aa  213  4.9999999999999996e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  37.16 
 
 
396 aa  212  7e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  30.35 
 
 
360 aa  212  7.999999999999999e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  36.16 
 
 
373 aa  212  9e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  32.8 
 
 
349 aa  212  1e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  37.71 
 
 
345 aa  210  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  37.71 
 
 
345 aa  209  8e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
363 aa  208  1e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  35.03 
 
 
350 aa  207  2e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  37.46 
 
 
347 aa  207  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  33.64 
 
 
340 aa  207  3e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  34.43 
 
 
374 aa  205  1e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  33.95 
 
 
340 aa  204  3e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  35.49 
 
 
342 aa  203  3e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  36.77 
 
 
382 aa  200  3e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  34.97 
 
 
341 aa  200  3.9999999999999996e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  34.78 
 
 
363 aa  199  9e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  31.85 
 
 
364 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  32.35 
 
 
365 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  32.11 
 
 
350 aa  194  2e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  32.06 
 
 
365 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2920  extracellular solute-binding protein family 1  33.64 
 
 
341 aa  192  5e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.458081 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  31.99 
 
 
371 aa  192  7e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  32.29 
 
 
366 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  32.26 
 
 
366 aa  191  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0659  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  38.19 
 
 
348 aa  190  2.9999999999999997e-47  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.717028  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  33.83 
 
 
345 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  31.64 
 
 
364 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  32.29 
 
 
366 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 
366 aa  189  7e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.96 
 
 
343 aa  189  7e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 
375 aa  189  8e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  34.39 
 
 
366 aa  189  9e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 
387 aa  189  9e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 
387 aa  189  9e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2105  extracellular solute-binding protein  33.63 
 
 
371 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1364  extracellular solute-binding protein  34.15 
 
 
344 aa  188  1e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 
387 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  32 
 
 
366 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  34.25 
 
 
346 aa  187  2e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 
366 aa  187  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  31.34 
 
 
364 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>