More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_1287 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  100 
 
 
355 aa  721    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  55.65 
 
 
357 aa  407  1.0000000000000001e-112  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  56.21 
 
 
355 aa  407  1.0000000000000001e-112  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  55.87 
 
 
359 aa  402  1e-111  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0844  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  51.4 
 
 
356 aa  386  1e-106  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  55.49 
 
 
357 aa  386  1e-106  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  52.22 
 
 
363 aa  379  1e-104  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  51.82 
 
 
357 aa  375  1e-103  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  51.68 
 
 
357 aa  374  1e-102  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  50.42 
 
 
357 aa  371  1e-102  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  44.97 
 
 
357 aa  325  6e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  44.97 
 
 
357 aa  325  6e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0689  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  43.58 
 
 
357 aa  309  5.9999999999999995e-83  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  46.91 
 
 
359 aa  308  9e-83  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  45.34 
 
 
360 aa  297  2e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  44.72 
 
 
360 aa  292  7e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  44.51 
 
 
354 aa  291  8e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  40.51 
 
 
349 aa  267  2e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  41.54 
 
 
350 aa  265  8.999999999999999e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  44.66 
 
 
370 aa  257  2e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  44.05 
 
 
348 aa  255  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  44.05 
 
 
348 aa  255  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  44.05 
 
 
348 aa  255  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  44.05 
 
 
348 aa  255  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  44.05 
 
 
348 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.44 
 
 
348 aa  253  2.0000000000000002e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.56 
 
 
348 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  43.56 
 
 
348 aa  250  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  43.56 
 
 
348 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.56 
 
 
348 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.56 
 
 
348 aa  251  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.56 
 
 
348 aa  250  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.34 
 
 
347 aa  250  3e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.56 
 
 
348 aa  250  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.34 
 
 
347 aa  248  9e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.25 
 
 
348 aa  247  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.25 
 
 
348 aa  246  3e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  38.95 
 
 
345 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  38.41 
 
 
353 aa  238  1e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  38.44 
 
 
374 aa  236  3e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  39.6 
 
 
363 aa  236  5.0000000000000005e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.42 
 
 
343 aa  235  7e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  37.2 
 
 
346 aa  232  9e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  40.33 
 
 
358 aa  231  1e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  36.06 
 
 
342 aa  230  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  39.31 
 
 
347 aa  231  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  38.58 
 
 
345 aa  229  4e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  40.88 
 
 
345 aa  229  5e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  34.89 
 
 
340 aa  229  6e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  34.89 
 
 
340 aa  229  7e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  36.54 
 
 
360 aa  225  7e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  38.51 
 
 
349 aa  224  1e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  38.51 
 
 
349 aa  224  2e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  38.2 
 
 
349 aa  223  4e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  36.96 
 
 
350 aa  223  4e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  38.51 
 
 
349 aa  223  6e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  37.89 
 
 
349 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  37.89 
 
 
349 aa  220  3e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  37.89 
 
 
345 aa  220  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  37.89 
 
 
349 aa  220  3e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  37.89 
 
 
349 aa  220  3e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  37.89 
 
 
345 aa  220  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  35.87 
 
 
350 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  39.46 
 
 
374 aa  218  1e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  37.38 
 
 
345 aa  217  2e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2300  extracellular solute-binding protein family 1  39.17 
 
 
400 aa  218  2e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  34.6 
 
 
348 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  36.84 
 
 
359 aa  212  9e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  37.69 
 
 
361 aa  210  4e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1513  extracellular solute-binding protein family 1  37.86 
 
 
409 aa  208  1e-52  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  37.79 
 
 
345 aa  207  2e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2920  extracellular solute-binding protein family 1  39.14 
 
 
341 aa  204  1e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.458081 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  38.41 
 
 
341 aa  204  2e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  39.19 
 
 
342 aa  203  3e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  35.89 
 
 
364 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  34.17 
 
 
362 aa  199  5e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  34.97 
 
 
363 aa  199  5e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  36.04 
 
 
396 aa  197  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  33.97 
 
 
345 aa  196  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  35.89 
 
 
354 aa  194  3e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3798  extracellular solute-binding protein  36.9 
 
 
342 aa  193  3e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.727469  normal  0.354571 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  36.96 
 
 
342 aa  193  5e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  35.74 
 
 
396 aa  192  6e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  36.3 
 
 
366 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  34 
 
 
346 aa  189  9e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  32.77 
 
 
343 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  35.52 
 
 
382 aa  187  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2394  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  33.72 
 
 
358 aa  186  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  33.04 
 
 
366 aa  186  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4019  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
367 aa  186  7e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.612389 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  32.49 
 
 
343 aa  186  8e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4501  extracellular solute-binding protein family 1  33.54 
 
 
367 aa  185  8e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4388  extracellular solute-binding protein family 1  33.02 
 
 
367 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0935  extracellular solute-binding protein  32.45 
 
 
375 aa  183  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.458503  normal  0.516167 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  34.74 
 
 
345 aa  184  3e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 
368 aa  183  5.0000000000000004e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4922  extracellular solute-binding protein  32.63 
 
 
365 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  31.19 
 
 
363 aa  182  7e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  35.48 
 
 
364 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1241  extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 
371 aa  182  8.000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.447743  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>