More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2837 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  92.95 
 
 
396 aa  731    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
396 aa  809    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  63.03 
 
 
382 aa  501  1e-141  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  44.2 
 
 
373 aa  320  3e-86  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  41.57 
 
 
341 aa  244  9.999999999999999e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  37.69 
 
 
359 aa  239  8e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  35.62 
 
 
363 aa  239  9e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.41 
 
 
348 aa  236  4e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  35.73 
 
 
349 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.41 
 
 
348 aa  236  6e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.41 
 
 
348 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  42.41 
 
 
348 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.41 
 
 
348 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.41 
 
 
348 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  42.41 
 
 
348 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.41 
 
 
348 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.41 
 
 
348 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.68 
 
 
347 aa  232  1e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.4 
 
 
348 aa  230  4e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  38.21 
 
 
342 aa  230  4e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.16 
 
 
348 aa  229  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.16 
 
 
348 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.16 
 
 
348 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.16 
 
 
348 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  38.11 
 
 
350 aa  228  1e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.16 
 
 
348 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.06 
 
 
347 aa  228  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1364  extracellular solute-binding protein  37.54 
 
 
344 aa  226  5.0000000000000005e-58  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  34.17 
 
 
370 aa  226  6e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  40.78 
 
 
357 aa  225  1e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  37.54 
 
 
357 aa  224  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  37.54 
 
 
357 aa  224  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  35.65 
 
 
401 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  36.72 
 
 
342 aa  223  4.9999999999999996e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  37.98 
 
 
365 aa  223  6e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  39.62 
 
 
346 aa  222  9e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  36.34 
 
 
375 aa  222  9e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  39.68 
 
 
367 aa  222  9e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0569  extracellular solute-binding protein  40.4 
 
 
340 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.416765  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  39.37 
 
 
367 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  35.65 
 
 
364 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  39.37 
 
 
367 aa  221  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  35.65 
 
 
364 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  35.45 
 
 
354 aa  219  7e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0979  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 
366 aa  217  2e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  37.04 
 
 
364 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  41.11 
 
 
357 aa  216  4e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2105  extracellular solute-binding protein  36.87 
 
 
371 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1241  extracellular solute-binding protein  36.87 
 
 
371 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.447743  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  37.58 
 
 
357 aa  216  5.9999999999999996e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  37.92 
 
 
360 aa  216  8e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  35.99 
 
 
362 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  38.39 
 
 
357 aa  215  9.999999999999999e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  38.39 
 
 
347 aa  215  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  37.76 
 
 
366 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  36.12 
 
 
345 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  34.6 
 
 
368 aa  213  4.9999999999999996e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  37.92 
 
 
360 aa  213  5.999999999999999e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  35.21 
 
 
371 aa  212  9e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  36.09 
 
 
371 aa  212  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  37.35 
 
 
366 aa  212  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  36.66 
 
 
364 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  37.03 
 
 
366 aa  211  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  38.91 
 
 
345 aa  211  2e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  35.98 
 
 
359 aa  211  2e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0689  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  35.02 
 
 
357 aa  210  3e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  40.48 
 
 
342 aa  210  4e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2920  extracellular solute-binding protein family 1  35.82 
 
 
341 aa  209  5e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.458081 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 
366 aa  209  5e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1531  polyamine transport protein PotD  36.01 
 
 
353 aa  209  5e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1408  extracellular solute-binding protein  38.94 
 
 
336 aa  209  5e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.121808  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  36.45 
 
 
374 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  35.84 
 
 
349 aa  209  7e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  34.19 
 
 
354 aa  209  7e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17610  polyamine ABC transporter  35.71 
 
 
354 aa  209  8e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3845  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  36.59 
 
 
369 aa  209  9e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.803653  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  35.84 
 
 
349 aa  208  1e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  37.35 
 
 
363 aa  208  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  37.78 
 
 
365 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  35.85 
 
 
364 aa  208  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  34.81 
 
 
371 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  37.58 
 
 
365 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1454  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  38.94 
 
 
336 aa  207  2e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2082  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 
370 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472813  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  38.14 
 
 
345 aa  208  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  35.84 
 
 
349 aa  207  3e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2802  extracellular solute-binding protein  36.9 
 
 
355 aa  207  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121875  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  35.74 
 
 
355 aa  207  3e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  36.52 
 
 
368 aa  206  4e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  40.21 
 
 
360 aa  206  5e-52  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  34.51 
 
 
368 aa  206  6e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  37.02 
 
 
363 aa  205  9e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  35.54 
 
 
349 aa  205  9e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  35.76 
 
 
349 aa  205  1e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  36.42 
 
 
350 aa  204  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  35.37 
 
 
359 aa  204  2e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  37.87 
 
 
366 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  35.24 
 
 
349 aa  204  3e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  35.24 
 
 
345 aa  204  3e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  35.24 
 
 
349 aa  204  3e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>