More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2005 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
345 aa  711    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  55.38 
 
 
342 aa  381  1e-104  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2920  extracellular solute-binding protein family 1  53.07 
 
 
341 aa  368  1e-101  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.458081 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  53.4 
 
 
342 aa  370  1e-101  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  42.49 
 
 
341 aa  291  1e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  44.16 
 
 
346 aa  286  4e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1193  extracellular solute-binding protein  41.32 
 
 
355 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00611018  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  42.72 
 
 
363 aa  261  1e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  39.88 
 
 
359 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  38.91 
 
 
358 aa  232  9e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 
354 aa  227  2e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  37.86 
 
 
345 aa  212  5.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  35.6 
 
 
366 aa  210  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 
363 aa  208  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5897  extracellular solute-binding protein family 1  36.62 
 
 
383 aa  208  1e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  34.71 
 
 
357 aa  207  2e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  34.86 
 
 
342 aa  206  5e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  35.08 
 
 
349 aa  205  1e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  33.92 
 
 
360 aa  205  1e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  34.77 
 
 
349 aa  204  2e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  34.48 
 
 
345 aa  204  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  35.08 
 
 
349 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  34.77 
 
 
349 aa  203  4e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  34.77 
 
 
345 aa  203  4e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  34.77 
 
 
349 aa  203  4e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  34.77 
 
 
349 aa  203  4e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  34.77 
 
 
345 aa  203  4e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  34.77 
 
 
349 aa  202  5e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  35.42 
 
 
396 aa  202  6e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  32.16 
 
 
350 aa  202  6e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  35.63 
 
 
374 aa  202  6e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  35.91 
 
 
396 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  35.35 
 
 
358 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  34.77 
 
 
349 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  32.05 
 
 
363 aa  198  1.0000000000000001e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  34.46 
 
 
372 aa  197  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  34.97 
 
 
369 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  34.88 
 
 
360 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 
350 aa  196  6e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  35.19 
 
 
360 aa  195  8.000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  33.52 
 
 
357 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  34.18 
 
 
371 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  35.42 
 
 
382 aa  193  4e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  34.46 
 
 
371 aa  193  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  34.18 
 
 
371 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  33.94 
 
 
357 aa  192  6e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  33.54 
 
 
368 aa  192  9e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  34 
 
 
357 aa  191  1e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  35.17 
 
 
371 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  32.27 
 
 
349 aa  191  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  33.83 
 
 
370 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  35.08 
 
 
373 aa  190  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 
353 aa  190  4e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.85 
 
 
343 aa  189  5e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  34.21 
 
 
345 aa  189  5e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7565  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  34.6 
 
 
391 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132158  normal  0.536425 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  33.15 
 
 
354 aa  189  9e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  32.66 
 
 
350 aa  188  9e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  31.93 
 
 
359 aa  188  1e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  31.44 
 
 
348 aa  188  1e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.83 
 
 
348 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  32.66 
 
 
357 aa  187  2e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.83 
 
 
348 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.83 
 
 
348 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.83 
 
 
348 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  33.83 
 
 
348 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  34.59 
 
 
371 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  34.63 
 
 
373 aa  188  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  34.59 
 
 
371 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  36.12 
 
 
361 aa  187  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  37.92 
 
 
367 aa  187  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  32.38 
 
 
346 aa  187  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  32.37 
 
 
348 aa  187  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0979  extracellular solute-binding protein  34.82 
 
 
366 aa  186  5e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  37.08 
 
 
367 aa  186  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  37.64 
 
 
367 aa  186  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  34.57 
 
 
347 aa  186  6e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 
357 aa  184  1.0000000000000001e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  34.43 
 
 
347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  34.02 
 
 
373 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 
357 aa  184  1.0000000000000001e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  35.54 
 
 
370 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  33.24 
 
 
368 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  34.02 
 
 
406 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  34.02 
 
 
409 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  34.31 
 
 
373 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  34.13 
 
 
347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  34.74 
 
 
355 aa  184  3e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  34.25 
 
 
361 aa  183  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  34.6 
 
 
366 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  36.46 
 
 
373 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1531  polyamine transport protein PotD  33.7 
 
 
353 aa  182  6e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  31.96 
 
 
362 aa  182  7e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  31.21 
 
 
355 aa  182  8.000000000000001e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2802  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 
355 aa  182  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121875  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17610  polyamine ABC transporter  33.98 
 
 
354 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  32.93 
 
 
348 aa  181  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  31.88 
 
 
340 aa  181  2e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 
364 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3798  extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 
342 aa  181  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.727469  normal  0.354571 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>