More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6065 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007509  Bcep18194_C7683  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  90.62 
 
 
373 aa  662    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.370067 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
373 aa  758    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  77.33 
 
 
372 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  71.51 
 
 
373 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  71.24 
 
 
373 aa  558  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  75.07 
 
 
409 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  75.07 
 
 
406 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  70.97 
 
 
372 aa  548  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  75.07 
 
 
373 aa  547  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  74.48 
 
 
373 aa  547  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  70.97 
 
 
371 aa  545  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  73.91 
 
 
371 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  69.35 
 
 
371 aa  542  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  73.62 
 
 
371 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  73.62 
 
 
371 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  69.62 
 
 
371 aa  542  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6638  extracellular solute-binding protein family 1  65.59 
 
 
372 aa  527  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7565  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  66.4 
 
 
391 aa  519  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132158  normal  0.536425 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6181  extracellular solute-binding protein family 1  59.95 
 
 
369 aa  473  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  63.16 
 
 
366 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  61.97 
 
 
364 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  61.69 
 
 
364 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  60.85 
 
 
364 aa  455  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2310  putrescine-binding periplasmic protein precursor  59.56 
 
 
364 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  59.56 
 
 
364 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  59.84 
 
 
364 aa  456  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  61.69 
 
 
364 aa  455  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2123  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  59.56 
 
 
364 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.44987  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  61.69 
 
 
364 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  59.46 
 
 
484 aa  454  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1301  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  59.29 
 
 
364 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.803761  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0107  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  60.17 
 
 
356 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.26345  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  60.56 
 
 
364 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1788  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  59.29 
 
 
364 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  60.85 
 
 
364 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  58.86 
 
 
366 aa  451  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  58.31 
 
 
366 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1279  extracellular solute-binding protein  56.95 
 
 
366 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.49233 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2779  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  53.68 
 
 
371 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2377  extracellular solute-binding protein family 1  50 
 
 
372 aa  372  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0307958  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1903  polyamine ABC transporter system, substrate-binding protein  49.07 
 
 
376 aa  368  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0765034  normal  0.376204 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  50.97 
 
 
369 aa  360  2e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.5 
 
 
369 aa  359  5e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.96 
 
 
369 aa  355  5.999999999999999e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.97 
 
 
369 aa  354  2e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  49.03 
 
 
366 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.7 
 
 
369 aa  352  4e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.18 
 
 
369 aa  352  5e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.18 
 
 
369 aa  352  5e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.18 
 
 
369 aa  352  5e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  49.03 
 
 
366 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  47.79 
 
 
370 aa  351  1e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.79 
 
 
370 aa  351  1e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.79 
 
 
370 aa  350  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  48.75 
 
 
366 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.79 
 
 
370 aa  350  2e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  48.75 
 
 
366 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.79 
 
 
370 aa  350  3e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.79 
 
 
370 aa  350  3e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.79 
 
 
370 aa  350  3e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  47.79 
 
 
370 aa  350  3e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.79 
 
 
370 aa  350  3e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  48.6 
 
 
367 aa  347  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  48.47 
 
 
367 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  46.96 
 
 
370 aa  347  2e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  49.16 
 
 
366 aa  344  1e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  47.91 
 
 
366 aa  344  2e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.04 
 
 
369 aa  343  2.9999999999999997e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.09 
 
 
371 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.09 
 
 
371 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.09 
 
 
371 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  46.61 
 
 
365 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  46.81 
 
 
371 aa  342  8e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  47.59 
 
 
362 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  49.3 
 
 
387 aa  340  2e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  46.59 
 
 
364 aa  340  2e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  49.3 
 
 
387 aa  340  2e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  46.33 
 
 
365 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  46.81 
 
 
371 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  47.97 
 
 
371 aa  340  2.9999999999999998e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  49.03 
 
 
387 aa  339  4e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  47.27 
 
 
362 aa  339  5e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  48.51 
 
 
362 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  46.99 
 
 
362 aa  338  8e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  45.33 
 
 
375 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  44.59 
 
 
369 aa  337  1.9999999999999998e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  45.97 
 
 
401 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  47.63 
 
 
364 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  49.7 
 
 
365 aa  335  7e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  47.91 
 
 
366 aa  335  9e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  47.35 
 
 
364 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  48.96 
 
 
371 aa  334  1e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  45.3 
 
 
364 aa  333  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.08 
 
 
364 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  50.43 
 
 
370 aa  332  5e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  45.9 
 
 
367 aa  332  9e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  45.8 
 
 
368 aa  331  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  48.26 
 
 
365 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  48.26 
 
 
365 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  46.33 
 
 
361 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0163621 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>