More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1675 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  92.58 
 
 		 364 aa  698    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0107  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  92.42 
 
 		 356 aa  683    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.26345  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  97.53 
 
 		 364 aa  728    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  96.15 
 
 		 364 aa  720    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1279  extracellular solute-binding protein  86.61 
 
 		 366 aa  653    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.49233 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1301  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  92.31 
 
 		 364 aa  696    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.803761  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  98.63 
 
 		 364 aa  733    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2310  putrescine-binding periplasmic protein precursor  92.58 
 
 		 364 aa  698    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1788  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  92.31 
 
 		 364 aa  696    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  87.43 
 
 		 366 aa  659    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  97.53 
 
 		 364 aa  728    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  92.31 
 
 		 364 aa  694    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  87.43 
 
 		 366 aa  659    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  92.31 
 
 		 484 aa  697    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  96.7 
 
 		 364 aa  724    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  96.7 
 
 		 364 aa  724    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2123  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  92.58 
 
 		 364 aa  698    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.44987  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 364 aa  739    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  69.59 
 
 		 366 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7565  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  65.49 
 
 		 391 aa  480  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132158  normal  0.536425 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  65.49 
 
 		 409 aa  475  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  65.49 
 
 		 406 aa  474  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  65.49 
 
 		 373 aa  473  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  64.9 
 
 		 373 aa  472  1e-132  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  63.87 
 
 		 373 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  63.87 
 
 		 373 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  63.51 
 
 		 371 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  63.79 
 
 		 372 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  62.93 
 
 		 371 aa  463  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  62.93 
 
 		 371 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  62.79 
 
 		 371 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  63.08 
 
 		 371 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  62.79 
 
 		 371 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  63.61 
 
 		 372 aa  457  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6638  extracellular solute-binding protein family 1  60.39 
 
 		 372 aa  450  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6181  extracellular solute-binding protein family 1  59.44 
 
 		 369 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  60.85 
 
 		 373 aa  433  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7683  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  61.4 
 
 		 373 aa  427  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.370067 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2779  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  54.19 
 
 		 371 aa  395  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  53.33 
 
 		 369 aa  389  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  52.69 
 
 		 369 aa  390  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  52.22 
 
 		 369 aa  387  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  52.22 
 
 		 370 aa  385  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  53.61 
 
 		 369 aa  385  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.56 
 
 		 369 aa  385  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.23 
 
 		 369 aa  383  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.23 
 
 		 369 aa  383  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  50.98 
 
 		 369 aa  381  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.23 
 
 		 369 aa  383  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  52.22 
 
 		 370 aa  384  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.67 
 
 		 370 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  51.67 
 
 		 370 aa  379  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.67 
 
 		 370 aa  379  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.67 
 
 		 370 aa  379  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  51.67 
 
 		 370 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.67 
 
 		 370 aa  379  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.67 
 
 		 370 aa  380  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.39 
 
 		 370 aa  378  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  53.06 
 
 		 365 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.83 
 
 		 371 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.56 
 
 		 371 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  53.06 
 
 		 365 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.83 
 
 		 371 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.83 
 
 		 371 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.83 
 
 		 371 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  53.64 
 
 		 365 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  49.59 
 
 		 366 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  51.1 
 
 		 370 aa  365  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  50.28 
 
 		 367 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  52.48 
 
 		 365 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  50.28 
 
 		 367 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  49.59 
 
 		 366 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  47.61 
 
 		 362 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  49.32 
 
 		 366 aa  362  6e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  49.32 
 
 		 366 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  49.32 
 
 		 366 aa  362  8e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  47.32 
 
 		 362 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  47.73 
 
 		 362 aa  360  3e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  47.32 
 
 		 362 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  48.18 
 
 		 363 aa  358  6e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  47.04 
 
 		 362 aa  358  6e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  49.58 
 
 		 365 aa  358  6e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  49.15 
 
 		 367 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  47.92 
 
 		 367 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  47.92 
 
 		 367 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  47.92 
 
 		 367 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  47.46 
 
 		 363 aa  354  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  48.73 
 
 		 365 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  50.29 
 
 		 364 aa  352  4e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5632  extracellular solute-binding protein  48.06 
 
 		 366 aa  353  4e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0464998  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  49.18 
 
 		 365 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  49.15 
 
 		 364 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  48.31 
 
 		 363 aa  352  7e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  47.95 
 
 		 368 aa  351  1e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.7 
 
 		 369 aa  350  2e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  49.72 
 
 		 364 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  49.16 
 
 		 401 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  47.95 
 
 		 387 aa  350  3e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  47.95 
 
 		 387 aa  350  3e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  49.72 
 
 		 365 aa  349  4e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>