More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1903 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1903  polyamine ABC transporter system, substrate-binding protein  100 
 
 
376 aa  771    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0765034  normal  0.376204 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2377  extracellular solute-binding protein family 1  64.74 
 
 
372 aa  500  1e-140  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0307958  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1698  extracellular solute-binding protein  65.8 
 
 
373 aa  474  1e-132  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1736  extracellular solute-binding protein  62.32 
 
 
375 aa  448  1e-125  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000683653 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2095  extracellular solute-binding protein  58.48 
 
 
385 aa  422  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0550638  normal  0.279857 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0352  extracellular solute-binding protein  52.45 
 
 
389 aa  397  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000218396  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2862  extracellular solute-binding protein  55.62 
 
 
386 aa  391  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.6418  normal  0.0284463 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  51.56 
 
 
371 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  49.07 
 
 
373 aa  361  1e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  51.86 
 
 
371 aa  359  5e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6181  extracellular solute-binding protein family 1  47.93 
 
 
369 aa  358  8e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  51.58 
 
 
371 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  48.67 
 
 
373 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  51.28 
 
 
372 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  51.59 
 
 
371 aa  356  5e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  51.59 
 
 
371 aa  356  5e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  48.2 
 
 
364 aa  355  5e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  51.59 
 
 
371 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  48.07 
 
 
364 aa  353  2e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  48.14 
 
 
373 aa  353  2e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  50.58 
 
 
366 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  52.51 
 
 
373 aa  352  5e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2123  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.79 
 
 
364 aa  352  7e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.44987  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2310  putrescine-binding periplasmic protein precursor  47.79 
 
 
364 aa  352  7e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  47.65 
 
 
364 aa  352  7e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.79 
 
 
364 aa  352  7e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  51.92 
 
 
373 aa  351  1e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  47.85 
 
 
364 aa  350  2e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.18 
 
 
484 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  51.92 
 
 
406 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  51.92 
 
 
409 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1788  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.51 
 
 
364 aa  350  3e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1301  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.51 
 
 
364 aa  350  3e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.803761  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  47.09 
 
 
364 aa  350  3e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0107  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  48.84 
 
 
356 aa  349  4e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.26345  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  47.37 
 
 
364 aa  349  5e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  47.37 
 
 
364 aa  349  5e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  47.09 
 
 
364 aa  348  6e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  47.09 
 
 
364 aa  349  6e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  46.77 
 
 
366 aa  348  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  48.72 
 
 
372 aa  346  4e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7683  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  48.82 
 
 
373 aa  346  4e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.370067 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6638  extracellular solute-binding protein family 1  49.7 
 
 
372 aa  345  7e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  46.49 
 
 
366 aa  344  1e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1279  extracellular solute-binding protein  46.63 
 
 
366 aa  342  5e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.49233 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  47.73 
 
 
366 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  49.42 
 
 
366 aa  338  7e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  49.42 
 
 
366 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.34 
 
 
369 aa  338  9.999999999999999e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  49.42 
 
 
366 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  49.58 
 
 
375 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  47.73 
 
 
366 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  49.13 
 
 
366 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.34 
 
 
369 aa  335  5.999999999999999e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  48.73 
 
 
387 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7565  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  48.52 
 
 
391 aa  335  9e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132158  normal  0.536425 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  49.28 
 
 
366 aa  335  9e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  47.73 
 
 
366 aa  334  1e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.07 
 
 
369 aa  335  1e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.07 
 
 
369 aa  335  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.07 
 
 
369 aa  335  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  48.44 
 
 
387 aa  334  2e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  48.44 
 
 
387 aa  334  2e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.04 
 
 
370 aa  333  4e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  47.88 
 
 
366 aa  332  5e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  45.16 
 
 
369 aa  332  5e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  45.8 
 
 
369 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  49.42 
 
 
365 aa  332  7.000000000000001e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  50.42 
 
 
366 aa  332  8e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  47.88 
 
 
367 aa  330  2e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  45.98 
 
 
361 aa  331  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  50 
 
 
365 aa  330  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.19 
 
 
370 aa  329  4e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  46.99 
 
 
368 aa  329  4e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  47.61 
 
 
366 aa  329  4e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0917  extracellular solute-binding protein  46.67 
 
 
359 aa  328  8e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0241526  normal  0.315569 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  47.66 
 
 
365 aa  328  8e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000173672 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.19 
 
 
371 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.19 
 
 
371 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  47.73 
 
 
366 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.19 
 
 
371 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.91 
 
 
371 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  46.09 
 
 
371 aa  326  3e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.91 
 
 
370 aa  327  3e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.91 
 
 
370 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  47.91 
 
 
370 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.91 
 
 
370 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.91 
 
 
370 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  47.91 
 
 
370 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.91 
 
 
370 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4305  extracellular solute-binding protein  46.45 
 
 
359 aa  325  5e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.330747  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  46.83 
 
 
369 aa  326  5e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  48.98 
 
 
364 aa  325  6e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  46.69 
 
 
369 aa  325  7e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.91 
 
 
371 aa  325  9e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.63 
 
 
370 aa  324  1e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  47.21 
 
 
366 aa  324  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  48.97 
 
 
374 aa  323  4e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  46.43 
 
 
367 aa  322  6e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0903  extracellular solute-binding protein  44.35 
 
 
359 aa  322  6e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.551806  normal  0.354887 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>