More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1736 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1736  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
375 aa  771    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000683653 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1698  extracellular solute-binding protein  66.1 
 
 
373 aa  482  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1903  polyamine ABC transporter system, substrate-binding protein  60.53 
 
 
376 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0765034  normal  0.376204 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2377  extracellular solute-binding protein family 1  54.86 
 
 
372 aa  417  9.999999999999999e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0307958  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2095  extracellular solute-binding protein  57.02 
 
 
385 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0550638  normal  0.279857 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2862  extracellular solute-binding protein  53.91 
 
 
386 aa  382  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.6418  normal  0.0284463 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0352  extracellular solute-binding protein  53.59 
 
 
389 aa  377  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000218396  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  48.07 
 
 
364 aa  351  1e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2310  putrescine-binding periplasmic protein precursor  48.07 
 
 
364 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  48.07 
 
 
364 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2123  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  48.07 
 
 
364 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.44987  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  48.2 
 
 
364 aa  345  6e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1301  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.79 
 
 
364 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.803761  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1788  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.79 
 
 
364 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0107  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.79 
 
 
356 aa  345  8e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.26345  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.79 
 
 
484 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  51.37 
 
 
372 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  51.85 
 
 
371 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  51.85 
 
 
371 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  51.67 
 
 
371 aa  342  5e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  51.37 
 
 
371 aa  342  7e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  46.81 
 
 
367 aa  342  8e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  47.92 
 
 
364 aa  342  9e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  47.66 
 
 
366 aa  341  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  48.86 
 
 
373 aa  341  1e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  46.2 
 
 
366 aa  341  2e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  47.65 
 
 
364 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  51.54 
 
 
371 aa  339  4e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  46.8 
 
 
367 aa  339  5.9999999999999996e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  49.85 
 
 
371 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  47.37 
 
 
364 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  47.09 
 
 
364 aa  338  7e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  46.2 
 
 
370 aa  338  7e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  46.2 
 
 
368 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  46.52 
 
 
367 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1279  extracellular solute-binding protein  45.9 
 
 
366 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.49233 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  46.81 
 
 
364 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  46.81 
 
 
364 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  47.27 
 
 
366 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  46.03 
 
 
369 aa  334  1e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  45.78 
 
 
366 aa  335  1e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.78 
 
 
369 aa  333  4e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.78 
 
 
369 aa  333  4e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.78 
 
 
369 aa  333  4e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7683  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  50.64 
 
 
373 aa  332  9e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.370067 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  46.61 
 
 
365 aa  332  9e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  50.63 
 
 
373 aa  331  1e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  50.63 
 
 
409 aa  330  2e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  50.63 
 
 
373 aa  330  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  50.63 
 
 
406 aa  330  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  45.65 
 
 
369 aa  330  2e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7565  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  47.81 
 
 
391 aa  330  3e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132158  normal  0.536425 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  44.57 
 
 
366 aa  330  3e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  44.84 
 
 
387 aa  329  4e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.21 
 
 
369 aa  329  4e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  44.84 
 
 
387 aa  329  4e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  46.32 
 
 
369 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  45.33 
 
 
366 aa  328  7e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  44.11 
 
 
362 aa  328  7e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  44.84 
 
 
366 aa  328  8e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  44.57 
 
 
367 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  44.69 
 
 
366 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  44.57 
 
 
387 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0124  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  48.53 
 
 
387 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  44.84 
 
 
366 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0123  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  48.53 
 
 
364 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.78 
 
 
369 aa  327  3e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2828  extracellular solute-binding protein  48.53 
 
 
364 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0140  extracellular solute-binding protein  48.53 
 
 
364 aa  326  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4758  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  44.96 
 
 
370 aa  327  3e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.263083  normal  0.244901 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  50.63 
 
 
373 aa  327  3e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  44.84 
 
 
366 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0331  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  48.53 
 
 
364 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.198037  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  48.29 
 
 
366 aa  326  5e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  44.84 
 
 
366 aa  326  5e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  46.13 
 
 
365 aa  326  5e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2308  putrescine-binding periplasmic protein  48.24 
 
 
364 aa  325  6e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2331  extracellular solute-binding protein  48.24 
 
 
364 aa  325  6e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2257  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  48.24 
 
 
364 aa  325  6e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  50.63 
 
 
373 aa  325  6e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  45.11 
 
 
366 aa  325  1e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  43.9 
 
 
364 aa  325  1e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  43.6 
 
 
370 aa  324  2e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  46.96 
 
 
370 aa  323  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.6 
 
 
370 aa  324  2e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.6 
 
 
370 aa  323  3e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  43.6 
 
 
370 aa  323  3e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  42.66 
 
 
364 aa  323  3e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.6 
 
 
370 aa  323  3e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.6 
 
 
370 aa  323  3e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  45.95 
 
 
367 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.14 
 
 
369 aa  323  4e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  45.18 
 
 
367 aa  322  5e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  44.78 
 
 
366 aa  322  8e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0375  extracellular solute-binding protein family 1  46.31 
 
 
365 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00751674  decreased coverage  0.000421612 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.32 
 
 
370 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  49.68 
 
 
372 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  45.58 
 
 
365 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.32 
 
 
370 aa  320  3e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.32 
 
 
371 aa  319  5e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>