More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0352 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0352  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
389 aa  792    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000218396  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2862  extracellular solute-binding protein  80.98 
 
 
386 aa  618  1e-176  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.6418  normal  0.0284463 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2095  extracellular solute-binding protein  68.3 
 
 
385 aa  539  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0550638  normal  0.279857 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1903  polyamine ABC transporter system, substrate-binding protein  52.45 
 
 
376 aa  397  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0765034  normal  0.376204 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1736  extracellular solute-binding protein  54.18 
 
 
375 aa  369  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000683653 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2377  extracellular solute-binding protein family 1  51 
 
 
372 aa  364  2e-99  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0307958  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1698  extracellular solute-binding protein  52.16 
 
 
373 aa  361  1e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  45.22 
 
 
367 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  45.22 
 
 
367 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  47.59 
 
 
366 aa  306  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  44.93 
 
 
367 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  43.85 
 
 
364 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  44.64 
 
 
367 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  46.02 
 
 
369 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.6 
 
 
369 aa  301  1e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2310  putrescine-binding periplasmic protein precursor  43.02 
 
 
364 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  43.02 
 
 
364 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2123  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  43.02 
 
 
364 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.44987  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  43.58 
 
 
364 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.32 
 
 
369 aa  300  4e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1301  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  42.74 
 
 
364 aa  299  5e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.803761  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1788  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  42.74 
 
 
364 aa  299  5e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0107  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  42.74 
 
 
356 aa  298  7e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.26345  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  43.02 
 
 
364 aa  298  8e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  43.02 
 
 
364 aa  298  8e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  42.74 
 
 
484 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  43.02 
 
 
364 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  43.02 
 
 
364 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.74 
 
 
369 aa  296  3e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.52 
 
 
370 aa  296  3e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  42.74 
 
 
364 aa  296  4e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.75 
 
 
369 aa  295  9e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.75 
 
 
369 aa  295  9e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  43.75 
 
 
369 aa  295  9e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  42.74 
 
 
364 aa  295  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  42.22 
 
 
366 aa  294  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  42.58 
 
 
367 aa  292  7e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  41.67 
 
 
366 aa  292  7e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  42.58 
 
 
367 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  46.22 
 
 
364 aa  290  3e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  42.82 
 
 
370 aa  290  4e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1279  extracellular solute-binding protein  41.62 
 
 
366 aa  285  7e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.49233 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5632  extracellular solute-binding protein  43.1 
 
 
366 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0464998  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.61 
 
 
369 aa  282  7.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  43.36 
 
 
371 aa  281  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  42.9 
 
 
366 aa  281  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6181  extracellular solute-binding protein family 1  40.17 
 
 
369 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4922  extracellular solute-binding protein  43.15 
 
 
365 aa  281  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  43.1 
 
 
365 aa  281  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  40.75 
 
 
365 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  42.2 
 
 
370 aa  280  3e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.34 
 
 
371 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.34 
 
 
371 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.34 
 
 
371 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.41 
 
 
370 aa  280  4e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.41 
 
 
370 aa  280  4e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  44.41 
 
 
370 aa  280  4e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  40.75 
 
 
365 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.41 
 
 
370 aa  280  4e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  44.41 
 
 
370 aa  279  5e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  45.71 
 
 
373 aa  279  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  42.53 
 
 
365 aa  279  5e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.41 
 
 
370 aa  279  5e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.03 
 
 
371 aa  279  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  40.62 
 
 
369 aa  279  6e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  42.61 
 
 
366 aa  279  7e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  43.94 
 
 
372 aa  278  9e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.1 
 
 
370 aa  278  1e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  40.17 
 
 
365 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  44.55 
 
 
371 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  44.94 
 
 
371 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.1 
 
 
370 aa  278  1e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 
365 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  45.4 
 
 
373 aa  278  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  44.94 
 
 
371 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  44.55 
 
 
371 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  43.94 
 
 
371 aa  277  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3260  extracellular solute-binding protein  43.97 
 
 
366 aa  278  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.03 
 
 
371 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0901  extracellular solute-binding protein family 1  42.15 
 
 
362 aa  276  4e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.457949  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  44.76 
 
 
373 aa  276  4e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  44.94 
 
 
371 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  43.81 
 
 
372 aa  275  8e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  41.44 
 
 
365 aa  275  9e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  44.76 
 
 
373 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2779  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  41.69 
 
 
371 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  42.21 
 
 
368 aa  273  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  44.76 
 
 
406 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7565  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  42.06 
 
 
391 aa  273  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132158  normal  0.536425 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  44.76 
 
 
409 aa  274  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  40.73 
 
 
363 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0935  extracellular solute-binding protein  43.18 
 
 
375 aa  272  6e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.458503  normal  0.516167 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7683  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  45.86 
 
 
373 aa  272  6e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.370067 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  45.86 
 
 
373 aa  272  6e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  41.06 
 
 
367 aa  272  8.000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  41.11 
 
 
367 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  41.57 
 
 
365 aa  270  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  40.76 
 
 
365 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  41.23 
 
 
366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  40.88 
 
 
363 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>