More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3043 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  94.88 
 
 
371 aa  703    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  89.97 
 
 
406 aa  650    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  99.46 
 
 
371 aa  762    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  93.8 
 
 
371 aa  707    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  89.97 
 
 
373 aa  650    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  83.38 
 
 
373 aa  641    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  96.24 
 
 
372 aa  729    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  90.56 
 
 
373 aa  653    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  94.88 
 
 
371 aa  701    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  83.38 
 
 
373 aa  644    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  94.88 
 
 
371 aa  703    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  89.97 
 
 
409 aa  650    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
371 aa  764    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7565  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  84.66 
 
 
391 aa  617  1e-176  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132158  normal  0.536425 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6638  extracellular solute-binding protein family 1  75.91 
 
 
372 aa  587  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  77.59 
 
 
372 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  69.62 
 
 
373 aa  543  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7683  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  69.35 
 
 
373 aa  536  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.370067 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  64.62 
 
 
366 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6181  extracellular solute-binding protein family 1  62.81 
 
 
369 aa  490  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  60.99 
 
 
364 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  60.99 
 
 
364 aa  472  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  60.71 
 
 
364 aa  473  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  60.99 
 
 
364 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  60.71 
 
 
364 aa  471  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  60.94 
 
 
484 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  60.82 
 
 
364 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2310  putrescine-binding periplasmic protein precursor  60.82 
 
 
364 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  61.1 
 
 
364 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2123  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  60.82 
 
 
364 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.44987  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  62.05 
 
 
364 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  60.71 
 
 
364 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1301  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  60.55 
 
 
364 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.803761  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0107  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  61.11 
 
 
356 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.26345  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1788  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  60.55 
 
 
364 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  59.73 
 
 
366 aa  462  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  59.45 
 
 
366 aa  457  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1279  extracellular solute-binding protein  58.36 
 
 
366 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.49233 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2779  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  54.08 
 
 
371 aa  429  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.94 
 
 
369 aa  381  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.67 
 
 
369 aa  379  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.05 
 
 
369 aa  375  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  50.14 
 
 
370 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.14 
 
 
370 aa  372  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.14 
 
 
370 aa  372  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  49.18 
 
 
367 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  50.14 
 
 
365 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  49.18 
 
 
367 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.14 
 
 
370 aa  371  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.18 
 
 
371 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.14 
 
 
370 aa  371  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.18 
 
 
371 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.18 
 
 
371 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.12 
 
 
369 aa  371  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.14 
 
 
370 aa  371  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50 
 
 
369 aa  371  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2377  extracellular solute-binding protein family 1  51.82 
 
 
372 aa  370  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0307958  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  50.14 
 
 
370 aa  371  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.12 
 
 
369 aa  371  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  50 
 
 
365 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.91 
 
 
371 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.12 
 
 
369 aa  371  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.86 
 
 
370 aa  370  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.14 
 
 
370 aa  371  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.91 
 
 
371 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  49.19 
 
 
401 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.46 
 
 
370 aa  363  2e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1903  polyamine ABC transporter system, substrate-binding protein  50 
 
 
376 aa  364  2e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0765034  normal  0.376204 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  51.26 
 
 
364 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.31 
 
 
369 aa  363  2e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  49.57 
 
 
366 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  50.98 
 
 
364 aa  362  4e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  50.98 
 
 
364 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  49.57 
 
 
366 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  48.91 
 
 
366 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  46.72 
 
 
361 aa  362  6e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  49.28 
 
 
366 aa  361  1e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  49.28 
 
 
366 aa  361  1e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  48.12 
 
 
369 aa  360  2e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  49.44 
 
 
375 aa  360  3e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  46.45 
 
 
367 aa  358  8e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  49.05 
 
 
387 aa  358  8e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  49.05 
 
 
387 aa  358  8e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.68 
 
 
369 aa  357  1.9999999999999998e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  50.14 
 
 
370 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  48.61 
 
 
363 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  48.77 
 
 
387 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  47.8 
 
 
363 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  48.09 
 
 
366 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  47.74 
 
 
362 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  51.18 
 
 
365 aa  355  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  46.99 
 
 
364 aa  354  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  46.72 
 
 
366 aa  352  5e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  46.98 
 
 
362 aa  352  7e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  46.7 
 
 
362 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  46.78 
 
 
362 aa  351  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  48.37 
 
 
368 aa  351  1e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  47.46 
 
 
367 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  46.89 
 
 
362 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  48.82 
 
 
363 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>