More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4671 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  100 
 
 
361 aa  739    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3523  extracellular solute-binding protein  59.56 
 
 
361 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.401659  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  53.44 
 
 
369 aa  395  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.14 
 
 
369 aa  383  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.27 
 
 
369 aa  378  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  50.71 
 
 
369 aa  380  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.72 
 
 
369 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.72 
 
 
369 aa  379  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.72 
 
 
369 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  51.32 
 
 
365 aa  379  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  50.95 
 
 
367 aa  379  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  50.41 
 
 
367 aa  377  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  50.68 
 
 
367 aa  376  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.72 
 
 
369 aa  376  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.72 
 
 
369 aa  377  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  50.14 
 
 
367 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  50.14 
 
 
367 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  49.59 
 
 
364 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  51.14 
 
 
369 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  50.68 
 
 
365 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  51.16 
 
 
365 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  51.45 
 
 
365 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  48.61 
 
 
366 aa  365  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.44 
 
 
370 aa  363  2e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.44 
 
 
370 aa  363  2e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  49.44 
 
 
370 aa  363  2e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.44 
 
 
370 aa  363  2e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  50.14 
 
 
365 aa  363  2e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.44 
 
 
370 aa  364  2e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.44 
 
 
370 aa  363  2e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  49.44 
 
 
370 aa  363  2e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  50.87 
 
 
365 aa  362  4e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  50.87 
 
 
365 aa  362  4e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.16 
 
 
370 aa  362  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.16 
 
 
370 aa  361  8e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2575  extracellular solute-binding protein  47.88 
 
 
363 aa  360  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.941635  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  49.59 
 
 
364 aa  360  2e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.99 
 
 
370 aa  359  3e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.31 
 
 
371 aa  359  4e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.31 
 
 
371 aa  359  4e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.31 
 
 
371 aa  359  4e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.31 
 
 
371 aa  359  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  48.48 
 
 
366 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1819  extracellular solute-binding protein  46.92 
 
 
359 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.523844  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  49.03 
 
 
361 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0375  extracellular solute-binding protein family 1  49.56 
 
 
365 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00751674  decreased coverage  0.000421612 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  49.16 
 
 
371 aa  356  2.9999999999999997e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  48.03 
 
 
371 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2984  extracellular solute-binding protein  47.92 
 
 
362 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.746343 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  47.65 
 
 
366 aa  355  7.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  50.14 
 
 
366 aa  355  7.999999999999999e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  49.01 
 
 
366 aa  354  1e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  46.13 
 
 
366 aa  354  1e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  47.37 
 
 
366 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  48.07 
 
 
366 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  48.82 
 
 
365 aa  352  4e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3542  extracellular solute-binding protein  46.92 
 
 
359 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  48.61 
 
 
370 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  47.37 
 
 
366 aa  352  7e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  47.78 
 
 
368 aa  352  7e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2195  periplasmic polyamine-binding protein, putative  46.92 
 
 
362 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.156454  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  48.07 
 
 
387 aa  350  2e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  50.44 
 
 
365 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000173672 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  48.07 
 
 
387 aa  350  2e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  47.09 
 
 
366 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  48.07 
 
 
387 aa  349  4e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  45.94 
 
 
365 aa  347  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  46.26 
 
 
369 aa  347  2e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  45.94 
 
 
365 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2406  putrescine-binding periplasmic protein precursor  45.64 
 
 
362 aa  346  3e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.388567  hitchhiker  0.00509094 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  48.66 
 
 
371 aa  345  5e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  46.07 
 
 
367 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  47.01 
 
 
401 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  47.09 
 
 
366 aa  343  2e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  45.53 
 
 
363 aa  344  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  45.94 
 
 
363 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  47.49 
 
 
365 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0903  extracellular solute-binding protein  46.93 
 
 
359 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.551806  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0873  periplasmic polyamine-binding protein, putative  46.93 
 
 
359 aa  342  4e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.262615  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  46.59 
 
 
367 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  47.04 
 
 
363 aa  342  5e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  46.59 
 
 
367 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  48.09 
 
 
364 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  44.97 
 
 
363 aa  342  7e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  46.59 
 
 
367 aa  342  7e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  47.29 
 
 
364 aa  342  8e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  46.26 
 
 
366 aa  342  8e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  45.35 
 
 
363 aa  341  1e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  46.94 
 
 
366 aa  341  1e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.01 
 
 
364 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  46.56 
 
 
367 aa  340  2e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  47.01 
 
 
364 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1367  transcription factor jumonji, jmjC  51.59 
 
 
365 aa  340  2.9999999999999998e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  45.53 
 
 
375 aa  338  9e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4501  extracellular solute-binding protein family 1  46.55 
 
 
367 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4922  extracellular solute-binding protein  46.92 
 
 
365 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.09 
 
 
374 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  48.75 
 
 
366 aa  335  9e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1203  extracellular solute-binding protein  43.77 
 
 
361 aa  334  1e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4305  extracellular solute-binding protein  47.67 
 
 
359 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.330747  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>