More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2406 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_1203  extracellular solute-binding protein  84.49 
 
 
361 aa  644    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2406  putrescine-binding periplasmic protein precursor  100 
 
 
362 aa  752    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.388567  hitchhiker  0.00509094 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.46 
 
 
369 aa  392  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.46 
 
 
369 aa  390  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.27 
 
 
369 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  50.56 
 
 
370 aa  384  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.56 
 
 
370 aa  384  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.27 
 
 
369 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.27 
 
 
369 aa  386  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.56 
 
 
370 aa  385  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.56 
 
 
370 aa  387  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.42 
 
 
369 aa  387  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.83 
 
 
369 aa  385  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.56 
 
 
370 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.56 
 
 
370 aa  384  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.28 
 
 
371 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  50.56 
 
 
370 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.28 
 
 
371 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.28 
 
 
371 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.56 
 
 
370 aa  384  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.28 
 
 
371 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50.56 
 
 
370 aa  384  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  50 
 
 
371 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  47.28 
 
 
369 aa  380  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  48.33 
 
 
362 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  49.44 
 
 
370 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  47.5 
 
 
362 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  47.5 
 
 
362 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  47.22 
 
 
362 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  47.5 
 
 
362 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  47.51 
 
 
363 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  47.35 
 
 
363 aa  372  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  48.75 
 
 
363 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  47.95 
 
 
366 aa  367  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  48.08 
 
 
365 aa  365  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  50.29 
 
 
364 aa  364  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  47.24 
 
 
366 aa  363  3e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  45.86 
 
 
366 aa  362  4e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  47.21 
 
 
366 aa  361  8e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  47.21 
 
 
366 aa  361  1e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  47.21 
 
 
365 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  47.21 
 
 
366 aa  360  2e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  48.48 
 
 
366 aa  359  5e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  47.27 
 
 
367 aa  358  6e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  46.93 
 
 
366 aa  358  6e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  45.86 
 
 
364 aa  358  7e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  50.15 
 
 
374 aa  358  8e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  46.99 
 
 
367 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  47.19 
 
 
365 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.65 
 
 
369 aa  356  2.9999999999999997e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  47.63 
 
 
366 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  48.66 
 
 
371 aa  356  3.9999999999999996e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  47.47 
 
 
364 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.47 
 
 
364 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  45.43 
 
 
361 aa  355  8.999999999999999e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  46.52 
 
 
370 aa  354  1e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  47.19 
 
 
364 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  47.38 
 
 
366 aa  353  2e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  48.33 
 
 
368 aa  353  2.9999999999999997e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  48.54 
 
 
365 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  45.53 
 
 
367 aa  352  5e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  47.41 
 
 
366 aa  352  5e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  46.65 
 
 
387 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  46.65 
 
 
387 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.38 
 
 
365 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  47.38 
 
 
365 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  48.38 
 
 
365 aa  351  8.999999999999999e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  46.96 
 
 
367 aa  351  1e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5632  extracellular solute-binding protein  46.48 
 
 
366 aa  351  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0464998  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  46.37 
 
 
387 aa  350  1e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  45.33 
 
 
367 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  44.35 
 
 
364 aa  350  3e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  45.22 
 
 
367 aa  349  4e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  45.22 
 
 
367 aa  349  4e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  46.07 
 
 
401 aa  349  4e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3260  extracellular solute-binding protein  46.15 
 
 
366 aa  348  1e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  45.45 
 
 
364 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  48.75 
 
 
366 aa  347  2e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  45.58 
 
 
365 aa  347  3e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  47.09 
 
 
365 aa  345  6e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1301  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  44.08 
 
 
364 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.803761  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  44.08 
 
 
484 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1788  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  44.08 
 
 
364 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  43.8 
 
 
364 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2310  putrescine-binding periplasmic protein precursor  43.8 
 
 
364 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  45.79 
 
 
361 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  46.05 
 
 
375 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2123  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  43.8 
 
 
364 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.44987  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  44.48 
 
 
364 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0107  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  44.23 
 
 
356 aa  342  5e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.26345  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  45.81 
 
 
366 aa  342  7e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  44.63 
 
 
364 aa  342  8e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  44.57 
 
 
365 aa  341  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  44.2 
 
 
364 aa  341  1e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  43.56 
 
 
366 aa  341  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  44.08 
 
 
364 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  43.53 
 
 
364 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  44.63 
 
 
364 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  45.03 
 
 
368 aa  340  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0375  extracellular solute-binding protein family 1  46.61 
 
 
365 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00751674  decreased coverage  0.000421612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>