More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2575 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2575  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
363 aa  742    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.941635  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2195  periplasmic polyamine-binding protein, putative  80.47 
 
 
362 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.156454  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3542  extracellular solute-binding protein  80.76 
 
 
359 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1819  extracellular solute-binding protein  79.3 
 
 
359 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.523844  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4052  extracellular solute-binding protein  67.16 
 
 
357 aa  435  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  47.88 
 
 
361 aa  360  2e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  46.91 
 
 
369 aa  346  3e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  46.61 
 
 
365 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  46.96 
 
 
366 aa  342  8e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  46.74 
 
 
369 aa  340  2e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  46.74 
 
 
369 aa  340  2e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  46.74 
 
 
369 aa  340  2e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  46.3 
 
 
367 aa  340  2e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.51 
 
 
369 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  47.99 
 
 
387 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  46.03 
 
 
367 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  47.99 
 
 
387 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  47.99 
 
 
387 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  45.98 
 
 
369 aa  339  5e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  46.33 
 
 
365 aa  338  8e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  46.05 
 
 
370 aa  338  8e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.94 
 
 
369 aa  338  8e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  48.39 
 
 
366 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  47.73 
 
 
369 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.79 
 
 
369 aa  337  2.9999999999999997e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.66 
 
 
369 aa  336  5e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  47.16 
 
 
366 aa  335  5e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  46.78 
 
 
365 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  46.78 
 
 
365 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  46.93 
 
 
366 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  46.93 
 
 
366 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  47.28 
 
 
367 aa  333  3e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2188  extracellular solute-binding protein  45.21 
 
 
367 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414153  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  47.35 
 
 
365 aa  333  3e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  46.93 
 
 
366 aa  332  6e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  46.78 
 
 
365 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  47.13 
 
 
366 aa  332  9e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  46.65 
 
 
366 aa  331  1e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2372  extracellular solute-binding protein  46.65 
 
 
367 aa  330  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.984752  normal  0.0187734 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  46.11 
 
 
366 aa  330  2e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2045  extracellular solute-binding protein  44.93 
 
 
367 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.76929  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.82 
 
 
370 aa  330  3e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  46.49 
 
 
365 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  46.15 
 
 
365 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.17 
 
 
371 aa  329  5.0000000000000004e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.17 
 
 
371 aa  329  5.0000000000000004e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.17 
 
 
371 aa  329  5.0000000000000004e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.17 
 
 
371 aa  329  6e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.45 
 
 
370 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3719  periplasmic polyamine-binding protein, putative  44.66 
 
 
367 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0307875  normal  0.343759 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  45.45 
 
 
370 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.45 
 
 
370 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.45 
 
 
370 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.45 
 
 
370 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  45.45 
 
 
370 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.45 
 
 
370 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  45.71 
 
 
367 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.89 
 
 
371 aa  326  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.17 
 
 
370 aa  326  5e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  45.81 
 
 
366 aa  325  6e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  45.17 
 
 
370 aa  325  6e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  43.54 
 
 
361 aa  324  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  46.78 
 
 
369 aa  323  2e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  47.2 
 
 
366 aa  323  4e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  46.22 
 
 
364 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  43.66 
 
 
365 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  48.08 
 
 
366 aa  320  3e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  43.79 
 
 
367 aa  318  7e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  43.79 
 
 
367 aa  318  7e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  46.13 
 
 
371 aa  318  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  44.26 
 
 
366 aa  317  2e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  43.06 
 
 
365 aa  316  5e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48460  polyamine ABC transporter substrate-binding protein  46.78 
 
 
370 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000115004  normal  0.148867 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  43.22 
 
 
367 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  43.5 
 
 
366 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  44.63 
 
 
363 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  45.38 
 
 
366 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  44.35 
 
 
363 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  43.59 
 
 
366 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  43.35 
 
 
371 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0873  periplasmic polyamine-binding protein, putative  42.98 
 
 
359 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.262615  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6181  extracellular solute-binding protein family 1  43.26 
 
 
369 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0903  extracellular solute-binding protein  42.98 
 
 
359 aa  311  9e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.551806  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  45.04 
 
 
362 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1850  extracellular solute-binding protein  44.38 
 
 
366 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.954804  decreased coverage  0.00256216 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  43.06 
 
 
371 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4625  extracellular solute-binding protein  44.57 
 
 
361 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.147553  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  42.44 
 
 
371 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  43.99 
 
 
365 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  42.66 
 
 
363 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  42.37 
 
 
363 aa  309  4e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  43.06 
 
 
371 aa  310  4e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  43.15 
 
 
372 aa  309  5e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  42.9 
 
 
364 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  44.07 
 
 
366 aa  309  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  42.9 
 
 
364 aa  308  8e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  42.78 
 
 
364 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6638  extracellular solute-binding protein family 1  42.41 
 
 
372 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3523  extracellular solute-binding protein  43.43 
 
 
361 aa  306  2.0000000000000002e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.401659  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  41.93 
 
 
367 aa  307  2.0000000000000002e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>