More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B2932 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
349 aa  712    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  98.28 
 
 
349 aa  702    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  89.71 
 
 
350 aa  647    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  89.05 
 
 
367 aa  622  1e-177  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  88.76 
 
 
408 aa  615  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  88.76 
 
 
374 aa  614  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  88.46 
 
 
348 aa  610  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  88.76 
 
 
348 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  88.46 
 
 
374 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  88.46 
 
 
374 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  87.46 
 
 
348 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  87.76 
 
 
348 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  85.67 
 
 
348 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  85.67 
 
 
348 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  85.67 
 
 
348 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  86.87 
 
 
348 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  89.1 
 
 
348 aa  600  1e-170  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  83.38 
 
 
346 aa  597  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  83.33 
 
 
348 aa  596  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  83.09 
 
 
346 aa  596  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  82.81 
 
 
346 aa  593  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  70.09 
 
 
343 aa  481  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  65.78 
 
 
342 aa  464  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  65.77 
 
 
343 aa  462  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  65.4 
 
 
342 aa  460  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  62.46 
 
 
344 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  65.42 
 
 
344 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  65.48 
 
 
343 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  63.27 
 
 
344 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  63.99 
 
 
346 aa  442  1e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  64.09 
 
 
348 aa  441  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  63.02 
 
 
345 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  63.8 
 
 
344 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  63.75 
 
 
345 aa  438  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  63.8 
 
 
344 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  64.09 
 
 
348 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  62.68 
 
 
344 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  60.57 
 
 
345 aa  430  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  64.71 
 
 
347 aa  426  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  56.05 
 
 
343 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  56.93 
 
 
362 aa  397  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  55.72 
 
 
344 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  57.78 
 
 
352 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  55.69 
 
 
342 aa  391  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  56.59 
 
 
359 aa  393  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  55.43 
 
 
344 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  54.87 
 
 
343 aa  385  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  58.57 
 
 
352 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  52.19 
 
 
363 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  52.48 
 
 
363 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  52.76 
 
 
342 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  52.76 
 
 
342 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  52.45 
 
 
342 aa  370  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  52.63 
 
 
366 aa  362  6e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  52.63 
 
 
347 aa  362  8e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  52.63 
 
 
347 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  49.13 
 
 
347 aa  327  3e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  48.7 
 
 
348 aa  324  1e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  48.41 
 
 
348 aa  322  6e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  48.82 
 
 
338 aa  322  7e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  47.52 
 
 
346 aa  311  2e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  48.15 
 
 
349 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6038  extracellular solute-binding protein  45.27 
 
 
351 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  45.93 
 
 
350 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  47.98 
 
 
351 aa  300  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3470  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  46.09 
 
 
348 aa  296  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.595538 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  44.92 
 
 
360 aa  277  2e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0161  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  43.47 
 
 
366 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1795  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  43.47 
 
 
366 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.843102  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  40.45 
 
 
357 aa  273  4.0000000000000004e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1330  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  43.14 
 
 
358 aa  269  7e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.839911  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.44 
 
 
356 aa  253  3e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1883  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.49 
 
 
363 aa  249  3e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0647342  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1739  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.79 
 
 
370 aa  250  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124985 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0531  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.49 
 
 
358 aa  249  7e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174664  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4201  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  42.15 
 
 
357 aa  247  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6321  extracellular solute-binding protein family 1  40.75 
 
 
356 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0667  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  40.73 
 
 
357 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.872941  hitchhiker  0.00848577 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2151  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  38.76 
 
 
359 aa  242  9e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.585166  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7798  extracellular solute-binding protein  39.29 
 
 
360 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528323  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0467  putative spermidine/putrescine-binding protein  34.53 
 
 
354 aa  221  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  37.29 
 
 
353 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  37.97 
 
 
341 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  38.44 
 
 
341 aa  209  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  38.44 
 
 
341 aa  209  7e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  37.82 
 
 
341 aa  208  9e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  38.55 
 
 
341 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 
341 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6089  ABC transporter substrate binding protein (polyamine)  37.54 
 
 
336 aa  202  9e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  35.84 
 
 
341 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5589  extracellular solute-binding protein family 1  37.54 
 
 
336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6544  extracellular solute-binding protein family 1  37.12 
 
 
336 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.492931 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  38.28 
 
 
339 aa  196  6e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  36.39 
 
 
341 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6249  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 
336 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2988  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  32.19 
 
 
368 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106267  normal  0.817563 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1267  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  30.43 
 
 
371 aa  184  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.704416 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2211  ABC transporter, substrate binding protein (polyamine)  34.88 
 
 
343 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0108237  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  36.66 
 
 
346 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4264  extracellular solute-binding protein family 1  35.84 
 
 
359 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>