More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_1540 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  100 
 
 
353 aa  732    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  39.33 
 
 
351 aa  242  7e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1048  extracellular solute-binding protein  31.56 
 
 
383 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357098  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  27.3 
 
 
360 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1486  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  27.35 
 
 
381 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0980554 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1091  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 
383 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2417  extracellular solute-binding protein family 1  29.97 
 
 
386 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4236  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 
383 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4132  extracellular solute-binding protein  29 
 
 
383 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  28.7 
 
 
389 aa  135  7.000000000000001e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 
383 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3622  extracellular solute-binding protein family 1  27.69 
 
 
402 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.360569 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 
374 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 
374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  32.28 
 
 
351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2788  extracellular solute-binding protein  28.01 
 
 
386 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5429  extracellular solute-binding protein  26 
 
 
370 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.485743 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3216  extracellular solute-binding protein  27.5 
 
 
405 aa  129  8.000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.018285  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3646  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 
384 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2187  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 
386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227535  normal  0.141729 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2444  extracellular solute-binding protein family 1  28.2 
 
 
401 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.512848  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0569  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 
340 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.416765  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.73 
 
 
361 aa  127  3e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  30.09 
 
 
342 aa  126  5e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3723  extracellular solute-binding protein family 1  27.18 
 
 
386 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415779  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 
363 aa  126  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  28.47 
 
 
414 aa  126  7e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3423  extracellular solute-binding protein family 1  26.83 
 
 
386 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  29.08 
 
 
359 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 
357 aa  124  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 
357 aa  124  2e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2045  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.04 
 
 
381 aa  124  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.600032  hitchhiker  0.000000000000249454 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.23 
 
 
377 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2968  extracellular solute-binding protein family 1  30 
 
 
356 aa  123  5e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.897922 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  27.4 
 
 
349 aa  123  5e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 
349 aa  122  6e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1193  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 
355 aa  122  7e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00611018  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.84 
 
 
349 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.61 
 
 
349 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.04 
 
 
381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000404923 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.42 
 
 
345 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1408  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 
336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.121808  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.42 
 
 
345 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1454  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.84 
 
 
336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 
376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 
376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 
376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  25.92 
 
 
374 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0345  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 
357 aa  120  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1619  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.04 
 
 
381 aa  120  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1330  extracellular solute-binding protein family 1  26.3 
 
 
349 aa  120  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.55 
 
 
349 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.55 
 
 
349 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.55 
 
 
349 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1524  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.76 
 
 
381 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01397  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  25.76 
 
 
381 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2206  extracellular solute-binding protein family 1  25.76 
 
 
381 aa  119  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.313197  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01408  hypothetical protein  25.76 
 
 
381 aa  119  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2219  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 
381 aa  119  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.61 
 
 
349 aa  119  7e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 
340 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.32 
 
 
349 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1364  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 
344 aa  118  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0492  transport protein  26.8 
 
 
369 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2128  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 
381 aa  117  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.205497  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  28.9 
 
 
345 aa  117  3e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 
357 aa  117  3e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  24.86 
 
 
350 aa  116  6e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2187  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.4 
 
 
316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6036  extracellular solute-binding protein family 1  28.61 
 
 
358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.62779 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 
350 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3635  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 
358 aa  114  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.248377 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  26.13 
 
 
357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  27.35 
 
 
345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.78 
 
 
348 aa  112  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 
358 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1949  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  26.54 
 
 
443 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.316244  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0689  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.33 
 
 
357 aa  110  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  25.21 
 
 
350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5951  extracellular solute-binding protein family 1  24.78 
 
 
382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  27.73 
 
 
348 aa  110  5e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 
374 aa  110  5e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.57 
 
 
347 aa  109  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  25.98 
 
 
357 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.66 
 
 
348 aa  109  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.66 
 
 
348 aa  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.66 
 
 
348 aa  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.66 
 
 
348 aa  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.66 
 
 
348 aa  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.69 
 
 
360 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 
346 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  25.31 
 
 
360 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.18 
 
 
348 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.18 
 
 
348 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  28.18 
 
 
348 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  25.99 
 
 
341 aa  108  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  24.86 
 
 
345 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.18 
 
 
348 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
354 aa  108  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 
345 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>