More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8173 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  100 
 
 
344 aa  699    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  38.94 
 
 
347 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  38.63 
 
 
347 aa  229  7e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  39.81 
 
 
323 aa  226  3e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  37.25 
 
 
358 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  28.75 
 
 
348 aa  114  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  27.6 
 
 
347 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  27.86 
 
 
340 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 
362 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
340 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.53 
 
 
383 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 
354 aa  99  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  24.21 
 
 
355 aa  96.7  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  28.8 
 
 
348 aa  95.9  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  26.48 
 
 
353 aa  93.6  5e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  27.89 
 
 
335 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  27.3 
 
 
346 aa  91.7  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  23.36 
 
 
346 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 
340 aa  88.2  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 
347 aa  87  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  22.36 
 
 
343 aa  87  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 
345 aa  86.7  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 
350 aa  86.3  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  24.84 
 
 
345 aa  86.3  8e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 
341 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.3 
 
 
348 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.3 
 
 
348 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.3 
 
 
348 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  30.34 
 
 
342 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.3 
 
 
348 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  28.46 
 
 
343 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 
342 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 
345 aa  85.1  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.3 
 
 
348 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  29.03 
 
 
343 aa  85.1  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  22.99 
 
 
338 aa  84.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.59 
 
 
348 aa  84  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.28 
 
 
348 aa  84  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 
341 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 
374 aa  83.2  0.000000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  25.16 
 
 
344 aa  83.2  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.44 
 
 
348 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  25.44 
 
 
348 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.44 
 
 
348 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  25.44 
 
 
348 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.44 
 
 
348 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 
341 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.33 
 
 
348 aa  82  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  24.54 
 
 
341 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.15 
 
 
348 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.41 
 
 
366 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  24.52 
 
 
342 aa  80.9  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 
341 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 
347 aa  80.5  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 
342 aa  80.1  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
355 aa  79.7  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 
347 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  24.63 
 
 
374 aa  79.7  0.00000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 
341 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 
341 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  26.05 
 
 
407 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  25.5 
 
 
341 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 
348 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.15 
 
 
348 aa  79.3  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  22.58 
 
 
348 aa  79  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1704  extracellular solute-binding protein family 1  26.05 
 
 
354 aa  78.6  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
343 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  23.93 
 
 
348 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  22.58 
 
 
348 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23.92 
 
 
347 aa  77.8  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  27.69 
 
 
367 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
339 aa  77  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1588  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 
368 aa  77.4  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
348 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
343 aa  77  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 
346 aa  76.6  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  23.03 
 
 
349 aa  76.6  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 
343 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  23.55 
 
 
348 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
343 aa  76.3  0.0000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23.92 
 
 
347 aa  75.9  0.0000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 
345 aa  75.5  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 
348 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  25.58 
 
 
344 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.87 
 
 
345 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  23.86 
 
 
348 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 
350 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  25.45 
 
 
344 aa  73.6  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4977  extracellular solute-binding protein family 1  26.39 
 
 
347 aa  73.2  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.187207  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  24.28 
 
 
363 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  25.57 
 
 
343 aa  73.2  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  22.62 
 
 
340 aa  72.8  0.000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.95 
 
 
345 aa  73.2  0.000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 
359 aa  72.8  0.000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  22.62 
 
 
340 aa  72.4  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 
348 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 
348 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 
348 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 
343 aa  72.4  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  23.47 
 
 
363 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>