More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2705 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  100 
 
 
342 aa  702    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  57.61 
 
 
335 aa  394  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  53.35 
 
 
344 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  50.29 
 
 
347 aa  355  5.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  47.01 
 
 
354 aa  333  3e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  47.35 
 
 
345 aa  332  8e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  45.35 
 
 
347 aa  329  5.0000000000000004e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.89 
 
 
383 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  48.77 
 
 
362 aa  326  3e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  45.96 
 
 
355 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  43.31 
 
 
342 aa  319  5e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  42.57 
 
 
407 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  38.4 
 
 
374 aa  239  5e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  38.34 
 
 
350 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  38.6 
 
 
355 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  38.74 
 
 
348 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  38.34 
 
 
350 aa  229  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  37.35 
 
 
355 aa  229  7e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  36.42 
 
 
358 aa  225  8e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  35.87 
 
 
347 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  37.23 
 
 
355 aa  220  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  37.31 
 
 
348 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  37.31 
 
 
348 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  36.12 
 
 
350 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  37.04 
 
 
348 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  37 
 
 
348 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  35.84 
 
 
348 aa  206  7e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.78 
 
 
348 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  35.63 
 
 
348 aa  203  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  30.41 
 
 
338 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 
348 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  30.4 
 
 
348 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
347 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  28.23 
 
 
349 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  28.88 
 
 
347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
347 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 
345 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  29.43 
 
 
345 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 
340 aa  108  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  28.87 
 
 
323 aa  106  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  26.84 
 
 
344 aa  106  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 
340 aa  105  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 
355 aa  103  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 
343 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 
347 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  28.48 
 
 
340 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  26.9 
 
 
346 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.41 
 
 
354 aa  96.3  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
345 aa  94.7  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 
363 aa  92  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 
365 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.44 
 
 
364 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  29.44 
 
 
364 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  26.07 
 
 
348 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 
358 aa  83.6  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.61 
 
 
365 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  25.72 
 
 
320 aa  81.6  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  24.52 
 
 
344 aa  80.9  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 
342 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  27.19 
 
 
341 aa  79.7  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.68 
 
 
341 aa  78.6  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  21.45 
 
 
343 aa  77  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0544  extracellular solute-binding protein  29.81 
 
 
322 aa  76.6  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 
342 aa  76.3  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  25.66 
 
 
353 aa  76.3  0.0000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.38 
 
 
341 aa  76.3  0.0000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 
342 aa  75.9  0.0000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7603  ABC transporter substrate binding protein  25.36 
 
 
346 aa  74.3  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 
343 aa  73.9  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  26.82 
 
 
351 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  24.38 
 
 
340 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  25.82 
 
 
342 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1463  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 
326 aa  71.2  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.512158  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
343 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  26.82 
 
 
351 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
341 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.49 
 
 
341 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 
340 aa  70.1  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  24.92 
 
 
341 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5130  extracellular solute-binding protein family 1  25.45 
 
 
347 aa  69.7  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.92 
 
 
341 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 
326 aa  69.7  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 
359 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 
355 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.8 
 
 
345 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  26.22 
 
 
341 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 
341 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  25.74 
 
 
367 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.8 
 
 
345 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.74 
 
 
341 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.46 
 
 
349 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.46 
 
 
349 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.46 
 
 
349 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1363  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 
340 aa  67.8  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.634696  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2993  extracellular solute-binding protein family 1  25.1 
 
 
350 aa  67  0.0000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  25.67 
 
 
351 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.12 
 
 
349 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.12 
 
 
349 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.12 
 
 
349 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.94 
 
 
347 aa  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>