More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B1682 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  99.18 
 
 
364 aa  738    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  87.67 
 
 
365 aa  661    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  89.04 
 
 
365 aa  670    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  100 
 
 
364 aa  742    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  65.4 
 
 
367 aa  488  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  59.5 
 
 
363 aa  454  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 
355 aa  100  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 
338 aa  100  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  31.32 
 
 
348 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 
347 aa  93.2  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  30.49 
 
 
347 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  31.9 
 
 
345 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  31.43 
 
 
345 aa  86.7  6e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  29.44 
 
 
342 aa  85.5  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.93 
 
 
361 aa  84.7  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  30.66 
 
 
347 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  28.57 
 
 
348 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 
355 aa  81.6  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.09 
 
 
345 aa  81.3  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 
354 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  28.23 
 
 
323 aa  77.4  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
347 aa  77  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
342 aa  76.6  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  30.09 
 
 
335 aa  75.5  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  27.44 
 
 
346 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 
341 aa  75.5  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.24 
 
 
378 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 
368 aa  74.3  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  27.44 
 
 
342 aa  73.2  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.12 
 
 
343 aa  73.6  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 
363 aa  72.4  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 
366 aa  72.4  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.31 
 
 
383 aa  72  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  34.44 
 
 
347 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 
363 aa  71.2  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  27.49 
 
 
345 aa  70.9  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.3 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.3 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.64 
 
 
353 aa  70.1  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 
360 aa  69.7  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 
374 aa  69.7  0.00000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  27.19 
 
 
344 aa  68.9  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.01 
 
 
355 aa  69.3  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
346 aa  68.9  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 
362 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 
347 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  25.61 
 
 
355 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  33.58 
 
 
358 aa  68.6  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 
351 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1503  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.91 
 
 
352 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.0238338 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  26.75 
 
 
349 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  23.94 
 
 
348 aa  67  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  26.89 
 
 
357 aa  66.2  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  25.14 
 
 
350 aa  66.2  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  27.36 
 
 
346 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.67 
 
 
349 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.67 
 
 
349 aa  65.5  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.67 
 
 
349 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 
350 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 
342 aa  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  23.31 
 
 
346 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.67 
 
 
345 aa  65.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
348 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  20.91 
 
 
340 aa  65.5  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 
354 aa  64.7  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.67 
 
 
345 aa  65.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.28 
 
 
360 aa  65.1  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  26.26 
 
 
360 aa  65.1  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 
346 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  26.69 
 
 
346 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 
345 aa  64.3  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.24 
 
 
349 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 
358 aa  63.9  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.48 
 
 
345 aa  63.9  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  22.99 
 
 
342 aa  63.5  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6156  extracellular solute-binding protein family 1  25.91 
 
 
368 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  28.37 
 
 
349 aa  62.8  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  31.72 
 
 
396 aa  62.8  0.000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.82 
 
 
347 aa  62.8  0.000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 
350 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.35 
 
 
347 aa  62.4  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  28.37 
 
 
349 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3190  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  23.8 
 
 
370 aa  62.4  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 
349 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 
349 aa  62.4  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 
373 aa  62  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  20.93 
 
 
340 aa  61.6  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5951  extracellular solute-binding protein family 1  28.48 
 
 
382 aa  62  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.66 
 
 
349 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.1 
 
 
367 aa  61.6  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1330  extracellular solute-binding protein family 1  24.78 
 
 
349 aa  61.2  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  25.85 
 
 
342 aa  61.2  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 
362 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
374 aa  61.2  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.97 
 
 
349 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 
396 aa  61.2  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  23.13 
 
 
407 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  24 
 
 
357 aa  60.8  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  22.73 
 
 
374 aa  60.5  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.85 
 
 
367 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>