More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3515 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  100 
 
 
345 aa  697    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  98.84 
 
 
345 aa  690    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  33.72 
 
 
345 aa  149  8e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.21 
 
 
383 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  32.63 
 
 
362 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 
354 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  30.06 
 
 
355 aa  133  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  30.09 
 
 
335 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 
338 aa  124  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  30.31 
 
 
345 aa  122  8e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  30.64 
 
 
347 aa  122  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  30.26 
 
 
340 aa  122  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 
347 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  28.15 
 
 
348 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  26.53 
 
 
346 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  29.88 
 
 
353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  26.99 
 
 
348 aa  116  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  29.64 
 
 
342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  28.69 
 
 
407 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
343 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  29.63 
 
 
347 aa  113  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 
347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.04 
 
 
354 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  30 
 
 
344 aa  109  8.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  29.1 
 
 
323 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.22 
 
 
354 aa  103  4e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 
355 aa  100  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  26.59 
 
 
347 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 
343 aa  100  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 
342 aa  99.8  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  26.02 
 
 
340 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 
347 aa  98.2  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 
358 aa  97.4  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  27.33 
 
 
344 aa  97.4  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  27.51 
 
 
346 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
355 aa  97.4  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3744  twin-arginine translocation pathway signal  25.07 
 
 
345 aa  97.1  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 
340 aa  94.4  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 
348 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 
348 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 
365 aa  92.8  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.03 
 
 
365 aa  92  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.44 
 
 
378 aa  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  23.92 
 
 
348 aa  90.9  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  24.93 
 
 
344 aa  89.7  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 
348 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  25.08 
 
 
349 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 
359 aa  87  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
355 aa  86.7  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.43 
 
 
364 aa  86.3  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 
348 aa  86.3  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  27.32 
 
 
350 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  30.14 
 
 
364 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 
350 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 
348 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  28.01 
 
 
346 aa  81.3  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 
339 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.39 
 
 
360 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  26.81 
 
 
348 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  26.22 
 
 
346 aa  79.7  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6249  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 
336 aa  79.7  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 
343 aa  79.3  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.49 
 
 
348 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6115  extracellular solute-binding protein  29.86 
 
 
350 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.291743  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  25.47 
 
 
343 aa  77.8  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.62 
 
 
347 aa  76.6  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  26.04 
 
 
360 aa  76.6  0.0000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.11 
 
 
345 aa  76.6  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 
374 aa  76.6  0.0000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.93 
 
 
348 aa  76.3  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  25.16 
 
 
346 aa  75.9  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
341 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 
341 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  28.49 
 
 
341 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 
349 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6544  extracellular solute-binding protein family 1  27.67 
 
 
336 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.492931 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5589  extracellular solute-binding protein family 1  27.36 
 
 
336 aa  73.9  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1913  extracellular solute-binding protein family 1  25.76 
 
 
348 aa  73.9  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0831866  normal  0.645841 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  25.98 
 
 
367 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  26.95 
 
 
358 aa  73.6  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 
341 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  25.9 
 
 
347 aa  72.4  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.57 
 
 
347 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 
396 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  25.78 
 
 
343 aa  71.6  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  25.96 
 
 
338 aa  71.2  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.84 
 
 
348 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.84 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  24.84 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.84 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  24.84 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.84 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.84 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 
347 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 
343 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.84 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.84 
 
 
348 aa  70.5  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.53 
 
 
345 aa  70.1  0.00000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
354 aa  69.7  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 
373 aa  69.7  0.00000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>