More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6249 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6249  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 336 aa  678    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6544  extracellular solute-binding protein family 1  86.98 
 
 		 336 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.492931 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5589  extracellular solute-binding protein family 1  87.3 
 
 		 336 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6089  ABC transporter substrate binding protein (polyamine)  79.17 
 
 		 336 aa  554  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2211  ABC transporter, substrate binding protein (polyamine)  64.22 
 
 		 343 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0108237  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6115  extracellular solute-binding protein  63.8 
 
 		 350 aa  421  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.291743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  58.36 
 
 		 341 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  59.94 
 
 		 341 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  59.94 
 
 		 341 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  58.38 
 
 		 341 aa  393  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  59.34 
 
 		 341 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  59.34 
 
 		 341 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  57.23 
 
 		 341 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  55.52 
 
 		 339 aa  384  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  56.93 
 
 		 341 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1590  extracellular solute-binding protein family 1  42.09 
 
 		 352 aa  260  3e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0458056 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0446  extracellular solute-binding protein family 1  41.61 
 
 		 352 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  36.95 
 
 		 346 aa  215  7e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  38.84 
 
 		 348 aa  215  9e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  38.84 
 
 		 348 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  39.23 
 
 		 350 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  38.33 
 
 		 347 aa  209  7e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  37.1 
 
 		 343 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  36.92 
 
 		 343 aa  204  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  37.1 
 
 		 345 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  38.41 
 
 		 349 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  36.26 
 
 		 345 aa  202  9e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  36.76 
 
 		 362 aa  199  7e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  36.58 
 
 		 342 aa  199  7.999999999999999e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  36.47 
 
 		 342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  37.78 
 
 		 348 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0755  ABC transporter, binding protein  37.25 
 
 		 371 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.491874  normal  0.244729 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  42.55 
 
 		 351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  36.23 
 
 		 346 aa  196  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6156  extracellular solute-binding protein family 1  39.57 
 
 		 368 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  35.76 
 
 		 343 aa  194  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.92 
 
 		 349 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  36.92 
 
 		 349 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  35.84 
 
 		 344 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  36.09 
 
 		 345 aa  193  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3190  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  38.41 
 
 		 370 aa  193  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  36.39 
 
 		 338 aa  194  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  35.88 
 
 		 359 aa  193  4e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  35.69 
 
 		 344 aa  192  6e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  35.55 
 
 		 344 aa  192  9e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  35.84 
 
 		 344 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  36.83 
 
 		 348 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  36.83 
 
 		 348 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  34.71 
 
 		 343 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  35.49 
 
 		 348 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  35.49 
 
 		 348 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  35.55 
 
 		 344 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  36.83 
 
 		 348 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  35.78 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1503  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  37.92 
 
 		 352 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.0238338 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3862  extracellular solute-binding protein  38.83 
 
 		 348 aa  190  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  35.8 
 
 		 346 aa  189  5e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  36.68 
 
 		 348 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  37.12 
 
 		 348 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  36.53 
 
 		 344 aa  189  8e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  36.34 
 
 		 367 aa  189  8e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  36.44 
 
 		 348 aa  189  9e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  36.73 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0567  extracellular solute-binding protein family 1  36.31 
 
 		 366 aa  186  5e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.149111  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  36.11 
 
 		 346 aa  185  7e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1865  extracellular solute-binding protein  33.73 
 
 		 352 aa  186  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00327165  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 		 348 aa  186  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  33.73 
 
 		 344 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  34.12 
 
 		 343 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  38.83 
 
 		 346 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.71 
 
 		 374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.71 
 
 		 374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.71 
 
 		 348 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1032  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 		 341 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.284122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  35.71 
 
 		 374 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.71 
 
 		 408 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  35.71 
 
 		 348 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3647  extracellular solute-binding protein family 1  36.81 
 
 		 349 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.820698  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  34.04 
 
 		 344 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  38.51 
 
 		 351 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  35.8 
 
 		 347 aa  179  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  32.94 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  33.14 
 
 		 363 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  36.09 
 
 		 353 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4264  extracellular solute-binding protein family 1  34.46 
 
 		 359 aa  172  9e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5469  extracellular solute-binding protein  34.51 
 
 		 361 aa  172  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  33.23 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.23 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2544  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  32.06 
 
 		 370 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.66454  normal  0.363997 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  32.84 
 
 		 363 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6038  extracellular solute-binding protein  35.91 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2264  extracellular solute-binding protein family 1  34.39 
 
 		 362 aa  168  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.482994 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3470  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  37.15 
 
 		 348 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.595538 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.92 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  33.64 
 
 		 357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4873  putative spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  33.94 
 
 		 360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987187  normal  0.365367 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7798  extracellular solute-binding protein  35.59 
 
 		 360 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  33.61 
 
 		 360 aa  166  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.33 
 
 		 356 aa  165  9e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0467  putative spermidine/putrescine-binding protein  32.84 
 
 		 354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>