More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1519 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  93.93 
 
 		 346 aa  657    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 346 aa  711    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  96.82 
 
 		 346 aa  669    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  83.71 
 
 		 350 aa  615  1e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  83.38 
 
 		 348 aa  600  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  84.24 
 
 		 349 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  83.09 
 
 		 348 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  83.09 
 
 		 348 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  83.09 
 
 		 348 aa  599  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  83.09 
 
 		 348 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  83.38 
 
 		 349 aa  596  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  87.54 
 
 		 348 aa  590  1e-168  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  87.54 
 
 		 408 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  86.92 
 
 		 348 aa  590  1e-168  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  87.54 
 
 		 367 aa  593  1e-168  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  87.54 
 
 		 374 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  87.23 
 
 		 348 aa  588  1e-167  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  87.23 
 
 		 374 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  87.23 
 
 		 374 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  85.67 
 
 		 348 aa  584  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  81.69 
 
 		 348 aa  578  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  70.09 
 
 		 343 aa  476  1e-133  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  63.95 
 
 		 342 aa  448  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  63.16 
 
 		 342 aa  448  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  66.15 
 
 		 343 aa  450  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  62.58 
 
 		 345 aa  434  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  61.34 
 
 		 343 aa  434  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  60.52 
 
 		 345 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  59.25 
 
 		 346 aa  432  1e-120  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  62.62 
 
 		 344 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  60.29 
 
 		 345 aa  431  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  59.3 
 
 		 344 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  61.3 
 
 		 348 aa  425  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  61.3 
 
 		 348 aa  424  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  59.53 
 
 		 344 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  59.53 
 
 		 344 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  59.53 
 
 		 344 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  59.53 
 
 		 344 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  61.61 
 
 		 347 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  54.41 
 
 		 352 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  54.87 
 
 		 362 aa  389  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  54.52 
 
 		 342 aa  390  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  53.98 
 
 		 343 aa  389  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  53.35 
 
 		 344 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  53.64 
 
 		 344 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  55.32 
 
 		 359 aa  382  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  54.12 
 
 		 352 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  52.51 
 
 		 343 aa  372  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  51.76 
 
 		 342 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  52.02 
 
 		 342 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  51.47 
 
 		 342 aa  367  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  53.23 
 
 		 347 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  51.61 
 
 		 363 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  51.32 
 
 		 363 aa  363  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  52.63 
 
 		 366 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  52.63 
 
 		 347 aa  359  4e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  48.26 
 
 		 348 aa  328  1.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  48.06 
 
 		 338 aa  325  5e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  47.97 
 
 		 348 aa  325  5e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  47.52 
 
 		 347 aa  323  3e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  46.09 
 
 		 346 aa  309  5.9999999999999995e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  45.68 
 
 		 349 aa  298  9e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  44.06 
 
 		 350 aa  297  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0161  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  44.48 
 
 		 366 aa  289  4e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1795  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  44.48 
 
 		 366 aa  289  4e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.843102  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1330  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  44.44 
 
 		 358 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.839911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  45.48 
 
 		 351 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6038  extracellular solute-binding protein  44.55 
 
 		 351 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3470  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  44.86 
 
 		 348 aa  286  5e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.595538 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  46.25 
 
 		 360 aa  285  8e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  40.4 
 
 		 357 aa  270  4e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.34 
 
 		 356 aa  267  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1739  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.69 
 
 		 370 aa  265  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.124985 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1883  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.86 
 
 		 363 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0647342  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0531  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.57 
 
 		 358 aa  260  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6321  extracellular solute-binding protein family 1  42.24 
 
 		 356 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2151  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  40.85 
 
 		 359 aa  256  4e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.585166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0667  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  42.98 
 
 		 357 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.872941  hitchhiker  0.00848577 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7798  extracellular solute-binding protein  39.03 
 
 		 360 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4201  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  39.44 
 
 		 357 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0467  putative spermidine/putrescine-binding protein  35.8 
 
 		 354 aa  235  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  37.82 
 
 		 353 aa  222  8e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 		 339 aa  202  8e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6544  extracellular solute-binding protein family 1  37.42 
 
 		 336 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.492931 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 		 341 aa  196  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1267  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  31.93 
 
 		 371 aa  195  8.000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.704416 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  35.24 
 
 		 341 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5589  extracellular solute-binding protein family 1  38.05 
 
 		 336 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  35.53 
 
 		 341 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  35.43 
 
 		 341 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6089  ABC transporter substrate binding protein (polyamine)  35.78 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2988  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  32.56 
 
 		 368 aa  191  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106267  normal  0.817563 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 		 341 aa  190  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  35.24 
 
 		 341 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  35.24 
 
 		 341 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  35.19 
 
 		 341 aa  185  9e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2211  ABC transporter, substrate binding protein (polyamine)  35.49 
 
 		 343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0108237  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  36.52 
 
 		 346 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6249  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 		 336 aa  182  7e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4264  extracellular solute-binding protein family 1  35.69 
 
 		 359 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>