More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3447 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
341 aa  690    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  81.52 
 
 
341 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  80.35 
 
 
341 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  80.65 
 
 
341 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  80.35 
 
 
341 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  78.89 
 
 
341 aa  565  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  76.83 
 
 
341 aa  555  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  76.83 
 
 
341 aa  545  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  70.38 
 
 
339 aa  502  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2211  ABC transporter, substrate binding protein (polyamine)  62.22 
 
 
343 aa  421  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0108237  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6115  extracellular solute-binding protein  62.69 
 
 
350 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.291743  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6089  ABC transporter substrate binding protein (polyamine)  58.46 
 
 
336 aa  400  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6249  extracellular solute-binding protein  60.19 
 
 
336 aa  400  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6544  extracellular solute-binding protein family 1  59.49 
 
 
336 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.492931 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5589  extracellular solute-binding protein family 1  59.18 
 
 
336 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1590  extracellular solute-binding protein family 1  40.74 
 
 
352 aa  276  3e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0458056 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0446  extracellular solute-binding protein family 1  40.44 
 
 
352 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  41.74 
 
 
346 aa  247  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 
350 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4201  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  39.71 
 
 
357 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  37.15 
 
 
343 aa  217  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3190  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  37.95 
 
 
370 aa  214  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  38.17 
 
 
343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  37.64 
 
 
342 aa  212  9e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  38.11 
 
 
349 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  36.31 
 
 
359 aa  209  6e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 
345 aa  209  6e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0755  ABC transporter, binding protein  38.31 
 
 
371 aa  209  7e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.491874  normal  0.244729 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  36.63 
 
 
362 aa  209  7e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  37.57 
 
 
343 aa  209  8e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  36.5 
 
 
342 aa  208  9e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  38.24 
 
 
347 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  36.34 
 
 
345 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  38.55 
 
 
342 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  37.54 
 
 
348 aa  206  4e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1865  extracellular solute-binding protein  35.1 
 
 
352 aa  206  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00327165  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  38.19 
 
 
346 aa  206  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  36.31 
 
 
345 aa  206  7e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  37.25 
 
 
348 aa  204  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1032  extracellular solute-binding protein  34.91 
 
 
341 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.284122  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  38.28 
 
 
344 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  37.35 
 
 
348 aa  203  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  37.35 
 
 
338 aa  202  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3647  extracellular solute-binding protein family 1  37.76 
 
 
349 aa  202  6e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.820698  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  37.89 
 
 
348 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0567  extracellular solute-binding protein family 1  38.29 
 
 
366 aa  202  7e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.149111  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  38.04 
 
 
346 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  36 
 
 
350 aa  202  9e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  35.1 
 
 
343 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  36.13 
 
 
349 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  37.89 
 
 
348 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7798  extracellular solute-binding protein  36.06 
 
 
360 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528323  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  36.55 
 
 
344 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.87 
 
 
356 aa  201  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.84 
 
 
349 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  40.31 
 
 
351 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  37.83 
 
 
344 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  37.54 
 
 
344 aa  199  7e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  36.75 
 
 
352 aa  199  7e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1739  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.82 
 
 
370 aa  198  9e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124985 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  37.54 
 
 
344 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  35.99 
 
 
344 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  38.12 
 
 
344 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2151  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  34.73 
 
 
359 aa  198  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.585166  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6156  extracellular solute-binding protein family 1  39.32 
 
 
368 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  36.02 
 
 
367 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  36.12 
 
 
348 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  36.47 
 
 
342 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  36.02 
 
 
374 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  36.02 
 
 
374 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  36.47 
 
 
342 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  36.12 
 
 
348 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  36.02 
 
 
348 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1503  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  37.11 
 
 
352 aa  192  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.0238338 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  36.02 
 
 
374 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  35.69 
 
 
346 aa  192  6e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  36.02 
 
 
408 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  36.02 
 
 
348 aa  192  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  35.91 
 
 
344 aa  192  7e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  36.02 
 
 
348 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  34.17 
 
 
357 aa  192  7e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  36.99 
 
 
352 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  36.15 
 
 
343 aa  192  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  35.4 
 
 
348 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  35.4 
 
 
348 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  35.4 
 
 
348 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  35.69 
 
 
346 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  36.17 
 
 
342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  33.24 
 
 
360 aa  189  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  36.02 
 
 
348 aa  189  7e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  35.69 
 
 
346 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1883  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.69 
 
 
363 aa  185  8e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0647342  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0531  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.69 
 
 
358 aa  185  9e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174664  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  37.23 
 
 
347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0161  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  36.76 
 
 
366 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1795  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  36.76 
 
 
366 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.843102  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0667  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  35.41 
 
 
357 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.872941  hitchhiker  0.00848577 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2544  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  32.59 
 
 
370 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.66454  normal  0.363997 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  37.69 
 
 
351 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  35.29 
 
 
363 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>