More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4296 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  100 
 
 
345 aa  702    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  84.35 
 
 
345 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  65 
 
 
348 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  64.41 
 
 
348 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  63.53 
 
 
348 aa  441  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  63.53 
 
 
348 aa  441  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  63.53 
 
 
348 aa  441  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  66.36 
 
 
348 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  66.04 
 
 
348 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  63.82 
 
 
348 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  64.49 
 
 
346 aa  436  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  65.73 
 
 
374 aa  434  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  65.73 
 
 
408 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  65.73 
 
 
374 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  65.73 
 
 
374 aa  434  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  65.73 
 
 
348 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  65.11 
 
 
367 aa  432  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  59.83 
 
 
350 aa  431  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  65.73 
 
 
348 aa  434  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  60.23 
 
 
346 aa  429  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  64.17 
 
 
349 aa  428  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  63.86 
 
 
349 aa  428  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  59.65 
 
 
346 aa  423  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  60.44 
 
 
343 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  57.65 
 
 
342 aa  395  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  56.81 
 
 
342 aa  391  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  56.89 
 
 
343 aa  389  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  57.32 
 
 
345 aa  381  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  55.14 
 
 
344 aa  368  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  52.75 
 
 
344 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  53.45 
 
 
346 aa  367  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  52.17 
 
 
343 aa  367  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  51.48 
 
 
344 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  53.27 
 
 
348 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  53.27 
 
 
348 aa  359  3e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  52.21 
 
 
344 aa  358  8e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  50.59 
 
 
344 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  50.43 
 
 
344 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  50.43 
 
 
344 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  49.12 
 
 
342 aa  352  5.9999999999999994e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  50.74 
 
 
344 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  48.82 
 
 
359 aa  347  1e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  48.53 
 
 
362 aa  347  2e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  47.94 
 
 
343 aa  345  4e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  49.13 
 
 
352 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  51.71 
 
 
352 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  47.35 
 
 
343 aa  341  1e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  52.01 
 
 
347 aa  339  4e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  46.59 
 
 
363 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  48.33 
 
 
366 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  48.91 
 
 
347 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  48.46 
 
 
347 aa  332  5e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  46.18 
 
 
363 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  44.21 
 
 
342 aa  316  4e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  44.21 
 
 
342 aa  316  4e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  43.92 
 
 
342 aa  313  3.9999999999999997e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  43.68 
 
 
348 aa  301  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  43.39 
 
 
348 aa  299  6e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  44.09 
 
 
347 aa  296  3e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  43.53 
 
 
350 aa  290  2e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  44.08 
 
 
346 aa  287  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3470  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  42.32 
 
 
348 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.595538 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  44.38 
 
 
338 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  43.4 
 
 
351 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  42.99 
 
 
349 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6038  extracellular solute-binding protein  41.51 
 
 
351 aa  272  6e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1795  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  41.08 
 
 
366 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.843102  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0161  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  41.08 
 
 
366 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92588  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1330  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  40.79 
 
 
358 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.839911  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.9 
 
 
356 aa  255  8e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  40.44 
 
 
360 aa  254  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1883  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.03 
 
 
363 aa  245  9e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0647342  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0531  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.03 
 
 
358 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174664  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0667  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  41.03 
 
 
357 aa  242  5e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.872941  hitchhiker  0.00848577 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1739  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.22 
 
 
370 aa  239  6.999999999999999e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124985 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  37.18 
 
 
357 aa  238  8e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2151  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  39 
 
 
359 aa  234  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.585166  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6321  extracellular solute-binding protein family 1  38.64 
 
 
356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4201  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  38.46 
 
 
357 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0467  putative spermidine/putrescine-binding protein  34.39 
 
 
354 aa  231  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7798  extracellular solute-binding protein  36.18 
 
 
360 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528323  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6115  extracellular solute-binding protein  38.26 
 
 
350 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.291743  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  36.8 
 
 
339 aa  203  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 
341 aa  203  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  37.18 
 
 
341 aa  202  7e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6089  ABC transporter substrate binding protein (polyamine)  36.13 
 
 
336 aa  201  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  36.31 
 
 
341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2544  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  33.95 
 
 
370 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.66454  normal  0.363997 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6249  extracellular solute-binding protein  37.58 
 
 
336 aa  199  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  37.36 
 
 
341 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  37.36 
 
 
341 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2211  ABC transporter, substrate binding protein (polyamine)  37.23 
 
 
343 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0108237  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  37.07 
 
 
341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  36.78 
 
 
341 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5589  extracellular solute-binding protein family 1  37.23 
 
 
336 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6544  extracellular solute-binding protein family 1  37.23 
 
 
336 aa  196  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.492931 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  36.31 
 
 
341 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3858  extracellular solute-binding protein  34.26 
 
 
358 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  34.18 
 
 
353 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1032  extracellular solute-binding protein  34.31 
 
 
341 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.284122  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>