167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0755 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0755  ABC transporter, binding protein  100 
 
 
371 aa  755    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.491874  normal  0.244729 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3190  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  51.77 
 
 
370 aa  397  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  38.31 
 
 
341 aa  208  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  39.04 
 
 
341 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  37.57 
 
 
341 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6115  extracellular solute-binding protein  38.99 
 
 
350 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.291743  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3647  extracellular solute-binding protein family 1  36.88 
 
 
349 aa  199  9e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.820698  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6544  extracellular solute-binding protein family 1  37.74 
 
 
336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.492931 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  37.23 
 
 
341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5589  extracellular solute-binding protein family 1  37.1 
 
 
336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  37.23 
 
 
341 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6249  extracellular solute-binding protein  37.25 
 
 
336 aa  197  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  37.83 
 
 
341 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  37.23 
 
 
341 aa  196  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  35.8 
 
 
341 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  37.54 
 
 
339 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  38.22 
 
 
346 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6089  ABC transporter substrate binding protein (polyamine)  35.91 
 
 
336 aa  186  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2211  ABC transporter, substrate binding protein (polyamine)  36.27 
 
 
343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0108237  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  35.21 
 
 
351 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6156  extracellular solute-binding protein family 1  36.2 
 
 
368 aa  180  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1503  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  35.33 
 
 
352 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.0238338 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1590  extracellular solute-binding protein family 1  32.53 
 
 
352 aa  161  2e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0458056 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0446  extracellular solute-binding protein family 1  33.97 
 
 
352 aa  159  7e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4687  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  33.24 
 
 
356 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.616016  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5469  extracellular solute-binding protein  28.99 
 
 
361 aa  145  8.000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27299  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  31.83 
 
 
353 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  31.07 
 
 
348 aa  145  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  31.33 
 
 
338 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1032  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 
341 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.284122  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.07 
 
 
348 aa  143  5e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 
350 aa  143  6e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  29.85 
 
 
347 aa  142  7e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4873  putative spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  27.87 
 
 
360 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987187  normal  0.365367 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1739  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.61 
 
 
370 aa  140  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124985 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3858  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 
358 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 
360 aa  135  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4264  extracellular solute-binding protein family 1  29.79 
 
 
359 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  31.21 
 
 
349 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  30.31 
 
 
352 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 
346 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  30.32 
 
 
352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3734  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  28.79 
 
 
357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22364  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1865  extracellular solute-binding protein  30.92 
 
 
352 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00327165  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  29.71 
 
 
343 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  27.93 
 
 
346 aa  129  8.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5129  extracellular solute-binding protein family 1  30.56 
 
 
362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2151  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  28.53 
 
 
359 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.585166  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3862  extracellular solute-binding protein  30.03 
 
 
348 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2544  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.94 
 
 
370 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.66454  normal  0.363997 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1330  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  27.61 
 
 
358 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.839911  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0667  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  29.97 
 
 
357 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.872941  hitchhiker  0.00848577 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0161  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.37 
 
 
366 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92588  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1883  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.67 
 
 
363 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0647342  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0467  putative spermidine/putrescine-binding protein  25.58 
 
 
354 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0531  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.67 
 
 
358 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174664  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1795  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.37 
 
 
366 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.843102  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4943  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 
352 aa  124  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.240238  normal  0.395223 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 
342 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  30.13 
 
 
351 aa  122  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  27.14 
 
 
343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 
342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.3 
 
 
342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  27.62 
 
 
362 aa  121  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4603  putative ABC transporter binding protein component  28.86 
 
 
358 aa  120  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0921345  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 
344 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
345 aa  120  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  26.99 
 
 
359 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  28.7 
 
 
363 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.17 
 
 
356 aa  119  9e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2264  extracellular solute-binding protein family 1  30.56 
 
 
362 aa  119  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.482994 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0567  extracellular solute-binding protein family 1  29.34 
 
 
366 aa  118  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.149111  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2988  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  29.56 
 
 
368 aa  119  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106267  normal  0.817563 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  27.69 
 
 
342 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.98 
 
 
342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.24 
 
 
345 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  27.51 
 
 
363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  27.73 
 
 
348 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  27.91 
 
 
344 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  27.73 
 
 
348 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2365  hypothetical protein  25.14 
 
 
361 aa  116  6e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  29.02 
 
 
344 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 
343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3470  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.35 
 
 
348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.595538 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6038  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  28.16 
 
 
347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 
366 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 
348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  28.71 
 
 
344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  27.59 
 
 
342 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  27.37 
 
 
357 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
345 aa  113  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 
344 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 
347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  29.31 
 
 
344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 
348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 
348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 
348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6321  extracellular solute-binding protein family 1  26.04 
 
 
356 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.67 
 
 
374 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>