136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2988 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2988  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  100 
 
 
368 aa  751    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106267  normal  0.817563 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1267  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  68.82 
 
 
371 aa  540  9.999999999999999e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.704416 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  46.2 
 
 
356 aa  315  6e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1739  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.08 
 
 
370 aa  311  1e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124985 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1330  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  46.36 
 
 
358 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.839911  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2151  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  45.86 
 
 
359 aa  306  3e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.585166  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0161  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  46.36 
 
 
366 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1795  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  46.36 
 
 
366 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.843102  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1883  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.6 
 
 
363 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0647342  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0531  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  46.11 
 
 
358 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174664  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0667  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  45.71 
 
 
357 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.872941  hitchhiker  0.00848577 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  41.64 
 
 
357 aa  278  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  41.67 
 
 
360 aa  263  3e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6321  extracellular solute-binding protein family 1  41.23 
 
 
356 aa  261  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1773  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  40.17 
 
 
377 aa  251  1e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4201  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  38.17 
 
 
357 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7798  extracellular solute-binding protein  37.47 
 
 
360 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528323  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6038  extracellular solute-binding protein  39.12 
 
 
351 aa  227  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  38.71 
 
 
351 aa  226  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3470  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  39.18 
 
 
348 aa  226  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.595538 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  36.63 
 
 
348 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  36.63 
 
 
348 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  36.36 
 
 
346 aa  216  4e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  35.43 
 
 
344 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  35.97 
 
 
350 aa  211  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 
343 aa  210  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 
347 aa  210  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  35.29 
 
 
344 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 
344 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  35.01 
 
 
344 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  34.43 
 
 
347 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  35.05 
 
 
348 aa  205  8e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.05 
 
 
348 aa  204  3e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  33.7 
 
 
349 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  33.98 
 
 
343 aa  196  5.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  33.43 
 
 
345 aa  196  5.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  32.85 
 
 
346 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  31.97 
 
 
350 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 
343 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  34.17 
 
 
342 aa  194  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  33.7 
 
 
342 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  34.69 
 
 
338 aa  193  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  32.97 
 
 
344 aa  192  8e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  32.33 
 
 
346 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  33.98 
 
 
343 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  32.56 
 
 
346 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  32.46 
 
 
374 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.46 
 
 
348 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.46 
 
 
408 aa  188  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.46 
 
 
374 aa  188  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  32.46 
 
 
348 aa  188  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.46 
 
 
374 aa  188  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.46 
 
 
367 aa  187  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.56 
 
 
349 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  32.27 
 
 
349 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  31.71 
 
 
348 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  32.32 
 
 
348 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  31.71 
 
 
348 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  31.71 
 
 
348 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
345 aa  187  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  33.52 
 
 
362 aa  186  5e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  33.8 
 
 
344 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 
348 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  32.55 
 
 
344 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.44 
 
 
348 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  32.88 
 
 
343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  32.04 
 
 
348 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  31.69 
 
 
346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  32.23 
 
 
363 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  33.14 
 
 
347 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  33.14 
 
 
366 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  32.34 
 
 
359 aa  182  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  32.94 
 
 
352 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  33.82 
 
 
342 aa  182  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  32.45 
 
 
348 aa  182  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  32.65 
 
 
352 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  32.68 
 
 
344 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.18 
 
 
342 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 
342 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.27 
 
 
345 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  32.65 
 
 
363 aa  175  9e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.9 
 
 
342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  33.97 
 
 
341 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
341 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  34.11 
 
 
341 aa  173  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 
341 aa  173  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0467  putative spermidine/putrescine-binding protein  32.6 
 
 
354 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  33.7 
 
 
341 aa  170  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
341 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  32.7 
 
 
341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  33.42 
 
 
339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 
353 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1590  extracellular solute-binding protein family 1  31.96 
 
 
352 aa  154  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0458056 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2365  hypothetical protein  29.57 
 
 
361 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5589  extracellular solute-binding protein family 1  34.01 
 
 
336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6544  extracellular solute-binding protein family 1  34.3 
 
 
336 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.492931 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4873  putative spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  31.07 
 
 
360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987187  normal  0.365367 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6115  extracellular solute-binding protein  31.87 
 
 
350 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.291743  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>