292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2870 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  95.39 
 
 
347 aa  658    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  100 
 
 
366 aa  747    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  98.56 
 
 
347 aa  697    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  69.91 
 
 
363 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  68.79 
 
 
363 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  55.36 
 
 
352 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  57.81 
 
 
352 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  51.59 
 
 
359 aa  400  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  53.15 
 
 
343 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  52.55 
 
 
343 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  53.56 
 
 
362 aa  396  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  52.52 
 
 
346 aa  394  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  50.76 
 
 
342 aa  384  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  52.07 
 
 
342 aa  378  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  53.71 
 
 
350 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  51.39 
 
 
342 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  51.39 
 
 
342 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  52.08 
 
 
344 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  52.65 
 
 
343 aa  371  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  52.51 
 
 
342 aa  371  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  52.77 
 
 
348 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  52.77 
 
 
348 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  51.08 
 
 
342 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  53.12 
 
 
344 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  52.48 
 
 
348 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  53.58 
 
 
408 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  48.41 
 
 
343 aa  367  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  52.63 
 
 
348 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  50.93 
 
 
343 aa  366  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  52.48 
 
 
348 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  54.35 
 
 
374 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  52.63 
 
 
348 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  52.48 
 
 
348 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  54.35 
 
 
348 aa  364  1e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  52.94 
 
 
349 aa  363  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  54.04 
 
 
367 aa  363  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  54.04 
 
 
374 aa  363  3e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  54.04 
 
 
374 aa  363  3e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  50.88 
 
 
344 aa  362  4e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  54.04 
 
 
348 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  52.63 
 
 
346 aa  362  6e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.63 
 
 
349 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  52.63 
 
 
346 aa  361  1e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  50.75 
 
 
344 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  50.75 
 
 
344 aa  359  4e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  53.42 
 
 
348 aa  359  4e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  53.11 
 
 
348 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  52.01 
 
 
346 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  48.82 
 
 
344 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  53.42 
 
 
348 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  49.12 
 
 
344 aa  355  5e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  51.23 
 
 
345 aa  353  2e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  51.24 
 
 
347 aa  348  7e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  47.65 
 
 
344 aa  347  3e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  48.97 
 
 
345 aa  344  1e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  48.96 
 
 
347 aa  339  5.9999999999999996e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  49.84 
 
 
348 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  46.61 
 
 
345 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  49.53 
 
 
348 aa  335  7.999999999999999e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  47.93 
 
 
338 aa  320  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  45.17 
 
 
349 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  44.71 
 
 
346 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  41.09 
 
 
350 aa  292  6e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  41.18 
 
 
351 aa  276  4e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6038  extracellular solute-binding protein  41.8 
 
 
351 aa  276  5e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3470  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  41.76 
 
 
348 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.595538 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0161  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  42.25 
 
 
366 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1795  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  42.25 
 
 
366 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.843102  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1330  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  41.98 
 
 
358 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.839911  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  41.18 
 
 
360 aa  258  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  37.78 
 
 
357 aa  243  3e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6321  extracellular solute-binding protein family 1  38.68 
 
 
356 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.86 
 
 
356 aa  238  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1739  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.23 
 
 
370 aa  232  6e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124985 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0667  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  39.43 
 
 
357 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.872941  hitchhiker  0.00848577 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0467  putative spermidine/putrescine-binding protein  32.92 
 
 
354 aa  229  5e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0531  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.57 
 
 
358 aa  229  8e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174664  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1883  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.57 
 
 
363 aa  228  9e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0647342  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2151  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  36.86 
 
 
359 aa  228  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.585166  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4201  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  37.43 
 
 
357 aa  224  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7798  extracellular solute-binding protein  35.55 
 
 
360 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528323  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1267  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  34.9 
 
 
371 aa  196  5.000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.704416 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  33.71 
 
 
341 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  34.57 
 
 
341 aa  192  8e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  34 
 
 
341 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  33.71 
 
 
341 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  33.63 
 
 
339 aa  189  7e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  33.43 
 
 
341 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  34 
 
 
341 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5469  extracellular solute-binding protein  32.76 
 
 
361 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27299  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2988  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  33.14 
 
 
368 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106267  normal  0.817563 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  32.72 
 
 
353 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 
341 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2365  hypothetical protein  31.98 
 
 
361 aa  181  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  36.17 
 
 
346 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1803  putative extracellular solute-binding protein, PotD/PotF family  36.84 
 
 
311 aa  177  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.826481  normal  0.262501 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1590  extracellular solute-binding protein family 1  31.42 
 
 
352 aa  177  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0458056 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6089  ABC transporter substrate binding protein (polyamine)  31.4 
 
 
336 aa  176  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1773  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  32.04 
 
 
377 aa  175  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  32.06 
 
 
341 aa  171  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.544625 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>