130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1803 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_1803  putative extracellular solute-binding protein, PotD/PotF family  100 
 
 
311 aa  620  1e-176  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.826481  normal  0.262501 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  35.17 
 
 
350 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  34.77 
 
 
349 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  36.56 
 
 
347 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  36.84 
 
 
366 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  36.28 
 
 
359 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  36.09 
 
 
338 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  33.54 
 
 
348 aa  176  4e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  36.22 
 
 
347 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.54 
 
 
348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  33.23 
 
 
346 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  34.26 
 
 
344 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  35.06 
 
 
362 aa  172  9e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  34.12 
 
 
344 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 
347 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  34.36 
 
 
352 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  34.47 
 
 
352 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 
346 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 
345 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  36.53 
 
 
363 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6038  extracellular solute-binding protein  33.13 
 
 
351 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  36.56 
 
 
363 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  33.04 
 
 
343 aa  161  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  33.44 
 
 
351 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  32.61 
 
 
348 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  35.12 
 
 
345 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  33.23 
 
 
344 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  32.61 
 
 
348 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  33.04 
 
 
343 aa  158  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  33.12 
 
 
348 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.51 
 
 
367 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.99 
 
 
342 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.99 
 
 
342 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  31.99 
 
 
342 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  32.92 
 
 
342 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3470  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  33.64 
 
 
348 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.595538 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  33.13 
 
 
348 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  33.13 
 
 
348 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  33.13 
 
 
348 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  32.62 
 
 
344 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 
344 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  32.81 
 
 
348 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  32.51 
 
 
348 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  32.72 
 
 
350 aa  155  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.2 
 
 
408 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  30.75 
 
 
343 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 
342 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  32.2 
 
 
348 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  32.2 
 
 
374 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  31.99 
 
 
344 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  32.2 
 
 
348 aa  153  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  32.71 
 
 
346 aa  152  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  31.99 
 
 
344 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.89 
 
 
348 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  31.99 
 
 
349 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.89 
 
 
374 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.89 
 
 
374 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  31.68 
 
 
343 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  31.89 
 
 
344 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  32.82 
 
 
346 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  32.3 
 
 
347 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.3 
 
 
349 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  31.46 
 
 
346 aa  149  7e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  31.56 
 
 
348 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  30.75 
 
 
342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0467  putative spermidine/putrescine-binding protein  29.32 
 
 
354 aa  147  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 
345 aa  145  8.000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.77 
 
 
356 aa  143  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 
343 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1739  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.7 
 
 
370 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124985 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0531  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.99 
 
 
358 aa  133  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174664  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0161  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.12 
 
 
366 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92588  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1883  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.29 
 
 
363 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0647342  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1795  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.12 
 
 
366 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.843102  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1330  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  29.13 
 
 
358 aa  133  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.839911  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2151  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  29.8 
 
 
359 aa  132  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.585166  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0667  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  28.99 
 
 
357 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.872941  hitchhiker  0.00848577 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7798  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 
360 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528323  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 
360 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6321  extracellular solute-binding protein family 1  29.79 
 
 
356 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4201  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  27.38 
 
 
357 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  27.21 
 
 
357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2988  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  29.12 
 
 
368 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106267  normal  0.817563 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 
339 aa  101  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1590  extracellular solute-binding protein family 1  24.1 
 
 
352 aa  99.4  6e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0458056 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 
341 aa  99  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 
341 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
353 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3647  extracellular solute-binding protein family 1  30.89 
 
 
349 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.820698  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1267  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  26.41 
 
 
371 aa  96.3  7e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.704416 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1773  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.09 
 
 
377 aa  95.1  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  32.04 
 
 
351 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5129  extracellular solute-binding protein family 1  29.07 
 
 
362 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4873  putative spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  25.81 
 
 
360 aa  94.7  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987187  normal  0.365367 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0446  extracellular solute-binding protein family 1  28.7 
 
 
352 aa  94.4  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6156  extracellular solute-binding protein family 1  30.17 
 
 
368 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 
341 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1503  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.44 
 
 
352 aa  93.6  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.0238338 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6115  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 
350 aa  93.6  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.291743  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 
341 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>