186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4873 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4873  putative spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  100 
 
 
360 aa  734    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987187  normal  0.365367 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5469  extracellular solute-binding protein  65.23 
 
 
361 aa  481  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27299  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2365  hypothetical protein  62.11 
 
 
361 aa  453  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  47.91 
 
 
353 aa  317  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4264  extracellular solute-binding protein family 1  48.35 
 
 
359 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  37.99 
 
 
346 aa  209  6e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3647  extracellular solute-binding protein family 1  37.39 
 
 
349 aa  203  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.820698  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  36.11 
 
 
363 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  34.04 
 
 
342 aa  192  8e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5129  extracellular solute-binding protein family 1  33.54 
 
 
362 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  33.94 
 
 
352 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  34.57 
 
 
363 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  35.11 
 
 
348 aa  187  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4603  putative ABC transporter binding protein component  32.54 
 
 
358 aa  186  4e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0921345  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  33.14 
 
 
362 aa  187  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  33.71 
 
 
347 aa  186  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1865  extracellular solute-binding protein  33.05 
 
 
352 aa  186  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00327165  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  34.8 
 
 
348 aa  185  9e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  34.69 
 
 
349 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  32.24 
 
 
357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  34 
 
 
350 aa  182  6e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  33.33 
 
 
352 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3734  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  33.42 
 
 
357 aa  182  8.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22364  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  32.26 
 
 
359 aa  182  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  34.71 
 
 
346 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2372  twin-arginine translocation pathway signal  32.34 
 
 
364 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  35.85 
 
 
341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  32.46 
 
 
343 aa  179  4.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0161  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  31.81 
 
 
366 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1795  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  31.81 
 
 
366 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.843102  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  32.56 
 
 
344 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  32.19 
 
 
344 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.12 
 
 
356 aa  176  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  31.79 
 
 
343 aa  177  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  31.87 
 
 
344 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  33.24 
 
 
342 aa  176  7e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  34.91 
 
 
341 aa  176  8e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6156  extracellular solute-binding protein family 1  34.02 
 
 
368 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  32.52 
 
 
343 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1330  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  31.71 
 
 
358 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.839911  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  31.58 
 
 
344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1503  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  34.38 
 
 
352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.0238338 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 
341 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  34.28 
 
 
341 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  34.8 
 
 
341 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 
341 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  35.02 
 
 
341 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  35.2 
 
 
341 aa  173  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1739  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.56 
 
 
370 aa  172  5.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124985 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  33.55 
 
 
351 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  33.94 
 
 
338 aa  172  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  31.8 
 
 
347 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
360 aa  169  6e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  31.8 
 
 
366 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  31.5 
 
 
347 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5589  extracellular solute-binding protein family 1  34.15 
 
 
336 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  31.62 
 
 
343 aa  166  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6249  extracellular solute-binding protein  34.48 
 
 
336 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  31.9 
 
 
344 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  31.91 
 
 
344 aa  165  9e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  31.42 
 
 
348 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  32.54 
 
 
347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6544  extracellular solute-binding protein family 1  33.84 
 
 
336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.492931 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  32.52 
 
 
348 aa  163  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6321  extracellular solute-binding protein family 1  33.43 
 
 
356 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  31.55 
 
 
342 aa  163  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2151  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  33.14 
 
 
359 aa  163  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.585166  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7798  extracellular solute-binding protein  31.16 
 
 
360 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528323  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  30.14 
 
 
343 aa  162  7e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 
346 aa  162  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  32.04 
 
 
348 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6089  ABC transporter substrate binding protein (polyamine)  33.62 
 
 
336 aa  162  8.000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  31.12 
 
 
348 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  32.04 
 
 
348 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  32.04 
 
 
348 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  31.02 
 
 
350 aa  162  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  31.48 
 
 
348 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  33.86 
 
 
339 aa  162  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  31.48 
 
 
348 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1032  extracellular solute-binding protein  33.64 
 
 
341 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.284122  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  31.63 
 
 
349 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.13 
 
 
408 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2211  ABC transporter, substrate binding protein (polyamine)  32.62 
 
 
343 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0108237  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  33.03 
 
 
348 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  33.13 
 
 
374 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.8 
 
 
348 aa  159  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  30.79 
 
 
346 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  30.28 
 
 
346 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  32.58 
 
 
344 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.33 
 
 
349 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  30.82 
 
 
342 aa  158  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.82 
 
 
342 aa  158  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1883  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.38 
 
 
363 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0647342  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.82 
 
 
374 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0531  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.38 
 
 
358 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174664  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.82 
 
 
374 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.72 
 
 
348 aa  157  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  31.8 
 
 
348 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  32.87 
 
 
344 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.9 
 
 
367 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>