233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2151 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2151  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  100 
 
 
359 aa  738    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.585166  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1739  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  63.97 
 
 
370 aa  466  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124985 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  63.1 
 
 
356 aa  454  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1883  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  62.4 
 
 
363 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0647342  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0531  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  62.4 
 
 
358 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174664  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0667  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  61.56 
 
 
357 aa  441  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.872941  hitchhiker  0.00848577 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0161  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  56.82 
 
 
366 aa  424  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1795  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  56.82 
 
 
366 aa  424  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.843102  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  61.28 
 
 
360 aa  420  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1330  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  57.1 
 
 
358 aa  418  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.839911  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6321  extracellular solute-binding protein family 1  54.47 
 
 
356 aa  394  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  46.8 
 
 
357 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7798  extracellular solute-binding protein  45.07 
 
 
360 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528323  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4201  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  46.07 
 
 
357 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2988  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  46.78 
 
 
368 aa  299  5e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106267  normal  0.817563 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1267  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  43.09 
 
 
371 aa  296  4e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.704416 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  42.98 
 
 
346 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3470  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  45.05 
 
 
348 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.595538 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1773  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  41.74 
 
 
377 aa  278  1e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6038  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 
351 aa  276  4e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  44.74 
 
 
351 aa  275  7e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  42.43 
 
 
348 aa  260  3e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  40 
 
 
350 aa  259  4e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  39.28 
 
 
344 aa  259  7e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  40.53 
 
 
348 aa  258  8e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  39.83 
 
 
344 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  42.14 
 
 
348 aa  258  2e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  39 
 
 
344 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  41.83 
 
 
350 aa  257  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  40.53 
 
 
348 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  39.28 
 
 
344 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  41.41 
 
 
346 aa  255  8e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  39.28 
 
 
346 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 
347 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  40.46 
 
 
338 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  40.28 
 
 
346 aa  252  8.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  41.74 
 
 
348 aa  251  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  40.85 
 
 
346 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  40.56 
 
 
352 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  41.41 
 
 
348 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  40.92 
 
 
348 aa  249  8e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  40.92 
 
 
348 aa  249  8e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  40.92 
 
 
348 aa  249  8e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  41.13 
 
 
348 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  39.55 
 
 
343 aa  248  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  41.44 
 
 
367 aa  248  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  42.04 
 
 
348 aa  247  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  39.05 
 
 
349 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  41.14 
 
 
408 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  41.14 
 
 
374 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  41.14 
 
 
374 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  39 
 
 
343 aa  246  6e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  41.14 
 
 
348 aa  246  6e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  41.14 
 
 
374 aa  246  6e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  41.14 
 
 
348 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  40.45 
 
 
342 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  41.14 
 
 
349 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  40.6 
 
 
352 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  41.14 
 
 
348 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  38.33 
 
 
344 aa  243  5e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  40.67 
 
 
342 aa  241  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  38.92 
 
 
344 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.94 
 
 
349 aa  239  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  38.99 
 
 
344 aa  238  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  38.61 
 
 
345 aa  236  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  39.4 
 
 
345 aa  236  4e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  37.79 
 
 
362 aa  235  9e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  39 
 
 
345 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  37.87 
 
 
347 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  36.77 
 
 
343 aa  232  9e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  37.21 
 
 
359 aa  231  1e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  36.77 
 
 
343 aa  231  2e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  37.68 
 
 
344 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  37.08 
 
 
342 aa  228  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  37.47 
 
 
343 aa  225  8e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  36.94 
 
 
347 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  36.83 
 
 
366 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  36.83 
 
 
347 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  34.82 
 
 
342 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  34.82 
 
 
342 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  34.54 
 
 
342 aa  214  9.999999999999999e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  35.21 
 
 
363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0467  putative spermidine/putrescine-binding protein  35.03 
 
 
354 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  34.93 
 
 
363 aa  212  7e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  36.77 
 
 
341 aa  209  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  36.77 
 
 
341 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  36.49 
 
 
341 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  35.83 
 
 
339 aa  207  3e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  36.21 
 
 
341 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  35.1 
 
 
341 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  36.59 
 
 
341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 
341 aa  197  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1590  extracellular solute-binding protein family 1  34.46 
 
 
352 aa  195  8.000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0458056 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  34.82 
 
 
341 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0446  extracellular solute-binding protein family 1  33.42 
 
 
352 aa  189  9e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  33.14 
 
 
353 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5469  extracellular solute-binding protein  36.44 
 
 
361 aa  182  8.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27299  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2211  ABC transporter, substrate binding protein (polyamine)  35.38 
 
 
343 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0108237  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6544  extracellular solute-binding protein family 1  34.53 
 
 
336 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.492931 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  35.31 
 
 
346 aa  173  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>