161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3460 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 
356 aa  729    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1739  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  71.26 
 
 
370 aa  511  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124985 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1883  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  70.42 
 
 
363 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0647342  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0531  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  70.42 
 
 
358 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174664  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0667  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  70.03 
 
 
357 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.872941  hitchhiker  0.00848577 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0161  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  66.57 
 
 
366 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1795  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  66.57 
 
 
366 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.843102  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1330  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  66.01 
 
 
358 aa  482  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.839911  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2151  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  62.18 
 
 
359 aa  466  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.585166  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6321  extracellular solute-binding protein family 1  55.93 
 
 
356 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  60.22 
 
 
360 aa  412  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1267  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  46.49 
 
 
371 aa  334  1e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.704416 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4201  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  46.46 
 
 
357 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7798  extracellular solute-binding protein  44.19 
 
 
360 aa  316  3e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528323  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2988  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  46.2 
 
 
368 aa  315  5e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106267  normal  0.817563 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  46.29 
 
 
346 aa  311  9e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  43.91 
 
 
357 aa  311  1e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  45.07 
 
 
351 aa  293  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3470  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  45.37 
 
 
348 aa  292  5e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.595538 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6038  extracellular solute-binding protein  45.37 
 
 
351 aa  291  9e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  42.6 
 
 
348 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  42.6 
 
 
348 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1773  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  42.34 
 
 
377 aa  277  2e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  43.8 
 
 
348 aa  276  3e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  43.52 
 
 
348 aa  274  2.0000000000000002e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  40.4 
 
 
344 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  41.81 
 
 
343 aa  273  3e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  42.45 
 
 
347 aa  273  3e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  41.43 
 
 
350 aa  272  8.000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  40.96 
 
 
344 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  41.11 
 
 
344 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  42.7 
 
 
352 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  41.6 
 
 
346 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  41.67 
 
 
344 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  41.88 
 
 
346 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  41.3 
 
 
349 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  43.88 
 
 
352 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  41.86 
 
 
350 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  41.38 
 
 
338 aa  265  8.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  41.62 
 
 
346 aa  264  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  42.49 
 
 
342 aa  263  3e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  42.6 
 
 
345 aa  263  3e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  41.97 
 
 
342 aa  263  4e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  41.96 
 
 
343 aa  262  6e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  42.34 
 
 
367 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  41.92 
 
 
349 aa  259  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  40.91 
 
 
345 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  41.18 
 
 
343 aa  257  2e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  39.55 
 
 
345 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  42.34 
 
 
408 aa  257  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  42.34 
 
 
348 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  42.34 
 
 
374 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  39.38 
 
 
346 aa  256  4e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  40.94 
 
 
348 aa  255  8e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  42.04 
 
 
348 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.62 
 
 
349 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  42.04 
 
 
374 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  42.04 
 
 
374 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  39.89 
 
 
344 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  40.64 
 
 
348 aa  252  7e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  40.46 
 
 
348 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  40.46 
 
 
348 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  40.46 
 
 
348 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  38.82 
 
 
347 aa  251  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  38.31 
 
 
344 aa  250  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  40.48 
 
 
348 aa  248  8e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  38.69 
 
 
344 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  38.75 
 
 
344 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  39.77 
 
 
348 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  40.77 
 
 
348 aa  248  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  39.44 
 
 
343 aa  246  6e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  39.77 
 
 
362 aa  245  8e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  40.52 
 
 
347 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  38.92 
 
 
359 aa  239  4e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  38.1 
 
 
343 aa  239  4e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  40.12 
 
 
366 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  38.55 
 
 
347 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  39.13 
 
 
363 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  39.09 
 
 
363 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  36.26 
 
 
342 aa  229  4e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  35.85 
 
 
342 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.85 
 
 
342 aa  227  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0467  putative spermidine/putrescine-binding protein  36.16 
 
 
354 aa  225  8e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.57 
 
 
342 aa  224  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  37.43 
 
 
341 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  37.13 
 
 
339 aa  212  9e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  37.87 
 
 
341 aa  209  5e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  37.25 
 
 
341 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1590  extracellular solute-binding protein family 1  35.06 
 
 
352 aa  206  5e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0458056 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  36.13 
 
 
341 aa  205  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  36.71 
 
 
353 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  36.87 
 
 
341 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  36.39 
 
 
341 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  36.1 
 
 
341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  36.1 
 
 
341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2211  ABC transporter, substrate binding protein (polyamine)  36.95 
 
 
343 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0108237  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  37.06 
 
 
346 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4873  putative spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  34.01 
 
 
360 aa  177  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987187  normal  0.365367 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5469  extracellular solute-binding protein  34.24 
 
 
361 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27299  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0446  extracellular solute-binding protein family 1  33.24 
 
 
352 aa  176  7e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>