248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3190 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_3190  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  100 
 
 
370 aa  756    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0755  ABC transporter, binding protein  51.77 
 
 
371 aa  385  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.491874  normal  0.244729 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  38.83 
 
 
341 aa  212  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  41.01 
 
 
341 aa  206  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  39.3 
 
 
341 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  38.14 
 
 
341 aa  203  5e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  40.14 
 
 
341 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  40.14 
 
 
341 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  40.14 
 
 
341 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  36.61 
 
 
339 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  40.57 
 
 
341 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3647  extracellular solute-binding protein family 1  36.39 
 
 
349 aa  199  9e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.820698  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6249  extracellular solute-binding protein  38.75 
 
 
336 aa  192  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6544  extracellular solute-binding protein family 1  36.14 
 
 
336 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.492931 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5589  extracellular solute-binding protein family 1  35.49 
 
 
336 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2211  ABC transporter, substrate binding protein (polyamine)  35.39 
 
 
343 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0108237  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6089  ABC transporter substrate binding protein (polyamine)  35.51 
 
 
336 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6115  extracellular solute-binding protein  38.71 
 
 
350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.291743  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1503  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  36.06 
 
 
352 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.0238338 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6156  extracellular solute-binding protein family 1  35.15 
 
 
368 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  35.69 
 
 
351 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4687  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  32.94 
 
 
356 aa  173  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.616016  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  33.33 
 
 
346 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 
346 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  34.16 
 
 
352 aa  159  7e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  34.07 
 
 
352 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1032  extracellular solute-binding protein  32.67 
 
 
341 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.284122  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  31.23 
 
 
347 aa  155  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1590  extracellular solute-binding protein family 1  29.63 
 
 
352 aa  154  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0458056 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  30.57 
 
 
348 aa  154  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1865  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 
352 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00327165  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.57 
 
 
348 aa  152  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  30.03 
 
 
353 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  31.69 
 
 
338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  31.29 
 
 
343 aa  147  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0446  extracellular solute-binding protein family 1  30.82 
 
 
352 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5469  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 
361 aa  145  8.000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27299  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  30.89 
 
 
349 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  31.27 
 
 
362 aa  143  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2365  hypothetical protein  30.43 
 
 
361 aa  143  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3734  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  28.61 
 
 
357 aa  142  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22364  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  29.73 
 
 
343 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  31.27 
 
 
359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  30.09 
 
 
342 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.09 
 
 
342 aa  140  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3862  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 
348 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 
342 aa  139  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.09 
 
 
342 aa  139  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3858  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 
358 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  29.73 
 
 
343 aa  139  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2544  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.07 
 
 
370 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.66454  normal  0.363997 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0467  putative spermidine/putrescine-binding protein  28.53 
 
 
354 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  30.92 
 
 
350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  31.43 
 
 
346 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4360  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
349 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00124658  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  30.59 
 
 
342 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5129  extracellular solute-binding protein family 1  28 
 
 
362 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4873  putative spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  26.54 
 
 
360 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987187  normal  0.365367 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 
345 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 
344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  31.43 
 
 
346 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  30.34 
 
 
342 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.58 
 
 
345 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  30.48 
 
 
346 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  30.12 
 
 
343 aa  133  5e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3860  extracellular solute-binding protein family 1  30.28 
 
 
369 aa  132  6.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.668247  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 
344 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 
350 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  29.17 
 
 
374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4603  putative ABC transporter binding protein component  27.11 
 
 
358 aa  131  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0921345  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  29.17 
 
 
374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  28.75 
 
 
344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.45 
 
 
348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  30.72 
 
 
348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 
348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  29.17 
 
 
408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.72 
 
 
348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  30.45 
 
 
367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4264  extracellular solute-binding protein family 1  28.09 
 
 
359 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  29.17 
 
 
374 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 
348 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 
348 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  30.45 
 
 
348 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 
348 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  30.48 
 
 
351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  29.6 
 
 
348 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  33.12 
 
 
366 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 
347 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 
345 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  33.12 
 
 
347 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  27.58 
 
 
346 aa  129  6e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  29.6 
 
 
348 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  30.72 
 
 
363 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  29.36 
 
 
344 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0813  extracellular solute-binding protein family 1  30.67 
 
 
374 aa  129  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  30.03 
 
 
348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  30.41 
 
 
363 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  29.72 
 
 
348 aa  126  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  31.01 
 
 
349 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3470  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.35 
 
 
348 aa  123  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.595538 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>