More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B0745 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
348 aa  716    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  95.98 
 
 
348 aa  629  1e-179  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  88.79 
 
 
348 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  88.79 
 
 
348 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  90.33 
 
 
350 aa  595  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  87.36 
 
 
348 aa  587  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  89.94 
 
 
348 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  89.37 
 
 
348 aa  584  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  62.39 
 
 
358 aa  431  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  63.08 
 
 
355 aa  429  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  61.85 
 
 
355 aa  428  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  60.92 
 
 
348 aa  418  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  62.54 
 
 
355 aa  413  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  57.51 
 
 
374 aa  407  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  55.11 
 
 
350 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  55.4 
 
 
350 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  55.33 
 
 
347 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.5 
 
 
383 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  39.56 
 
 
355 aa  252  7e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  39.13 
 
 
354 aa  247  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  40.19 
 
 
362 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  37.64 
 
 
407 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  38.05 
 
 
335 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  37.07 
 
 
342 aa  239  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  36.84 
 
 
345 aa  232  6e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  36.78 
 
 
347 aa  229  6e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  35.63 
 
 
342 aa  224  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  35.67 
 
 
347 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  38.32 
 
 
344 aa  218  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  32.48 
 
 
348 aa  156  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  32.19 
 
 
348 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  30.98 
 
 
347 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  30.91 
 
 
349 aa  136  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 
343 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 
338 aa  99  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  29.1 
 
 
344 aa  96.7  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  23.12 
 
 
346 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 
345 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  26.27 
 
 
345 aa  87  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  25.8 
 
 
340 aa  86.7  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  25.87 
 
 
346 aa  85.1  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2854  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.64 
 
 
367 aa  85.1  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404932  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  26.03 
 
 
353 aa  83.6  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 
343 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  22.39 
 
 
345 aa  83.2  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.25 
 
 
354 aa  82.4  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 
340 aa  82.4  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  26.54 
 
 
323 aa  81.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5374  extracellular solute-binding protein family 1  23.86 
 
 
346 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210042  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.03 
 
 
341 aa  80.1  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  24.1 
 
 
340 aa  80.1  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.44 
 
 
341 aa  80.1  0.00000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  26.27 
 
 
347 aa  79.3  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 
342 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 
347 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  24.09 
 
 
347 aa  76.3  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7603  ABC transporter substrate binding protein  24.32 
 
 
346 aa  76.3  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  24 
 
 
355 aa  75.1  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  23.81 
 
 
341 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.7 
 
 
354 aa  73.9  0.000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 
341 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.63 
 
 
349 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  24.52 
 
 
348 aa  73.2  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 
342 aa  72  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1097  extracellular solute-binding protein family 1  22.56 
 
 
337 aa  72.4  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  29.08 
 
 
351 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  27.61 
 
 
341 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 
349 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  28.46 
 
 
351 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  28.2 
 
 
363 aa  69.7  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0330  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  27.3 
 
 
341 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.631264 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1762  extracellular solute-binding protein family 1  23.3 
 
 
340 aa  69.3  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66245  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  23.81 
 
 
378 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3124  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 
345 aa  68.9  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  25.28 
 
 
346 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  23.03 
 
 
342 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  22.71 
 
 
344 aa  68.6  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 
341 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5188  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  27.27 
 
 
341 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.491174  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  26.07 
 
 
362 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0311  ABC transporter periplasmic-binding protein  26.54 
 
 
325 aa  67  0.0000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000568515  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  22.4 
 
 
340 aa  66.2  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1791  solute-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.12 
 
 
343 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.450613  normal  0.0698003 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.54 
 
 
349 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.56 
 
 
345 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5130  extracellular solute-binding protein family 1  23.2 
 
 
347 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  26.56 
 
 
345 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  28.29 
 
 
351 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1807  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.02 
 
 
325 aa  65.1  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000832712  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0283  extracellular solute-binding protein family 1  22.59 
 
 
342 aa  65.1  0.000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.54 
 
 
349 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.02 
 
 
349 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  25.58 
 
 
342 aa  64.3  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1418  extracellular solute-binding protein family 1  26.02 
 
 
343 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58033  normal  0.12139 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2152  putative periplasmic solute-binding protein  26.97 
 
 
342 aa  63.5  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282737  normal  0.123138 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
350 aa  63.5  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1459  extracellular solute-binding protein family 1  26.22 
 
 
343 aa  63.5  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0283759 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.56 
 
 
349 aa  63.2  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.56 
 
 
349 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.56 
 
 
349 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>