164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7603 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7603  ABC transporter substrate binding protein  100 
 
 
346 aa  709    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5374  extracellular solute-binding protein family 1  84.1 
 
 
346 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210042  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5130  extracellular solute-binding protein family 1  84.44 
 
 
347 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  33.63 
 
 
348 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 
347 aa  166  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 
348 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  33.13 
 
 
349 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 
343 aa  90.9  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 
355 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 
355 aa  80.1  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
355 aa  76.3  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  24.13 
 
 
346 aa  75.9  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  25.23 
 
 
335 aa  75.5  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 
354 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.15 
 
 
383 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 
345 aa  73.9  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  25.36 
 
 
342 aa  73.6  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  28.05 
 
 
350 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 
345 aa  71.6  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  25.7 
 
 
348 aa  72  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
340 aa  72  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  25.59 
 
 
344 aa  71.6  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  25.32 
 
 
358 aa  70.9  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  25.15 
 
 
355 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
362 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 
340 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 
347 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 
374 aa  70.5  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.61 
 
 
348 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 
350 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 
355 aa  69.3  0.00000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  27.38 
 
 
342 aa  69.3  0.00000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 
355 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 
348 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.85 
 
 
354 aa  67  0.0000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  23.61 
 
 
348 aa  67  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3847  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
366 aa  65.9  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  23.73 
 
 
407 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  22.22 
 
 
347 aa  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  23.87 
 
 
353 aa  64.7  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 
350 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 
348 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  22.65 
 
 
348 aa  64.3  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  22.59 
 
 
348 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 
348 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  22.59 
 
 
348 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  23.23 
 
 
346 aa  63.9  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1097  extracellular solute-binding protein family 1  23.75 
 
 
337 aa  62  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2372  twin-arginine translocation pathway signal  24.79 
 
 
364 aa  62  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 
345 aa  62.4  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  28.1 
 
 
345 aa  62.4  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  23.87 
 
 
345 aa  60.8  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  21.05 
 
 
347 aa  60.8  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 
346 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 
343 aa  59.3  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1418  extracellular solute-binding protein family 1  26.39 
 
 
343 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58033  normal  0.12139 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  21.99 
 
 
378 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1913  extracellular solute-binding protein family 1  25.8 
 
 
348 aa  58.5  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0831866  normal  0.645841 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1900  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.84 
 
 
360 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 
340 aa  57  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1758  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, periplasmic 2-aminoethylphosphonate-binding protein  24.84 
 
 
360 aa  57  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0220155  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2212  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, periplasmic 2-aminoethylphosphonate-binding protein  24.84 
 
 
360 aa  57  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.497312  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0584  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  24.84 
 
 
360 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0487  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, periplasmic 2-aminoethylphosphonate-binding protein  24.84 
 
 
360 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0896  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, periplasmic 2-aminoethylphosphonate-binding protein  24.84 
 
 
360 aa  57  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0102436  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0855  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.84 
 
 
336 aa  57  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.107268  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  22.34 
 
 
342 aa  56.2  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.88 
 
 
354 aa  56.2  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 
368 aa  55.5  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  27.07 
 
 
344 aa  55.5  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 
347 aa  55.5  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  21.89 
 
 
374 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  23.59 
 
 
343 aa  55.1  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  25.33 
 
 
344 aa  54.3  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  22.44 
 
 
340 aa  53.9  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.07 
 
 
341 aa  53.5  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.11 
 
 
341 aa  53.5  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  22.42 
 
 
343 aa  53.1  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  27.63 
 
 
344 aa  53.1  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 
376 aa  52.8  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 
376 aa  52.8  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 
376 aa  52.8  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3067  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.57 
 
 
363 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.127261  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  23.1 
 
 
374 aa  52  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5300  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.57 
 
 
363 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.218142  normal  0.0163118 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.44 
 
 
366 aa  52.4  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4968  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  23.57 
 
 
363 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.537601  normal  0.0916324 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 
374 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3744  twin-arginine translocation pathway signal  27.89 
 
 
345 aa  51.2  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2993  extracellular solute-binding protein family 1  25.77 
 
 
350 aa  51.6  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  25.76 
 
 
343 aa  50.8  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1882  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  25.19 
 
 
413 aa  50.8  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  24.45 
 
 
344 aa  49.7  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  25.62 
 
 
344 aa  49.7  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  22.68 
 
 
366 aa  49.3  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0331  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.64 
 
 
364 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.198037  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2828  extracellular solute-binding protein  23.55 
 
 
364 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2257  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.55 
 
 
364 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0140  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 
364 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  23.14 
 
 
362 aa  48.9  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>