More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_0200 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
345 aa  711    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  55.79 
 
 
335 aa  401  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  51.18 
 
 
344 aa  335  9e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  47.35 
 
 
342 aa  332  8e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  45.85 
 
 
347 aa  331  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  48.28 
 
 
347 aa  330  2e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  47.59 
 
 
342 aa  328  6e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  46.24 
 
 
354 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.07 
 
 
383 aa  317  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  48.75 
 
 
355 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  46.89 
 
 
362 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  42.86 
 
 
407 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  38.46 
 
 
348 aa  229  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  38.14 
 
 
355 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  37.43 
 
 
350 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  37.88 
 
 
350 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  36.5 
 
 
355 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  36.66 
 
 
374 aa  220  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  38.53 
 
 
348 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  36.5 
 
 
355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.61 
 
 
348 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  35.98 
 
 
358 aa  213  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  36.11 
 
 
347 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  37.92 
 
 
348 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  37.92 
 
 
348 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  35.1 
 
 
348 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  38.3 
 
 
350 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  38.04 
 
 
348 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  37.73 
 
 
348 aa  199  7e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  32.63 
 
 
345 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  31.12 
 
 
348 aa  135  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  32.63 
 
 
345 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
347 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  29.43 
 
 
348 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 
338 aa  126  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 
340 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  26.39 
 
 
344 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  28.18 
 
 
347 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 
347 aa  102  9e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 
358 aa  99.4  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  24.62 
 
 
349 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.23 
 
 
354 aa  96.7  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  26.55 
 
 
346 aa  96.7  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  26.63 
 
 
346 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 
340 aa  93.6  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 
345 aa  92  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  26.99 
 
 
323 aa  92.4  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.58 
 
 
354 aa  92  1e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  23.81 
 
 
347 aa  89.4  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  28.36 
 
 
378 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  27.91 
 
 
346 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 
355 aa  88.2  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  24.71 
 
 
348 aa  87.8  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  25.53 
 
 
340 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 
363 aa  87  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 
359 aa  83.2  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  28.02 
 
 
342 aa  82.8  0.000000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 
342 aa  82  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 
343 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.84 
 
 
341 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3744  twin-arginine translocation pathway signal  25.68 
 
 
345 aa  77.4  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.41 
 
 
341 aa  77  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1762  extracellular solute-binding protein family 1  28.01 
 
 
340 aa  76.3  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66245  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
343 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  26.71 
 
 
340 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  22.16 
 
 
343 aa  73.9  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 
343 aa  72.8  0.000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 
342 aa  72.8  0.000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  24.43 
 
 
341 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  25.32 
 
 
342 aa  72  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7603  ABC transporter substrate binding protein  24.29 
 
 
346 aa  70.1  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5374  extracellular solute-binding protein family 1  23.57 
 
 
346 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210042  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  26.97 
 
 
341 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.17 
 
 
349 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  26.97 
 
 
341 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  24.45 
 
 
344 aa  68.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.83 
 
 
349 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5129  extracellular solute-binding protein family 1  25.94 
 
 
362 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  25.68 
 
 
367 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.5 
 
 
345 aa  67  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 
355 aa  67.4  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.83 
 
 
349 aa  67  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.83 
 
 
349 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.5 
 
 
345 aa  67  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.83 
 
 
349 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25 
 
 
349 aa  67  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1097  extracellular solute-binding protein family 1  23.67 
 
 
337 aa  66.2  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  24.79 
 
 
343 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.65 
 
 
349 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.78 
 
 
341 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
364 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 
341 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 
340 aa  64.7  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 
343 aa  64.7  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  22.28 
 
 
341 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  23.78 
 
 
341 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.09 
 
 
364 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 
341 aa  63.5  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1221  extracellular solute-binding protein family 1  23.34 
 
 
326 aa  62.8  0.000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141693  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  22.28 
 
 
341 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>