More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2409 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
359 aa  740    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1789  extracellular solute-binding protein family 1  43.01 
 
 
367 aa  295  1e-78  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.463605  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  27.91 
 
 
359 aa  97.8  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  27.1 
 
 
346 aa  97.8  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  27.42 
 
 
362 aa  96.3  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
343 aa  95.9  9e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  27.1 
 
 
343 aa  94.4  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 
343 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 
343 aa  93.6  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
347 aa  91.3  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 
343 aa  90.5  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.47 
 
 
366 aa  90.1  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  33.18 
 
 
344 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  25.07 
 
 
362 aa  89.4  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  25 
 
 
348 aa  88.2  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  25.7 
 
 
347 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  26.43 
 
 
342 aa  87  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  29.49 
 
 
343 aa  87  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 
347 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  28.3 
 
 
363 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
366 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25 
 
 
348 aa  85.9  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 
355 aa  85.1  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.48 
 
 
342 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
350 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
342 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.48 
 
 
342 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 
342 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  26.48 
 
 
323 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  31.78 
 
 
344 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  32.8 
 
 
344 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  27.02 
 
 
345 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  26.02 
 
 
343 aa  84  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  25.67 
 
 
352 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  27.74 
 
 
348 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 
345 aa  83.2  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 
345 aa  82.8  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  32.28 
 
 
344 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  24.78 
 
 
347 aa  82  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  27.74 
 
 
348 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 
350 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
353 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  24.5 
 
 
347 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 
344 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 
343 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  25.39 
 
 
343 aa  80.9  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 
347 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  26.93 
 
 
347 aa  80.9  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3847  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 
366 aa  80.1  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
348 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
407 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
348 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  27.03 
 
 
338 aa  78.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  24.85 
 
 
342 aa  78.6  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2365  hypothetical protein  26.52 
 
 
361 aa  78.2  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  27.3 
 
 
344 aa  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  25.94 
 
 
344 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 
348 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 
354 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03855  periplasmic polyamine binding protein  25.64 
 
 
353 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.79 
 
 
348 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0386  periplasmic polyamine binding protein  26.01 
 
 
353 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.37 
 
 
383 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  25.38 
 
 
344 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 
346 aa  75.9  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 
362 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 
343 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  32.29 
 
 
347 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3734  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  26.2 
 
 
357 aa  75.5  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22364  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 
348 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  24.74 
 
 
352 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 
348 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 
348 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  25.9 
 
 
345 aa  75.1  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 
346 aa  75.1  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  25.73 
 
 
348 aa  74.3  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  25.35 
 
 
349 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 
338 aa  74.3  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  23.71 
 
 
345 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  26.35 
 
 
363 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  25.66 
 
 
355 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  25.65 
 
 
335 aa  73.2  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
348 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
345 aa  72.8  0.000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 
364 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.43 
 
 
367 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  24.14 
 
 
344 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.96 
 
 
354 aa  71.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.07 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.07 
 
 
408 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  26.07 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  26.07 
 
 
374 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.07 
 
 
374 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.07 
 
 
374 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 
351 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  21.28 
 
 
345 aa  69.7  0.00000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  25.32 
 
 
342 aa  68.9  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.62 
 
 
349 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 
364 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>