More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0495 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
344 aa  696    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  49.71 
 
 
346 aa  312  6.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  32.12 
 
 
378 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  30.88 
 
 
347 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  28.12 
 
 
348 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 
348 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 
353 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  28.02 
 
 
335 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 
354 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 
347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  26.69 
 
 
342 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  25.14 
 
 
407 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 
345 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  28.53 
 
 
344 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  26.73 
 
 
355 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 
347 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.36 
 
 
383 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  29.36 
 
 
340 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 
345 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  25.32 
 
 
323 aa  97.8  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  27.33 
 
 
345 aa  97.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
340 aa  97.4  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 
342 aa  97.4  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  28.05 
 
 
358 aa  96.7  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  27.82 
 
 
347 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 
338 aa  94.4  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 
362 aa  94.4  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 
347 aa  92.8  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  24 
 
 
346 aa  92.8  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 
348 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 
348 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 
374 aa  91.3  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 
355 aa  90.1  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
348 aa  89.7  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
348 aa  89.4  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 
355 aa  88.6  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.1 
 
 
348 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  24.92 
 
 
349 aa  88.6  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 
350 aa  88.2  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 
350 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 
355 aa  86.7  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  29.18 
 
 
348 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 
347 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
345 aa  86.3  8e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  25.69 
 
 
350 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  26.3 
 
 
348 aa  85.1  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  25.16 
 
 
344 aa  83.2  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 
359 aa  83.2  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.8 
 
 
354 aa  82.8  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 
355 aa  82.4  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 
358 aa  81.6  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 
348 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 
340 aa  77.4  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 
363 aa  75.9  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0468  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  25 
 
 
337 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  24.57 
 
 
343 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.44 
 
 
354 aa  73.6  0.000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0531  2-aminoethylphosphonate ABC transporter 2-aminoethylphosphonate binding protein  24.68 
 
 
337 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.834508  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 
341 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0489  2-aminoethylphosphonate ABC transporter 2-aminoethylphosphonate binding protein  24.68 
 
 
337 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  22.19 
 
 
347 aa  73.2  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0470  2-aminoethylphosphonate ABC transporter 2-aminoethylphosphonate binding protein  24.68 
 
 
337 aa  73.2  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.301651  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.96 
 
 
341 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0476  2-aminoethylphosphonate ABC transporter 2-aminoethylphosphonate binding protein  24.68 
 
 
337 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.547307 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4956  ABC transporter substrate-binding protein  28.22 
 
 
344 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5110  putative lipoprotein  27.8 
 
 
344 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5501  putative lipoprotein  27.8 
 
 
344 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.47 
 
 
341 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4941  ABC transporter substrate-binding protein  28.77 
 
 
344 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  29.33 
 
 
341 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5376  putative lipoprotein  27.8 
 
 
344 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5430  putative lipoprotein  27.8 
 
 
344 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5350  putative lipoprotein  28.77 
 
 
344 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  29.33 
 
 
341 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  28.98 
 
 
341 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.36 
 
 
377 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5382  putative lipoprotein  29.41 
 
 
344 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5572  putative lipoprotein  29.41 
 
 
344 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  25.88 
 
 
367 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5052  putative lipoprotein  29.41 
 
 
344 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  23.31 
 
 
320 aa  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 
355 aa  65.5  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.77 
 
 
349 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3107  thiamine transporter substrate binding subunit  25.41 
 
 
342 aa  65.1  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 
376 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.46 
 
 
349 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 
376 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 
376 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2899  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 
345 aa  64.3  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00994055 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04830  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  25.51 
 
 
359 aa  63.2  0.000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
343 aa  62.8  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.46 
 
 
349 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1142  thiamine transporter substrate binding subunit  24.83 
 
 
334 aa  62.4  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.493947  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3791  ABC transporter, substrate-binding protein  25.82 
 
 
344 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  23.2 
 
 
348 aa  61.6  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
365 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.68 
 
 
347 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  27.48 
 
 
351 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.29 
 
 
349 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0623  thiamine transporter substrate binding subunit  25.16 
 
 
327 aa  60.8  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>