More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0857 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
355 aa  721    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  34.9 
 
 
343 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 
338 aa  119  7e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
345 aa  97.1  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 
354 aa  97.1  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 
347 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  25.08 
 
 
345 aa  96.3  8e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 
343 aa  96.3  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  28.57 
 
 
348 aa  94.7  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.92 
 
 
383 aa  94.4  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  24.54 
 
 
355 aa  94  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.85 
 
 
354 aa  90.5  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 
355 aa  86.7  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  26.3 
 
 
335 aa  85.9  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  27.91 
 
 
364 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.61 
 
 
364 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 
348 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3744  twin-arginine translocation pathway signal  25.64 
 
 
345 aa  83.2  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 
347 aa  82.8  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
365 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 
362 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6036  extracellular solute-binding protein family 1  24.65 
 
 
358 aa  80.5  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.62779 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 
359 aa  80.1  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
366 aa  78.2  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
343 aa  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  25.92 
 
 
346 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 
363 aa  76.6  0.0000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.38 
 
 
365 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  25.89 
 
 
346 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  26.26 
 
 
346 aa  74.7  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 
363 aa  73.9  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 
342 aa  73.2  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  28.75 
 
 
342 aa  72.4  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  22.57 
 
 
347 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
350 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 
345 aa  70.9  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  23.98 
 
 
349 aa  70.9  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  22.32 
 
 
340 aa  71.2  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  24.83 
 
 
347 aa  70.5  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  21.71 
 
 
407 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 
347 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1590  extracellular solute-binding protein family 1  26.15 
 
 
352 aa  69.3  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0458056 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  24.04 
 
 
342 aa  68.9  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 
353 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 
343 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  21.74 
 
 
344 aa  67.4  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
347 aa  67.8  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.36 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  25.63 
 
 
344 aa  67  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  23.78 
 
 
342 aa  67  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 
368 aa  66.2  0.0000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  22.11 
 
 
345 aa  66.2  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  22.97 
 
 
347 aa  65.5  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 
345 aa  65.5  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 
343 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 
345 aa  65.5  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 
358 aa  65.1  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  24.07 
 
 
348 aa  65.5  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3847  extracellular solute-binding protein  21.65 
 
 
366 aa  65.1  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 
363 aa  64.3  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3578  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  26.76 
 
 
371 aa  63.5  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0540858  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0104  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  23.12 
 
 
379 aa  63.2  0.000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.482238  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  28.22 
 
 
346 aa  63.2  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.9 
 
 
348 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.98 
 
 
367 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3647  extracellular solute-binding protein family 1  25.35 
 
 
349 aa  62.8  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.820698  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 
348 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.97 
 
 
369 aa  62  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.06 
 
 
347 aa  62.4  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2158  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  25.86 
 
 
365 aa  62  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.91 
 
 
360 aa  62.4  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  24.72 
 
 
360 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.65 
 
 
354 aa  62.4  0.00000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3734  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  32.3 
 
 
357 aa  62  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22364  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0832  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 
365 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  22.3 
 
 
345 aa  61.6  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.44 
 
 
369 aa  61.6  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 
348 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 
348 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 
348 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6321  extracellular solute-binding protein family 1  25.67 
 
 
356 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3862  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
348 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  23.17 
 
 
323 aa  60.8  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 
343 aa  60.8  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
374 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.22 
 
 
369 aa  60.8  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  27.05 
 
 
346 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
348 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5129  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 
362 aa  60.1  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
349 aa  60.1  0.00000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 
348 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  26.86 
 
 
346 aa  59.7  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 
374 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.27 
 
 
348 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.27 
 
 
408 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.27 
 
 
374 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.27 
 
 
374 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  27.49 
 
 
345 aa  59.3  0.00000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.08 
 
 
349 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  22.92 
 
 
378 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>