More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2020 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
363 aa  742    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  64.19 
 
 
367 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  59.5 
 
 
364 aa  454  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  60.06 
 
 
364 aa  456  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  60.72 
 
 
365 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  59.05 
 
 
365 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  27.38 
 
 
335 aa  97.1  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 
347 aa  92  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  28.05 
 
 
342 aa  92  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  28.37 
 
 
345 aa  90.9  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  28.37 
 
 
345 aa  90.9  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  28.57 
 
 
349 aa  90.1  6e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  28.57 
 
 
349 aa  90.1  6e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  28.57 
 
 
349 aa  90.1  6e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  28.57 
 
 
349 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 
350 aa  89.4  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  28.57 
 
 
349 aa  89  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  28.57 
 
 
349 aa  89.4  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 
345 aa  87  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  27.99 
 
 
349 aa  86.7  6e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 
349 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 
342 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  25.48 
 
 
353 aa  84.7  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 
355 aa  85.1  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  26.76 
 
 
344 aa  84  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 
354 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 
347 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  27.97 
 
 
347 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  24.5 
 
 
340 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.62 
 
 
353 aa  80.9  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  24.56 
 
 
348 aa  80.9  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  26.03 
 
 
355 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 
338 aa  78.2  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  27.8 
 
 
342 aa  78.2  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 
362 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  25.98 
 
 
346 aa  77  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.24 
 
 
383 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 
340 aa  76.3  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
374 aa  75.9  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 
366 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  28.87 
 
 
350 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 
363 aa  75.1  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
341 aa  74.3  0.000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  33.58 
 
 
358 aa  74.3  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  24 
 
 
346 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  27.5 
 
 
345 aa  73.9  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 
345 aa  73.2  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  27.35 
 
 
369 aa  73.2  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 
348 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  27.35 
 
 
348 aa  72.4  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  29.79 
 
 
345 aa  71.2  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  29.19 
 
 
349 aa  70.1  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.14 
 
 
378 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  28.88 
 
 
347 aa  70.1  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1364  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
344 aa  70.5  0.00000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  31.13 
 
 
373 aa  69.7  0.00000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  24.25 
 
 
345 aa  69.7  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  27.14 
 
 
349 aa  69.3  0.00000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 
343 aa  69.3  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 
343 aa  69.3  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  25.24 
 
 
344 aa  68.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  23.95 
 
 
345 aa  68.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6156  extracellular solute-binding protein family 1  24.47 
 
 
368 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
359 aa  68.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3190  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  24.78 
 
 
370 aa  68.6  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 
366 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1408  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 
336 aa  67.8  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.121808  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 
340 aa  67.4  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 
363 aa  67.8  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 
351 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1503  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  23.63 
 
 
352 aa  67  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.0238338 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.4 
 
 
345 aa  67.4  0.0000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 
348 aa  67  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 
348 aa  67  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 
348 aa  67  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  27.21 
 
 
346 aa  67  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 
348 aa  67  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1454  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.94 
 
 
336 aa  66.6  0.0000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 
348 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 
362 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.42 
 
 
348 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.68 
 
 
348 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  28.85 
 
 
358 aa  66.2  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 
350 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 
366 aa  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 
347 aa  65.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 
355 aa  65.1  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  23.15 
 
 
340 aa  65.1  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 
360 aa  65.1  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  27.05 
 
 
357 aa  64.7  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  23.86 
 
 
323 aa  65.5  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  25.91 
 
 
347 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 
357 aa  65.5  0.000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.06 
 
 
361 aa  64.7  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  26.3 
 
 
407 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  28.2 
 
 
348 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 
348 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  23.17 
 
 
344 aa  64.3  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  27.21 
 
 
348 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04220  putative binding protein component of ABC transporter  37.93 
 
 
347 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>