More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TRQ2_1454 on replicon NC_010483
Organism: Thermotoga sp. RQ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010483  TRQ2_1454  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  100 
 
 
336 aa  681    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1408  extracellular solute-binding protein  97.32 
 
 
336 aa  650    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.121808  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0569  extracellular solute-binding protein  75.99 
 
 
340 aa  524  1e-148  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.416765  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1364  extracellular solute-binding protein  65.61 
 
 
344 aa  445  1.0000000000000001e-124  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2702  extracellular solute-binding protein family 1  40.75 
 
 
350 aa  260  3e-68  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000144113  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  41.61 
 
 
350 aa  236  4e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  36.42 
 
 
348 aa  231  1e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  39.24 
 
 
358 aa  226  4e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  38.81 
 
 
354 aa  226  4e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  40.75 
 
 
363 aa  224  2e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  39.08 
 
 
346 aa  223  3e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  36.71 
 
 
342 aa  223  3e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.26 
 
 
348 aa  221  9.999999999999999e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17610  polyamine ABC transporter  38.16 
 
 
354 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.26 
 
 
348 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  40.26 
 
 
348 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.26 
 
 
348 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  39.94 
 
 
348 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.26 
 
 
348 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.26 
 
 
348 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.26 
 
 
348 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
345 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  40.26 
 
 
348 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1531  polyamine transport protein PotD  37.43 
 
 
353 aa  219  6e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  36.28 
 
 
349 aa  218  1e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.66 
 
 
347 aa  217  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.66 
 
 
348 aa  215  7e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  36.95 
 
 
341 aa  215  8e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0082  extracellular solute-binding protein family 1  37.18 
 
 
349 aa  215  9.999999999999999e-55  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.34 
 
 
347 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  37.96 
 
 
374 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.34 
 
 
348 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.34 
 
 
348 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.34 
 
 
348 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.34 
 
 
348 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.34 
 
 
348 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  38.36 
 
 
347 aa  210  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0979  extracellular solute-binding protein  35.63 
 
 
366 aa  210  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  38.37 
 
 
345 aa  210  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  38.08 
 
 
357 aa  209  4e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  37.31 
 
 
349 aa  209  5e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.21 
 
 
343 aa  209  5e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  37.31 
 
 
349 aa  209  7e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  37.31 
 
 
349 aa  209  7e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  37.31 
 
 
349 aa  209  7e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  37.31 
 
 
349 aa  208  8e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  37.65 
 
 
345 aa  208  9e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  37.76 
 
 
345 aa  208  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  37.69 
 
 
345 aa  207  2e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  37.69 
 
 
345 aa  207  2e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  37.97 
 
 
374 aa  207  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  38.94 
 
 
396 aa  206  3e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  37.31 
 
 
349 aa  206  4e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  38.56 
 
 
396 aa  206  4e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  36.53 
 
 
350 aa  206  7e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.72 
 
 
349 aa  204  1e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  35.83 
 
 
359 aa  203  3e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  37.01 
 
 
349 aa  203  4e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  37.12 
 
 
373 aa  200  3e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  39.31 
 
 
382 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  34.32 
 
 
340 aa  199  5e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  35.62 
 
 
345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  33.43 
 
 
340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  36.22 
 
 
357 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  35.49 
 
 
361 aa  196  5.000000000000001e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  33.9 
 
 
357 aa  195  7e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  36.76 
 
 
360 aa  193  4e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 
360 aa  193  5e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0844  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  36.34 
 
 
356 aa  191  1e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  35.92 
 
 
346 aa  191  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0689  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  32.6 
 
 
357 aa  190  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  35.4 
 
 
342 aa  190  4e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  33.99 
 
 
355 aa  189  7e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1193  extracellular solute-binding protein  37.2 
 
 
355 aa  187  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00611018  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  36.45 
 
 
360 aa  188  1e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  34.99 
 
 
343 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  34.69 
 
 
343 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  36.83 
 
 
362 aa  187  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  34.08 
 
 
365 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  33.9 
 
 
357 aa  186  4e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  35.79 
 
 
365 aa  186  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 
353 aa  186  4e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  33.8 
 
 
365 aa  185  9e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  36.51 
 
 
366 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  33.43 
 
 
345 aa  183  3e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  33.83 
 
 
345 aa  184  3e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  33.73 
 
 
357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  33.73 
 
 
357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  36.05 
 
 
367 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  36.05 
 
 
367 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  36.42 
 
 
367 aa  182  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  34.93 
 
 
365 aa  182  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3260  extracellular solute-binding protein  33.81 
 
 
366 aa  182  6e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2920  extracellular solute-binding protein family 1  34.97 
 
 
341 aa  182  7e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.458081 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  33.43 
 
 
357 aa  182  7e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.78 
 
 
367 aa  181  1e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4396  putrescine ABC transporter periplasmic putrescine-binding protein  33.9 
 
 
362 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.57762  normal  0.179765 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  32.87 
 
 
354 aa  182  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  34.43 
 
 
401 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  35 
 
 
371 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>