More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3397 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  99.71 
 
 		 347 aa  701    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  100 
 
 		 347 aa  702    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  71.21 
 
 		 323 aa  484  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  48.42 
 
 		 358 aa  324  2e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  38.3 
 
 		 344 aa  236  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  29.11 
 
 		 342 aa  125  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 354 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  29.7 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.09 
 
 		 383 aa  112  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  29.09 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  32.44 
 
 		 340 aa  112  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 		 362 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 		 347 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  28.13 
 
 		 355 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  28.45 
 
 		 335 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  28.76 
 
 		 346 aa  106  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 		 345 aa  106  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  29.48 
 
 		 348 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 		 347 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  26.59 
 
 		 348 aa  100  5e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  27.82 
 
 		 344 aa  94.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 343 aa  93.6  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 342 aa  94  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  31.17 
 
 		 365 aa  92  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.89 
 
 		 365 aa  92.4  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  28.03 
 
 		 342 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  30.49 
 
 		 364 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.49 
 
 		 364 aa  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3744  twin-arginine translocation pathway signal  29.7 
 
 		 345 aa  89.7  7e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 348 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  26.96 
 
 		 344 aa  89  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 		 344 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  27.58 
 
 		 355 aa  87  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  27.27 
 
 		 344 aa  87  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 344 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 355 aa  85.5  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  26.18 
 
 		 347 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  28.67 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 340 aa  84.3  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 		 359 aa  84.3  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  25.8 
 
 		 407 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 344 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 374 aa  84  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  27.83 
 
 		 344 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4911  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 333 aa  81.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224202  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  26.77 
 
 		 345 aa  80.9  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 		 347 aa  80.9  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  26.51 
 
 		 349 aa  80.5  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 343 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  26.47 
 
 		 347 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  25.47 
 
 		 344 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  27.76 
 
 		 353 aa  79  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 		 366 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  28.23 
 
 		 367 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 348 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 		 343 aa  77.8  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 348 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 348 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.05 
 
 		 345 aa  77  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.05 
 
 		 345 aa  77  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.72 
 
 		 354 aa  76.6  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 348 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  27.11 
 
 		 344 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 		 343 aa  76.3  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 		 348 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 343 aa  76.3  0.0000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 348 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 348 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 		 345 aa  76.3  0.0000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 		 349 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 347 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 350 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 348 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 348 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 		 342 aa  75.5  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 		 382 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 350 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 347 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  23.8 
 
 		 350 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.35 
 
 		 348 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6115  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 		 350 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.291743  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.99 
 
 		 354 aa  75.1  0.000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 381 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 341 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 341 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 343 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 343 aa  74.3  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  26.17 
 
 		 347 aa  74.3  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.75 
 
 		 349 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0970  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 		 340 aa  73.6  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000273849  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.75 
 
 		 349 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.75 
 
 		 349 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 353 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  24.05 
 
 		 346 aa  73.9  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  25.86 
 
 		 348 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 		 343 aa  73.6  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>