286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4469 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
367 aa  753    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  64.19 
 
 
363 aa  503  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  65.94 
 
 
364 aa  500  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  65.94 
 
 
364 aa  500  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  66.03 
 
 
365 aa  494  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  65.49 
 
 
365 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  28.79 
 
 
348 aa  96.7  5e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.95 
 
 
353 aa  82.8  0.000000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6156  extracellular solute-binding protein family 1  26.74 
 
 
368 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 
355 aa  79.7  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 
351 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  26.12 
 
 
340 aa  79.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  27.69 
 
 
344 aa  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  28.23 
 
 
347 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1503  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.01 
 
 
352 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.0238338 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.89 
 
 
349 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.89 
 
 
349 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.6 
 
 
349 aa  76.3  0.0000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  25.55 
 
 
353 aa  76.3  0.0000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  27.08 
 
 
323 aa  76.3  0.0000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 
347 aa  75.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  24.47 
 
 
346 aa  75.9  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 
347 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  26.28 
 
 
341 aa  73.9  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.3 
 
 
349 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.92 
 
 
349 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.92 
 
 
349 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.92 
 
 
349 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 
347 aa  73.2  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 
338 aa  73.2  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
354 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  25.98 
 
 
345 aa  73.2  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 
345 aa  72.8  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.92 
 
 
345 aa  72  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.92 
 
 
345 aa  72  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3190  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  24.6 
 
 
370 aa  72.8  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 
340 aa  71.6  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  24 
 
 
346 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  29.55 
 
 
347 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 
358 aa  71.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  24.27 
 
 
355 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 
342 aa  71.2  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 
363 aa  70.9  0.00000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 
343 aa  69.7  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  23.19 
 
 
378 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 
343 aa  69.3  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  25.74 
 
 
342 aa  68.6  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3647  extracellular solute-binding protein family 1  23.96 
 
 
349 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.820698  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  35.82 
 
 
342 aa  67.4  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  24.17 
 
 
335 aa  67.4  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
348 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 
345 aa  67.4  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  25.33 
 
 
344 aa  67  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 
350 aa  67  0.0000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  23.48 
 
 
344 aa  66.6  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 
360 aa  65.5  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.98 
 
 
383 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 
363 aa  65.1  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  31.34 
 
 
358 aa  65.1  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  29.49 
 
 
345 aa  64.7  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.43 
 
 
348 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 
349 aa  65.1  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 
348 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 
348 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
350 aa  63.9  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  27.19 
 
 
348 aa  63.9  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 
350 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 
348 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 
348 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  23.15 
 
 
362 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 
348 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1408  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 
336 aa  63.2  0.000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.121808  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 
346 aa  62.8  0.000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1193  extracellular solute-binding protein  31.85 
 
 
355 aa  62.8  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00611018  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 
348 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.86 
 
 
367 aa  62  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  23.78 
 
 
348 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  31.34 
 
 
396 aa  61.2  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  23.99 
 
 
345 aa  61.2  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 
347 aa  61.2  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3987  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  24.73 
 
 
358 aa  61.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  23.53 
 
 
346 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.35 
 
 
345 aa  60.5  0.00000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  23.78 
 
 
349 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  22.55 
 
 
346 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 
366 aa  60.1  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3860  extracellular solute-binding protein family 1  26.03 
 
 
369 aa  60.1  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.668247  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  22.88 
 
 
346 aa  59.7  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 
344 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.92 
 
 
349 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 
396 aa  59.3  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  23.21 
 
 
343 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1364  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 
344 aa  58.9  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 
368 aa  59.3  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 
344 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 
340 aa  58.9  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  21.15 
 
 
343 aa  58.9  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1454  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.87 
 
 
336 aa  58.2  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  26.64 
 
 
344 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  23.42 
 
 
343 aa  57.8  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>