More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_04220 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_04220  putative binding protein component of ABC transporter  100 
 
 
347 aa  716    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4755  extracellular solute-binding protein  52.8 
 
 
350 aa  385  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0086  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein, putative  50.3 
 
 
343 aa  377  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0098  ABC transport system, exported substrate-binding protein  50.3 
 
 
343 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1581  putative ABC transport system, exported substrate-binding protein  50.3 
 
 
452 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0129  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  51.61 
 
 
341 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.413891  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3145  extracellular solute-binding protein  51.48 
 
 
350 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.47265  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0125  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  47.63 
 
 
343 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.961154  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0286  ABC transporter periplasmic binding protein  42.39 
 
 
344 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0835  extracellular solute-binding protein  39.63 
 
 
341 aa  245  8e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.843315 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1060  extracellular solute-binding protein  38.94 
 
 
341 aa  232  9e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0179336  normal  0.353735 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2397  ABC putrescine transporter, periplasmic substrate-binding subunit  38.94 
 
 
339 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.177339  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  37.36 
 
 
342 aa  231  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0853075  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  38.64 
 
 
364 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  37.29 
 
 
365 aa  228  8e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  38.07 
 
 
401 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  37.43 
 
 
345 aa  228  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  38.35 
 
 
364 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  38.35 
 
 
364 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1378  extracellular solute-binding protein  38.01 
 
 
339 aa  228  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.303939  normal  0.180418 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  38.69 
 
 
365 aa  226  4e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  37.18 
 
 
365 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  38.35 
 
 
375 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  37.75 
 
 
367 aa  222  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  37.93 
 
 
367 aa  220  1.9999999999999999e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  37.93 
 
 
367 aa  218  8.999999999999998e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  35.47 
 
 
371 aa  214  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  36.01 
 
 
365 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000173672 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  35.75 
 
 
367 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  35.75 
 
 
367 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  34.55 
 
 
364 aa  212  7.999999999999999e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  35.2 
 
 
368 aa  212  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.88 
 
 
369 aa  207  3e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.51 
 
 
363 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.98 
 
 
369 aa  207  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.16 
 
 
369 aa  206  5e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  36.31 
 
 
365 aa  206  6e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  35.23 
 
 
363 aa  205  8e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  35.56 
 
 
363 aa  205  9e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  35.41 
 
 
366 aa  204  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.68 
 
 
370 aa  204  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0375  extracellular solute-binding protein family 1  35.12 
 
 
365 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00751674  decreased coverage  0.000421612 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  35.38 
 
 
366 aa  202  5e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  37.01 
 
 
369 aa  202  7e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  37.01 
 
 
369 aa  202  7e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  37.01 
 
 
369 aa  202  7e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  37.94 
 
 
374 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  34.28 
 
 
366 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  35.01 
 
 
387 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  34.83 
 
 
374 aa  201  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  35.01 
 
 
387 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 
366 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  35.24 
 
 
347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.53 
 
 
370 aa  200  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  34.36 
 
 
368 aa  200  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  34.27 
 
 
369 aa  200  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  34.35 
 
 
365 aa  200  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  34.64 
 
 
367 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  34.08 
 
 
371 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.53 
 
 
370 aa  199  5e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  35.53 
 
 
370 aa  199  5e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 
364 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.53 
 
 
370 aa  199  5e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.53 
 
 
370 aa  199  5e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.53 
 
 
370 aa  199  5e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 
387 aa  199  6e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  36.24 
 
 
363 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  35.51 
 
 
366 aa  199  9e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  34.93 
 
 
371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  33.8 
 
 
364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  35.24 
 
 
370 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.24 
 
 
370 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  33.43 
 
 
371 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.63 
 
 
371 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.63 
 
 
371 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.63 
 
 
371 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.63 
 
 
371 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  33.62 
 
 
370 aa  197  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.03 
 
 
369 aa  197  3e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  36 
 
 
396 aa  197  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  32.86 
 
 
366 aa  197  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  36.24 
 
 
363 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 
365 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  35.13 
 
 
366 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.24 
 
 
370 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 
366 aa  196  6e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  32.96 
 
 
365 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  34.19 
 
 
345 aa  196  6e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  34.45 
 
 
366 aa  196  6e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  34.9 
 
 
362 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  33.87 
 
 
345 aa  195  9e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  34.45 
 
 
366 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2105  extracellular solute-binding protein  33.52 
 
 
371 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.34 
 
 
371 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  34.45 
 
 
366 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  34.86 
 
 
362 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  33.24 
 
 
369 aa  193  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  33.82 
 
 
365 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  32.4 
 
 
365 aa  193  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  34.17 
 
 
366 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>