101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2854 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2854  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  100 
 
 		 367 aa  742    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404932  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  25.43 
 
 		 335 aa  83.2  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.92 
 
 		 383 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  24.68 
 
 		 355 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 		 348 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 354 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 347 aa  77.4  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 		 342 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.64 
 
 		 348 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 		 362 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 348 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 348 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  23.05 
 
 		 348 aa  72  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 		 348 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  22.04 
 
 		 358 aa  69.7  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  22.33 
 
 		 374 aa  68.6  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  24.42 
 
 		 349 aa  68.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 350 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 348 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 348 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  23.46 
 
 		 407 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  27.83 
 
 		 353 aa  64.3  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 340 aa  62.8  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  21.54 
 
 		 355 aa  62.4  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 347 aa  62  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  21.43 
 
 		 355 aa  60.5  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 		 345 aa  60.5  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  20.62 
 
 		 355 aa  60.1  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 343 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  20.92 
 
 		 347 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 350 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  21.97 
 
 		 347 aa  57  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  23.61 
 
 		 350 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  24.03 
 
 		 348 aa  56.2  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2158  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  25.59 
 
 		 365 aa  56.2  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  24.3 
 
 		 342 aa  56.2  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  26.58 
 
 		 423 aa  55.8  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 		 343 aa  55.1  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  25 
 
 		 345 aa  54.3  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 		 345 aa  54.7  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3578  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  24.42 
 
 		 371 aa  54.3  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0540858  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  21.94 
 
 		 344 aa  53.9  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 343 aa  53.1  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 338 aa  52.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0832  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 365 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1703  extracellular solute-binding protein family 1  24.43 
 
 		 398 aa  52  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5374  extracellular solute-binding protein family 1  24.14 
 
 		 346 aa  52.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0915  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 		 407 aa  52.4  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  22.92 
 
 		 429 aa  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  19.14 
 
 		 357 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  19.14 
 
 		 357 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  23.95 
 
 		 348 aa  51.2  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.56 
 
 		 420 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  28.4 
 
 		 421 aa  49.3  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  23.45 
 
 		 435 aa  49.3  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0041  extracellular solute-binding protein family 1  27.64 
 
 		 336 aa  48.9  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  24.93 
 
 		 437 aa  48.1  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5897  extracellular solute-binding protein family 1  26.51 
 
 		 383 aa  48.5  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  21.73 
 
 		 431 aa  47.8  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 		 355 aa  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0753  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 365 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1234  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 365 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2471  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 390 aa  47.4  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 		 350 aa  47  0.0005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  26.99 
 
 		 432 aa  47  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  22.51 
 
 		 423 aa  47  0.0005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2070  extracellular solute-binding protein  30.59 
 
 		 322 aa  47  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 351 aa  46.2  0.0008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  21.35 
 
 		 433 aa  46.2  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1273  putative periplasmic solute-binding protein  24.27 
 
 		 333 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.384428  normal  0.646198 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1208  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 		 342 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.527758  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  22.94 
 
 		 422 aa  45.8  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0924  extracellular solute-binding protein family 1  21.22 
 
 		 334 aa  46.2  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0689  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.14 
 
 		 357 aa  45.1  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  22.57 
 
 		 433 aa  45.1  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  21.73 
 
 		 415 aa  45.4  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  27.08 
 
 		 429 aa  45.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1221  extracellular solute-binding protein family 1  22.34 
 
 		 326 aa  45.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141693  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03855  periplasmic polyamine binding protein  25.09 
 
 		 353 aa  44.3  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3124  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 345 aa  44.7  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4343  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  28.57 
 
 		 370 aa  43.9  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.19 
 
 		 431 aa  44.3  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1117  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 361 aa  43.9  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21960  hypothetical protein  27.66 
 
 		 352 aa  43.9  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000202681 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5854  hypothetical protein  27.27 
 
 		 335 aa  43.9  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.103507  normal  0.680592 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6313  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  24.87 
 
 		 371 aa  43.9  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.166388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0386  periplasmic polyamine binding protein  25.34 
 
 		 353 aa  43.9  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2829  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.8 
 
 		 353 aa  43.9  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  28.26 
 
 		 349 aa  43.5  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2074  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 342 aa  43.5  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1116  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 361 aa  43.9  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1791  solute-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.64 
 
 		 343 aa  43.5  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.450613  normal  0.0698003 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  24.68 
 
 		 428 aa  43.5  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1913  extracellular solute-binding protein family 1  24.88 
 
 		 348 aa  43.5  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0831866  normal  0.645841 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1875  hypothetical protein  28.72 
 
 		 352 aa  43.1  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  28.78 
 
 		 362 aa  43.1  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1501  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 348 aa  43.1  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  25.77 
 
 		 432 aa  43.1  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  25 
 
 		 429 aa  42.7  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0883861 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>