217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2158 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2158  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  100 
 
 		 365 aa  742    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0832  extracellular solute-binding protein  99.45 
 
 		 365 aa  739    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3578  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  82.83 
 
 		 371 aa  617  1e-176  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0540858  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6313  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  85.16 
 
 		 371 aa  604  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.166388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4483  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  27.76 
 
 		 341 aa  135  9e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0239147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 		 343 aa  88.6  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 354 aa  69.7  0.00000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 343 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 		 353 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 343 aa  66.2  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  27.11 
 
 		 349 aa  63.2  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  23.02 
 
 		 343 aa  62  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 355 aa  62.4  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 347 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5469  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 361 aa  60.8  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4873  putative spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  26.76 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987187  normal  0.365367 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 		 345 aa  59.7  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  22.42 
 
 		 357 aa  58.9  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 		 407 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3858  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 		 358 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  27.74 
 
 		 345 aa  58.9  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.11 
 
 		 366 aa  58.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.27 
 
 		 349 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1776  extracellular solute-binding protein family 1  28.42 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4687  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.6 
 
 		 356 aa  57.8  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.616016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  23.96 
 
 		 342 aa  57  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  25.52 
 
 		 345 aa  56.2  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  23.79 
 
 		 362 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0185  extracellular solute-binding protein family 1  26.5 
 
 		 379 aa  56.2  0.0000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4343  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  28.24 
 
 		 370 aa  55.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1789  extracellular solute-binding protein family 1  23.82 
 
 		 367 aa  55.5  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.463605  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2074  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 342 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6156  extracellular solute-binding protein family 1  27.47 
 
 		 368 aa  55.8  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2829  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.71 
 
 		 353 aa  55.1  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  24.01 
 
 		 365 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 351 aa  54.3  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  24.34 
 
 		 365 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1117  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 361 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  25 
 
 		 343 aa  54.3  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3124  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 345 aa  54.3  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1501  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 348 aa  53.9  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 340 aa  53.9  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2854  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.96 
 
 		 367 aa  53.5  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404932  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.92 
 
 		 360 aa  53.9  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  27.22 
 
 		 348 aa  53.5  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 		 366 aa  53.5  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6036  extracellular solute-binding protein family 1  26.44 
 
 		 358 aa  53.5  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.62779 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1116  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 		 361 aa  53.5  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 348 aa  53.1  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0446  extracellular solute-binding protein family 1  25.09 
 
 		 352 aa  53.1  0.000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  24.83 
 
 		 345 aa  53.1  0.000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 368 aa  53.1  0.000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 348 aa  53.1  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0753  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 		 365 aa  52.8  0.000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1234  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 		 365 aa  52.8  0.000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  24.48 
 
 		 345 aa  52.8  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1208  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 		 342 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.527758  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3071  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.11 
 
 		 353 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.11 
 
 		 844 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1503  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.55 
 
 		 352 aa  52.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.0238338 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 		 346 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3454  putative periplasmic solute-binding protein  27.81 
 
 		 337 aa  52.4  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357351  normal  0.433387 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1215  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.11 
 
 		 353 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0399502  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0652  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.11 
 
 		 353 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1412  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.11 
 
 		 353 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0501  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.11 
 
 		 353 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  25.28 
 
 		 342 aa  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  25.97 
 
 		 346 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2575  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 363 aa  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.941635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  25.09 
 
 		 347 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.6 
 
 		 383 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 		 357 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  23 
 
 		 374 aa  51.6  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 		 348 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 		 363 aa  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  23.49 
 
 		 365 aa  51.6  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3734  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  25.36 
 
 		 357 aa  51.6  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 		 348 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1419  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.67 
 
 		 353 aa  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  24.72 
 
 		 343 aa  51.2  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.09 
 
 		 348 aa  51.6  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 		 348 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 		 357 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  25.85 
 
 		 366 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 348 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 		 367 aa  51.2  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 364 aa  50.8  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1590  extracellular solute-binding protein family 1  23.62 
 
 		 352 aa  51.2  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0458056 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.09 
 
 		 348 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.09 
 
 		 348 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  24.41 
 
 		 360 aa  50.4  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  22.52 
 
 		 343 aa  50.4  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.09 
 
 		 348 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  25.09 
 
 		 348 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.09 
 
 		 348 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.13 
 
 		 341 aa  50.4  0.00005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.09 
 
 		 348 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  25.09 
 
 		 348 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 		 368 aa  50.1  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>