56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4483 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_4483  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  100 
 
 		 341 aa  680    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0239147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0832  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 		 365 aa  136  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6313  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  28 
 
 		 371 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.166388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2158  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.76 
 
 		 365 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3578  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.79 
 
 		 371 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0540858  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.92 
 
 		 354 aa  64.3  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  22.55 
 
 		 348 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  23.55 
 
 		 340 aa  58.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  23.49 
 
 		 354 aa  55.8  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  23.15 
 
 		 343 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 		 341 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  22.15 
 
 		 343 aa  53.1  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  22.89 
 
 		 343 aa  53.1  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 		 339 aa  53.1  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  21.28 
 
 		 344 aa  52.8  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 		 355 aa  52.8  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 341 aa  52.8  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  26.67 
 
 		 341 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2211  ABC transporter, substrate binding protein (polyamine)  23.8 
 
 		 343 aa  52.8  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0108237  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 345 aa  52.4  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 341 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  21.71 
 
 		 340 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  23.62 
 
 		 335 aa  51.2  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 341 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  22.66 
 
 		 348 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 341 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 		 362 aa  50.1  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  23.6 
 
 		 345 aa  49.7  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  23.1 
 
 		 343 aa  49.3  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  25.5 
 
 		 341 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  22.62 
 
 		 407 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.29 
 
 		 383 aa  48.9  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  21.8 
 
 		 354 aa  48.9  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6249  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 336 aa  48.5  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.09 
 
 		 348 aa  48.1  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  23.83 
 
 		 346 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  21.93 
 
 		 344 aa  48.1  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.17 
 
 		 374 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  23.96 
 
 		 349 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.17 
 
 		 374 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 		 345 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 347 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 350 aa  47  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 341 aa  47  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.09 
 
 		 408 aa  46.6  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  21.82 
 
 		 342 aa  46.6  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  25.17 
 
 		 374 aa  46.6  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  25.09 
 
 		 348 aa  46.2  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.47 
 
 		 345 aa  45.8  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  23.82 
 
 		 338 aa  44.3  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 359 aa  43.5  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  24.73 
 
 		 323 aa  43.5  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6089  ABC transporter substrate binding protein (polyamine)  25.07 
 
 		 336 aa  43.1  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  26.71 
 
 		 347 aa  42.7  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 		 348 aa  42.7  0.01  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 		 347 aa  42.7  0.01  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>