More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1273 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1273  putative periplasmic solute-binding protein  100 
 
 		 333 aa  680    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.384428  normal  0.646198 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5854  hypothetical protein  90.19 
 
 		 335 aa  587  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.103507  normal  0.680592 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1663  extracellular solute-binding protein family 1  78.81 
 
 		 335 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4046  putative periplasmic solute-binding protein  77.91 
 
 		 335 aa  534  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0699034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2152  putative periplasmic solute-binding protein  70.79 
 
 		 342 aa  459  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282737  normal  0.123138 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3312  putative periplasmic solute-binding protein  66.45 
 
 		 339 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00706911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3124  extracellular solute-binding protein  63.27 
 
 		 345 aa  434  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1418  extracellular solute-binding protein family 1  61.92 
 
 		 343 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58033  normal  0.12139 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1791  solute-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  62.5 
 
 		 343 aa  421  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.450613  normal  0.0698003 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4840  putative ABC transporter periplasmic binding component  58.66 
 
 		 340 aa  422  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0305994 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1459  extracellular solute-binding protein family 1  62.34 
 
 		 343 aa  422  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0283759 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3454  putative periplasmic solute-binding protein  63.02 
 
 		 337 aa  417  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357351  normal  0.433387 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.18 
 
 		 844 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1265  extracellular solute-binding protein family 1  58.81 
 
 		 337 aa  416  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1412  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.18 
 
 		 353 aa  411  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0652  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.18 
 
 		 353 aa  411  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3071  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.18 
 
 		 353 aa  411  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0501  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.18 
 
 		 353 aa  411  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  61.69 
 
 		 362 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1215  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  61.18 
 
 		 353 aa  411  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0399502  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1501  extracellular solute-binding protein  61.36 
 
 		 348 aa  408  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1419  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  60.87 
 
 		 353 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4695  extracellular solute-binding protein  60.77 
 
 		 333 aa  408  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4343  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  61.84 
 
 		 370 aa  408  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  60.71 
 
 		 349 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0753  extracellular solute-binding protein  62.5 
 
 		 365 aa  408  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2074  extracellular solute-binding protein  62.83 
 
 		 342 aa  408  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1234  extracellular solute-binding protein  62.5 
 
 		 365 aa  408  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1208  extracellular solute-binding protein  62.17 
 
 		 342 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.527758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2829  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  62.83 
 
 		 353 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0486  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  60.45 
 
 		 333 aa  401  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.64062  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1117  extracellular solute-binding protein  62.5 
 
 		 361 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1116  extracellular solute-binding protein  62.17 
 
 		 361 aa  403  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1913  extracellular solute-binding protein family 1  43.18 
 
 		 348 aa  281  1e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0831866  normal  0.645841 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0827  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.75 
 
 		 348 aa  186  6e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.333267  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.75 
 
 		 348 aa  186  7e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.860784  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1820  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.38 
 
 		 362 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.34313  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1786  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.38 
 
 		 362 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0448  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.38 
 
 		 362 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1109  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.38 
 
 		 356 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0354  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.38 
 
 		 356 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2082  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.38 
 
 		 356 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0818  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.38 
 
 		 362 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1606  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.96 
 
 		 355 aa  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.273588 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1471  extracellular solute-binding protein family 1  33 
 
 		 359 aa  171  2e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3878  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.65 
 
 		 355 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.405488  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0725  extracellular solute-binding protein family 1  34.34 
 
 		 350 aa  166  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3418  extracellular solute-binding protein family 1  33.33 
 
 		 354 aa  165  8e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1686  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.42 
 
 		 354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.224605  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0746  extracellular solute-binding protein family 1  33.98 
 
 		 350 aa  163  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5374  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.7 
 
 		 362 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0583866  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5486  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.7 
 
 		 362 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4785  extracellular solute-binding protein  33.7 
 
 		 363 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21960  hypothetical protein  34.12 
 
 		 352 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000202681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1875  hypothetical protein  33.45 
 
 		 352 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4354  putative ABC transport system, substrate-binding exported protein  30.6 
 
 		 359 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.356253  normal  0.710836 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1726  ABC transporter, periplasmic binding protein  32.77 
 
 		 354 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.477367  normal  0.0250834 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1332  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  33.22 
 
 		 352 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0623244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3993  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  32.77 
 
 		 354 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.249752  normal  0.268451 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4488  extracellular solute-binding protein  32.42 
 
 		 353 aa  155  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.404976  normal  0.627866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1318  extracellular solute-binding protein  32.09 
 
 		 352 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.801159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1275  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 354 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  0.567692 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000661  putative periplasmic solute-binding protein  33 
 
 		 355 aa  152  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2471  extracellular solute-binding protein  31.83 
 
 		 390 aa  145  9e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1027  hypothetical protein  33.78 
 
 		 355 aa  142  7e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0793  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  32.36 
 
 		 410 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.295736  normal  0.158194 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1234  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  32.04 
 
 		 414 aa  139  4.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3326  Integrase catalytic region  28.01 
 
 		 356 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.138399  normal  0.815514 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4228  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 367 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.461853  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4201  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.53 
 
 		 371 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.476825 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0221  extracellular solute-binding protein  33.56 
 
 		 365 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.783235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0500  extracellular solute-binding protein  31.19 
 
 		 367 aa  123  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2897  extracellular solute-binding protein family 1  30.55 
 
 		 367 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2134  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 		 364 aa  123  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.575498  normal  0.605089 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3395  extracellular solute-binding protein family 1  26.5 
 
 		 381 aa  123  5e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.441617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2372  extracellular solute-binding protein family 1  27.19 
 
 		 396 aa  122  6e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2637  extracellular solute-binding protein family 1  30.55 
 
 		 367 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0514  extracellular solute-binding protein family 1  32.08 
 
 		 371 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.843064  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2054  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 		 378 aa  119  6e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0115  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.79 
 
 		 367 aa  119  7e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.512733  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0105  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.79 
 
 		 367 aa  119  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.628694  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0984  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 366 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366377  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2948  ABC transporter substrate binding protein  30.29 
 
 		 366 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7381  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 387 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0829  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 		 368 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0346  ABC transporter, substrate binding protein  28.91 
 
 		 366 aa  106  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.24266  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1990  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 		 366 aa  106  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1080  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 377 aa  105  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0294396  normal  0.998293 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  31.09 
 
 		 344 aa  104  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0950  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 		 366 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.161195 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5742  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 383 aa  103  4e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.252794 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1380  ABC polyamine/opine/phosphonate transporter, periplasmic ligand binding protein  28.41 
 
 		 382 aa  103  5e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5127  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5216  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.943706 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5507  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 		 375 aa  100  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  28.01 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 		 343 aa  100  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4911  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 333 aa  99.8  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224202  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0643  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  30.74 
 
 		 346 aa  99  1e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121089  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  31.14 
 
 		 344 aa  96.7  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>