205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0346 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0950  extracellular solute-binding protein  93.99 
 
 
366 aa  681    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.161195 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0346  ABC transporter, substrate binding protein  100 
 
 
366 aa  738    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.24266  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1990  extracellular solute-binding protein  99.45 
 
 
366 aa  734    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0829  extracellular solute-binding protein  78.79 
 
 
368 aa  546  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4228  extracellular solute-binding protein  69.44 
 
 
367 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.461853  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2134  extracellular solute-binding protein  69.13 
 
 
364 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.575498  normal  0.605089 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0115  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  68.33 
 
 
367 aa  507  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.512733  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0105  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  68.33 
 
 
367 aa  506  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.628694  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2897  extracellular solute-binding protein family 1  66.67 
 
 
367 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2637  extracellular solute-binding protein family 1  66.11 
 
 
367 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142963  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2948  ABC transporter substrate binding protein  62.74 
 
 
366 aa  473  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4201  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  64.2 
 
 
371 aa  461  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.476825 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0500  extracellular solute-binding protein  65.38 
 
 
367 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0514  extracellular solute-binding protein family 1  64.2 
 
 
371 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.843064  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0221  extracellular solute-binding protein  61.48 
 
 
365 aa  456  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.783235  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2471  extracellular solute-binding protein  60.83 
 
 
390 aa  434  1e-121  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0793  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  55.75 
 
 
410 aa  369  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.295736  normal  0.158194 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1234  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  56.64 
 
 
414 aa  370  1e-101  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3326  Integrase catalytic region  45.3 
 
 
356 aa  301  1e-80  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.138399  normal  0.815514 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0984  extracellular solute-binding protein  46.63 
 
 
366 aa  287  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366377  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5127  extracellular solute-binding protein  42.94 
 
 
375 aa  233  5e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5216  extracellular solute-binding protein  42.94 
 
 
375 aa  233  5e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.943706 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5507  extracellular solute-binding protein  42.65 
 
 
375 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7381  extracellular solute-binding protein  39.26 
 
 
387 aa  228  1e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1380  ABC polyamine/opine/phosphonate transporter, periplasmic ligand binding protein  39.46 
 
 
382 aa  228  2e-58  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5742  extracellular solute-binding protein  40.97 
 
 
383 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.252794 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2054  extracellular solute-binding protein  41.19 
 
 
378 aa  219  7e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1080  extracellular solute-binding protein  40.69 
 
 
377 aa  219  7e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0294396  normal  0.998293 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1111  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  41.72 
 
 
388 aa  215  9.999999999999999e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3334  extracellular solute-binding protein  41.54 
 
 
385 aa  212  7.999999999999999e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21960  hypothetical protein  37.32 
 
 
352 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000202681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1875  hypothetical protein  36.73 
 
 
352 aa  193  5e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8437  extracellular solute-binding protein  35.51 
 
 
349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0827  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.6 
 
 
348 aa  181  2e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.333267  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.31 
 
 
348 aa  181  2e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.860784  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1471  extracellular solute-binding protein family 1  36.66 
 
 
359 aa  180  4e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0746  extracellular solute-binding protein family 1  35.01 
 
 
350 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000661  putative periplasmic solute-binding protein  32.95 
 
 
355 aa  176  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4488  extracellular solute-binding protein  36.27 
 
 
353 aa  175  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.404976  normal  0.627866 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0725  extracellular solute-binding protein family 1  32.31 
 
 
350 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3029  extracellular solute-binding protein family 1  36.95 
 
 
360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.710769  normal  0.124039 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1332  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  34.62 
 
 
352 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0623244  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1726  ABC transporter, periplasmic binding protein  34.21 
 
 
354 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.477367  normal  0.0250834 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1275  extracellular solute-binding protein  34.21 
 
 
354 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  0.567692 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1318  extracellular solute-binding protein  34.12 
 
 
352 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.801159  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3993  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  33.33 
 
 
354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.249752  normal  0.268451 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3878  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.63 
 
 
355 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.405488  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1027  hypothetical protein  32.54 
 
 
355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1606  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.62 
 
 
355 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.273588 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3418  extracellular solute-binding protein family 1  31.5 
 
 
354 aa  155  9e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1686  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.01 
 
 
354 aa  153  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.224605  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1820  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.53 
 
 
362 aa  133  6e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.34313  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1786  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.53 
 
 
362 aa  133  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0448  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.53 
 
 
362 aa  133  6e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1109  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.53 
 
 
356 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0354  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.53 
 
 
356 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2082  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.53 
 
 
356 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0818  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.21 
 
 
362 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  34.73 
 
 
349 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  31.97 
 
 
362 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4785  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 
363 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5374  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.14 
 
 
362 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0583866  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5486  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.14 
 
 
362 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4569  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1434  ABC transporter solute-binding protein  32.2 
 
 
378 aa  126  7e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2074  extracellular solute-binding protein  31.65 
 
 
342 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1208  extracellular solute-binding protein  32.79 
 
 
342 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.527758  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1418  extracellular solute-binding protein family 1  30.21 
 
 
343 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58033  normal  0.12139 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1791  solute-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.48 
 
 
343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.450613  normal  0.0698003 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1265  extracellular solute-binding protein family 1  29.34 
 
 
337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1501  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 
348 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0753  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 
365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1234  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 
365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4343  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  32.13 
 
 
370 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1459  extracellular solute-binding protein family 1  30.64 
 
 
343 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0283759 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2829  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.48 
 
 
353 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1117  extracellular solute-binding protein  32.13 
 
 
361 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1419  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.14 
 
 
353 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3071  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.14 
 
 
353 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1215  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.14 
 
 
353 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0399502  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0652  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.14 
 
 
353 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1412  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.14 
 
 
353 aa  119  7e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0501  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.14 
 
 
353 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1116  extracellular solute-binding protein  31.8 
 
 
361 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2152  putative periplasmic solute-binding protein  32.44 
 
 
342 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282737  normal  0.123138 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.86 
 
 
844 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4695  extracellular solute-binding protein  31.89 
 
 
333 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1913  extracellular solute-binding protein family 1  29.79 
 
 
348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0831866  normal  0.645841 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4354  putative ABC transport system, substrate-binding exported protein  27.89 
 
 
359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.356253  normal  0.710836 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3124  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3454  putative periplasmic solute-binding protein  31.21 
 
 
337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357351  normal  0.433387 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0486  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.71 
 
 
333 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.64062  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4840  putative ABC transporter periplasmic binding component  30.03 
 
 
340 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0305994 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5854  hypothetical protein  31.02 
 
 
335 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.103507  normal  0.680592 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1663  extracellular solute-binding protein family 1  31.42 
 
 
335 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1273  putative periplasmic solute-binding protein  28.91 
 
 
333 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.384428  normal  0.646198 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4046  putative periplasmic solute-binding protein  30.27 
 
 
335 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0699034  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3312  putative periplasmic solute-binding protein  27.27 
 
 
339 aa  100  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00706911  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.2 
 
 
381 aa  88.6  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.909966  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3395  extracellular solute-binding protein family 1  26.39 
 
 
381 aa  76.6  0.0000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.441617  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2372  extracellular solute-binding protein family 1  24.16 
 
 
396 aa  74.3  0.000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>