More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1366 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  94.19 
 
 		 344 aa  660    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 344 aa  711    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  83.72 
 
 		 343 aa  600  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  83.14 
 
 		 343 aa  595  1e-169  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  86.11 
 
 		 343 aa  595  1e-169  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  72.59 
 
 		 344 aa  530  1e-149  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0643  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  69.03 
 
 		 346 aa  507  9.999999999999999e-143  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121089  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0641  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  59.6 
 
 		 343 aa  429  1e-119  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.147653  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  49.12 
 
 		 341 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  48.53 
 
 		 341 aa  323  2e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  48.53 
 
 		 341 aa  322  5e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 342 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  46.63 
 
 		 342 aa  320  3e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  46.92 
 
 		 342 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4317  extracellular solute-binding protein  48.73 
 
 		 343 aa  301  8.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.362014 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1097  extracellular solute-binding protein family 1  44.38 
 
 		 337 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1762  extracellular solute-binding protein family 1  42.11 
 
 		 340 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66245  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  41.46 
 
 		 342 aa  281  1e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  42.72 
 
 		 340 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1363  extracellular solute-binding protein  42.18 
 
 		 340 aa  277  2e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.634696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  42.23 
 
 		 343 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4977  extracellular solute-binding protein family 1  41.82 
 
 		 347 aa  258  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.187207  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0283  extracellular solute-binding protein family 1  42.82 
 
 		 342 aa  252  7e-66  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2993  extracellular solute-binding protein family 1  40.95 
 
 		 350 aa  241  2e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1638  iron ABC transporter substrate-binding protein  40.36 
 
 		 266 aa  191  2e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4649  extracellular solute-binding protein  33.76 
 
 		 335 aa  181  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1545  extracellular solute-binding protein family 1  33.14 
 
 		 339 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.061269  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2917  extracellular solute-binding protein family 1  33.43 
 
 		 339 aa  179  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0009  extracellular solute-binding protein family 1  36.96 
 
 		 379 aa  178  1e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.892782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  35.82 
 
 		 340 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3970  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  31.91 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1436  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  31.62 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1235  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  31.62 
 
 		 358 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1212  iron ABC transporter solute-binding protein  31.62 
 
 		 358 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1214  iron ABC transporter solute-binding protein  31.62 
 
 		 358 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1411  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  31.62 
 
 		 358 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1337  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  31.62 
 
 		 358 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4694  extracellular solute-binding protein  35.9 
 
 		 349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1476  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  31.34 
 
 		 358 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1374  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  31.62 
 
 		 358 aa  172  9e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1237  extracellular metal-binding protein  31.62 
 
 		 358 aa  171  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.51 
 
 		 347 aa  167  2.9999999999999998e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  30.06 
 
 		 347 aa  166  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  34.02 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0386  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.2 
 
 		 338 aa  162  5.0000000000000005e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000551212  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.66 
 
 		 339 aa  162  7e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.001131  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000766  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.29 
 
 		 336 aa  162  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2899  extracellular solute-binding protein  31.95 
 
 		 345 aa  161  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00994055 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  33.45 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  33.45 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0970  extracellular solute-binding protein  33.57 
 
 		 340 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000273849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04877  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  35.29 
 
 		 336 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0051  extracellular solute-binding protein family 1  34.48 
 
 		 378 aa  157  2e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.115612  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1048  extracellular solute-binding protein  34.32 
 
 		 356 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0811  extracellular solute-binding protein  30.93 
 
 		 351 aa  154  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5525  extracellular solute-binding protein  35.12 
 
 		 340 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655164  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  33.69 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2746  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  34.22 
 
 		 335 aa  147  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.553799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04090  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  30.8 
 
 		 367 aa  145  1e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.510256 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  33.97 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1107  extracellular solute-binding protein  31.8 
 
 		 343 aa  144  3e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.695758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0333  extracellular solute-binding protein  31.53 
 
 		 344 aa  143  3e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.853179  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0330  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  34.76 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.631264 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  33.83 
 
 		 351 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  32.95 
 
 		 351 aa  142  9e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5188  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  33.59 
 
 		 341 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.491174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1570  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 		 350 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.840173  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  33.08 
 
 		 351 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 		 341 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5376  putative lipoprotein  34.1 
 
 		 344 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5430  putative lipoprotein  33.72 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4941  ABC transporter substrate-binding protein  33.33 
 
 		 344 aa  132  6e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5110  putative lipoprotein  33.33 
 
 		 344 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5501  putative lipoprotein  33.33 
 
 		 344 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5350  putative lipoprotein  33.33 
 
 		 344 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4956  ABC transporter substrate-binding protein  33.33 
 
 		 344 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5382  putative lipoprotein  33.72 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5572  putative lipoprotein  33.72 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5052  putative lipoprotein  32.95 
 
 		 344 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3791  ABC transporter, substrate-binding protein  31.78 
 
 		 344 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2476  ABC-type iron(III)-binding periplasmic protein precursor  30.38 
 
 		 364 aa  125  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000339151  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5871  extracellular solute-binding protein family 1  29.61 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0432658  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4911  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 		 333 aa  116  6e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224202  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0223  hypothetical protein  29.39 
 
 		 339 aa  113  6e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0223  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.01 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  32.51 
 
 		 349 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  32.12 
 
 		 362 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  29.23 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0924  extracellular solute-binding protein family 1  27.18 
 
 		 334 aa  107  3e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2025  extracellular solute-binding protein family 1  30.2 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.727103  hitchhiker  0.0000000026678 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4343  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  31.21 
 
 		 370 aa  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1663  extracellular solute-binding protein family 1  31.42 
 
 		 335 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1117  extracellular solute-binding protein  31.21 
 
 		 361 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1418  extracellular solute-binding protein family 1  33.22 
 
 		 343 aa  105  9e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58033  normal  0.12139 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0753  extracellular solute-binding protein  32.06 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1116  extracellular solute-binding protein  30.87 
 
 		 361 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1501  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1234  extracellular solute-binding protein  32.06 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0501  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.73 
 
 		 353 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>