More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B2187 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B2187  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  100 
 
 
316 aa  651    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5951  extracellular solute-binding protein family 1  93.04 
 
 
382 aa  595  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5429  extracellular solute-binding protein  78.16 
 
 
370 aa  525  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  0.485743 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  73.82 
 
 
377 aa  495  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0349752 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  73.19 
 
 
376 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  73.19 
 
 
376 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  73.19 
 
 
376 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  72.24 
 
 
374 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3926  extracellular solute-binding protein  71.92 
 
 
374 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.808306  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4157  extracellular solute-binding protein  71.38 
 
 
374 aa  472  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194913  normal  0.672619 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  52.53 
 
 
340 aa  360  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1330  extracellular solute-binding protein family 1  52.38 
 
 
349 aa  337  9.999999999999999e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.4 
 
 
353 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.93 
 
 
355 aa  108  1e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 
349 aa  103  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.45 
 
 
349 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.82 
 
 
349 aa  103  4e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.82 
 
 
349 aa  103  5e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.45 
 
 
349 aa  103  5e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.45 
 
 
345 aa  103  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.45 
 
 
349 aa  103  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.45 
 
 
349 aa  103  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1378  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.45 
 
 
349 aa  103  6e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00178306 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  24.45 
 
 
345 aa  103  6e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 
350 aa  102  8e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 
363 aa  100  4e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0492  transport protein  28.23 
 
 
369 aa  99.8  6e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0323  twin-arginine translocation pathway signal  26.34 
 
 
371 aa  98.6  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  25.65 
 
 
359 aa  97.8  2e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.19 
 
 
357 aa  96.3  6e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1643  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
357 aa  95.9  8e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1208  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 
366 aa  95.1  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.139759  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.08 
 
 
343 aa  94.4  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0844  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.87 
 
 
356 aa  94.7  2e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  22.26 
 
 
359 aa  94  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0468  ABC transport protein  27.45 
 
 
372 aa  92  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2804  extracellular solute-binding protein  21.77 
 
 
353 aa  91.7  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.336498 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.96 
 
 
355 aa  92.4  1e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 
374 aa  90.9  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  25.57 
 
 
357 aa  90.9  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  24.25 
 
 
370 aa  90.1  5e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1145  hypothetical protein  19.79 
 
 
340 aa  89.4  8e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1140  hypothetical protein  20.14 
 
 
340 aa  88.6  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  22.88 
 
 
346 aa  89  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3929  family 1 extracellular solute-binding protein  22.1 
 
 
363 aa  87.8  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.156398  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1769  extracellular solute-binding protein family 1  25.45 
 
 
351 aa  87  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  22.07 
 
 
374 aa  87.4  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  21.51 
 
 
354 aa  87.4  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0345  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 
357 aa  87.4  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1289  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.81 
 
 
357 aa  87.4  3e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000830378  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  20.88 
 
 
350 aa  85.9  8e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  20.65 
 
 
360 aa  85.9  8e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  21.21 
 
 
360 aa  84  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 
374 aa  83.2  0.000000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  23.42 
 
 
368 aa  82.8  0.000000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  20.29 
 
 
360 aa  82.8  0.000000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0194  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.25 
 
 
359 aa  82.8  0.000000000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  22.88 
 
 
354 aa  82  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  24.53 
 
 
357 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0633  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  21.76 
 
 
363 aa  82  0.00000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.176739  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 
349 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  23.68 
 
 
342 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  23.22 
 
 
345 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3274  extracellular solute-binding protein  22.9 
 
 
375 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 
366 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1021  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  24.03 
 
 
375 aa  81.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2394  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.83 
 
 
358 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  21.88 
 
 
357 aa  80.5  0.00000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3395  extracellular solute-binding protein family 1  24.18 
 
 
416 aa  80.1  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  21.88 
 
 
357 aa  80.5  0.00000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2968  extracellular solute-binding protein family 1  25.77 
 
 
356 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.897922 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.34 
 
 
345 aa  79.7  0.00000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.71 
 
 
361 aa  79.7  0.00000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  22.81 
 
 
341 aa  79.3  0.00000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3040  ABC permidine/putrescine transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.72 
 
 
385 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276128  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 
366 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  26.48 
 
 
366 aa  79  0.00000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4852  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 
384 aa  78.6  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0698456  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  23.02 
 
 
363 aa  79  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1801  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  22.01 
 
 
375 aa  79  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.563755  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3216  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 
405 aa  78.6  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.018285  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  22.14 
 
 
358 aa  78.2  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0185  extracellular solute-binding protein family 1  26.37 
 
 
379 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 
367 aa  77.4  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  24 
 
 
364 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  24 
 
 
364 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 
366 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.21 
 
 
367 aa  76.3  0.0000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1513  extracellular solute-binding protein family 1  22.99 
 
 
409 aa  75.9  0.0000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1704  extracellular solute-binding protein family 1  22.76 
 
 
354 aa  75.9  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0689  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  24.18 
 
 
357 aa  75.1  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  25 
 
 
350 aa  75.5  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  24 
 
 
364 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24 
 
 
364 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4501  extracellular solute-binding protein family 1  24.48 
 
 
367 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3767  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
385 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  20.69 
 
 
414 aa  74.3  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  21.25 
 
 
351 aa  74.3  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  22.35 
 
 
360 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 
362 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>